Mediatory układu odpornościowego to cząsteczki, głównie białka wytwarzane przez komórki układu odpornościowego, służące do komunikacji, rozpoznawania i niszczenie patogenów. Należą do nich przeciwciała, białka układu dopełniacza, białka ostrej fazy oraz cytokiny.
Przeciwciała, inaczej immunoglobuliny to glikoproteiny produkowane przez aktywowane (pobudzone przez patogen) limfocyty B. Mają zdolność do rozpoznawania patogenów i oznaczania ich jako elementy groźne i wymagające usunięcia z organizmu. Zbudowane są z 4 łańcuchów polipeptydowych, które posiadają fragmenty o niezwykle zmiennym składzie aminokwasowym, dzięki czemu są w stanie dopasować się do ogromnej liczby swoistych antygenów. U człowieka wyróżnia się 5 klas przeciwciał — IgG, IgM, IgA, IgD, IgE.
Białka układu dopełniacza to grupa ok. 30 białek obecnych stale w osoczu krwi i innych płynach ustrojowych w formie nieaktywnej. Aktywacja omawianych białek następuje przez kontakt antygenu z wybranym przeciwciałem (IgG lub IgM), co wywołuje kaskadę reakcji biochemicznych a w rezultacie neutralizację i zniszczenie patogenu. Białka układu dopełniacza mogą doprowadzić do lizy komórki patogenu lub jej opsonizacji i łatwiejszej fagocytozy. Są również inicjatorami stanu zapalnego.
Białka ostrej faz to glikoproteiny produkowane gównie przez komórki wątroby. Należą do nich m.in. CRP (białko C-reaktywne) czy fibrynogen. Ich produkcja jest indukowana przez cytokiny. W przypadku ostrej infekcji bakteryjnej, wirusowej czy poważnego zranienia duże ilości białek ostrej fazy są uwalniane do osocza i wspomagają odpowiedź humoralną organizmu. Białka ostrej fazy odpowiedzialne są m.in. za tworzenie skrzepu, opsonizację patogenów, hamowanie namnażania się mikroorganizmów oraz ułatwienie fagocytozy immunologicznej.
Cytokiny to również grupa glikoprotein, która produkowana jest przez aktywowane komórki układu immunologicznego. Odpowiadają za regulację nasilenia i typu odpowiedzi odpornościowej organizmu. Do cytokin zalicza się: interleukiny, interferony, chemokiny i TNF (czynnik martwicy nowotworu). Cytokiny mogą działać autokrynnie tj. pobudzać do działania komórkę, która je wytworzyła lub parakrynnie na komórki sąsiednie.