Sakrament pokuty i pojednania został ustanowiony przez Jezusa Chrystusa, w dniu Jego Zmartwychwstania. Ukazał się wówczas Apostołom, przebywającym w Wieczerniku:
Wieczorem owego pierwszego dnia tygodnia, tam gdzie przebywali uczniowie, gdy drzwi były zamknięte z obawy przed Żydami, przyszedł Jezus, stanął pośrodku i rzekł do nich: «Pokój wam!» A to powiedziawszy, pokazał im ręce i bok. Uradowali się zatem uczniowie ujrzawszy Pana. A Jezus znowu rzekł do nich: «Pokój wam! Jak Ojciec Mnie posłał, tak i Ja was posyłam». Po tych słowach tchnął na nich i powiedział im: «Weźmijcie Ducha Świętego! Którym odpuścicie grzechy, są im odpuszczone, a którym zatrzymacie, są im zatrzymane». (J 20, 19-23)
W nauczaniu Kościoła powyższy fragment Ewangelii św. Jana stanowi świadectwo przekazania Apostołom i ich następcom władzy odpuszczania grzechów mocą Ducha Świętego.
Chrystus ustanawiając sakrament pokuty i pojednania nadał mu także eklezjalny wymiar. Został on wyrażony w słowach, które Jezus skierował do Szymona Piotra:
Tobie dam klucze Królestwa niebieskiego; cokolwiek zwiążesz na ziemi, będzie związane w niebie, a co rozwiążesz na ziemi, będzie rozwiązane w niebie. (Mt 16, 19).
Tym samym ten, kto zostaje wyłączony z komunii z Kościołem, zostaje także wyłączony z komunii z Bogiem. Natomiast pojednanie z Kościołem łączy się nierozerwalnie z pojednaniem z Bogiem.
Przez osobę Piotra dar odpuszczania grzechów został udzielony całemu Kolegium Apostołów, a zatem również biskupom, jako ich następcom, oraz prezbiterom jako współpracownikom biskupów. Są oni jedynymi szafarzami sakramentu pokuty.
O wyznaniu grzechów i pokucie jako sakramencie mówi się dopiero od XV w. – od Soboru Florenckiego (1438-1445). Sakramentalny charakter pokuty potwierdził także Sobór Trydencki (1545-1563). Wcześniej – w 1215 r. – Sobór laterański IV wprowadził do dziś obowiązujące przepisy: obowiązek spowiedzi przynajmniej raz w roku w czasie wielkanocnym oraz tajemnicę spowiedzi.