Enzymy restrykcyjne inaczej zwane restryktazami są to endonukleazy, które naturalnie obecne są w komórkach bakterii. Ich zadaniem jest ochrona komórki gospodarza przed wniknięciem obcego DNA np. bakteriofagów. Mają one bowiem zdolność przecinania cząsteczek DNA w obszarach o ściśle określonej sekwencji. Dzięki tej zdolności restryktazy wykorzystywane są do wprowadzenia wyizolowanych genów do wektorów, którymi najczęściej są plazmidy bakteryjne. Wektory zawierające obce DNA mogą być powielane, dlatego restryktazy odgrywają zasadniczą rolę w procesie klonowania DNA.
Enzymy restrykcyjne rozpoznają sekwencje o określonej długości, która zazwyczaj wynosi od 4-8 nukleotydów. Sekwencje te charakteryzują się szczególną symetrią – w dwóch łańcuchach mają taką samą kolejność nukleotydów czytaną od osi symetrii. Restryktazy zwykle przecinają DNA w taki sposób, że powstają tzw. „lepkie końce”, czyli jednoniciowe komplementarne odcinki.
Aby połączyć ze sobą dwie różne cząsteczki DNA – obcy fragment DNA zawierający gen, który chcieliśmy wyizolować z wektorem służącym jako nośnik informacji, należy użyć tego samego rodzaju enzymu restrykcyjnego. Pod wpływem restryktazy w obu cząsteczkach powstaną lepkie końce, komplementarne względem siebie. Przy udziale ligazy połączą się one ze one ze sobą dając zrekombinowany DNA. Zdarza się, że dwie różne cząsteczki DNA nie łączą się ze sobą, a kolista cząsteczka wektora odtwarza się na nowo.
Obecnie znanych jest kilkaset różnych restryktaz, które powszechnie używa się w laboratoriach. Jedną z nich jest restryktaza EcoRI, czyli enzym wyizolowany z pałeczki okrężnicy. Nazwy enzymów restrykcyjnych tworzy się od nazw bakterii, z których pochodzą. Literami (lub cyframi arabskimi) oznacza się szczep bakterii, a cyframi rzymskimi kolejność izolacji enzymu. I tak, wiemy że restryktaza EcoRI jest pierwszym enzymem wyizolowanym ze szczepu R Escherichia coli.