Idea Polskiego Narodowego Kościoła Katolickiego sięga XVI w., czyli czasów reformacji. Jej propagatorem był Jan Łaski (1499-1560), kuzyn ówczesnego prymasa Polski Jana Łaskiego i znany w Europie reformator. Pod jego wpływem Zygmunt II August złożył szlachcie polskiej przyrzeczenie, że będzie mogła zwołać sobór narodowy, który zatwierdzi projekt sprawowania liturgii w języku polskim. Jednak chwiejność w sprawach religijnych króla sprawiła, że próby „unarodowienia” Kościoła zakończyły się fiaskiem. Zwolennikami idei Kościoła narodowego w tamtym okresie byli także arcybiskup gnieźnieński Jakub Uchański oraz Andrzej Frycz Modrzewski.
Idea Łaskiego została zrealizowana dopiero trzy wieki później, kiedy w 1897 r. powstał Polski Narodowy Katolicki Kościół w Stanach Zjednoczonych. Został on utworzony w miejscowości Scranton (stan Pensylwania) przez emigrantów polskich i był efektem konfliktu pomiędzy wiernymi parafii p.w. Najsłodszego Serca Jezusa i Maryi a proboszczem ks. Ryszardem Austem, który nie chciał zgodzić się na ich wgląd w fundusze parafialne. Narodziła się wówczas wśród wiernych myśl wybudowania nowego kościoła.
Swoje postulaty i zamiary odnośnie własnej wspólnoty kościelnej parafianie przedstawili Stolicy Apostolskiej. W podpisanej przez 5 tysięcy osób petycji prosili m.in. o zgodę na unarodowienie własności kościelnych oraz o przyznanie parafianom możliwości zgody na obsadę danego księdza. Papież Leon XIII odrzucił wszystkie żądania Polaków. W takiej sytuacji wierni ze Scranton postanowili nie wracać pod jurysdykcję biskupów rzymskokatolickich.
Pierwszym biskupem Polskiego Narodowego Kościoła Katolickiego został ks. Franciszek Hodur, który sakrę przyjął w katedrze p.w. św. Gertrudy w Utrechcie z rąk hierarchów starokatolickich. W konsekwencji do dziś Polski Narodowy Kościół Katolicki w USA, a także wywodzący się z niego Kościół Polskokatolicki oraz Polski Narodowy Kościół Katolicki w RP, należą do Kościołów tzw. Unii Utrechckiej (Kościołów starokatolickich), czyli nie uznają dogmatu o nieomylności i prymacie papieża.
Polski Narodowy Kościół Katolicki w USA już w 1900 r. wprowadził do liturgii język polski. Z kolei na IV Synodzie w Scranton w 1921 r. zniesiono celibat księży, a dziesięć lat później zaczęto odprawiać Mszę św. twarzą do wiernych.
W 1918 r. po odzyskaniu niepodległości przez Polskę PNKK rozpoczął działalność misyjną w ojczystym kraju. Pierwszą utworzoną parafią była parafia krakowska w Podgórzu pod wezwaniem Zmartwychwstania Pańskiego (1922 r.). Jednak w czasie istnienia II Rzeczypospolitej nigdy nie doszło do rejestracji Kościoła przez władze państwowe. Pomimo nietolerancji i wrogości, w lipcu 1939 roku PNKK w Polsce liczył ok. 100 tys. wiernych.
W czasie II wojny światowej Kościół poniósł dotkliwe straty, a jego struktury zostały niemal całkowicie rozbite; w latach okupacji niemieckiej zginęło ok. 28% duchownych. Swoją działalność wznowił w marcu 1945 r. Niecały rok później, 1 lutego 1946 r., został prawnie uznany przez władze państwowe jako „publiczno-prawny związek religijny”. Jednakże zaistniałe po wojnie zmiany polityczne uniemożliwiły dalszą misję Polskiego Narodowego Kościoła Katolickiego i niemal całkowicie zmieniły jego oblicze.
Władze komunistycznie nieprzychylnym okiem patrzyły na Polski Narodowy Kościół Katolicki, ponieważ na jego czele stał obywatel Stanów Zjednoczonych – biskup Józef Padewski. Postanowiły podporządkować sobie zarówno wiernych, jak i duchownych PNKK. Ci, którzy nie chcieli współpracować, często byli prześladowani. Wielu duchownych skazano wówczas na śmierć. Znaleźli się jednak też tacy księża, którzy opowiedzieli się za władzami PRL. To właśnie z nich w 1951 r. utworzono Tymczasowe Kolegium Rządzące PNKK.
Kolegium zorganizowało zjazd krajowy PNKK, który odbył się pod znakiem entuzjastycznego poparcia dla rządu. Potępiono na nim amerykański imperializm i zerwano wszelkie więzi z Kościołem narodowym w USA. Jesienią 1951 r. zmieniono nazwę na „Kościół Polskokatolicki”. W ten sposób władze państwowe przejęły pełną kontrolę nad nowym odłamem wyznaniowym. Polski Narodowy Kościół Katolicki przestał istnieć, a jego parafie wcielono do rządowego „Kościoła”.
Władze PRL zajmowały się mianowaniem biskupów i całą polityką kadrową, a także finansowały działalność organizacyjną Kościoła Polskokatolickiego. Miał być on narzędziem komunistów do walki z Kościołem rzymskokatolickim. W efekcie po 1989 r. polskokatolicy byli wytykani przez społeczeństwo jako zwolennicy władz PRL.
W 1995 r. doszło do wyboru nowego zwierzchnika Kościoła Polskokatolickiego. Został nim bp Wiktor Wysoczański. Z tym wyborem nie zgodziła się jednak część wiernych i duchownych. Powołali oni Komitet Obrony Kościoła Narodowego, który rozpoczął starania o wznowienie misji Kościoła Narodowego w Polsce. Tym sposobem 6 października 2006 r. został zarejestrowany Polski Narodowy Kościół Katolicki w RP.
Podsumowując, z początkowego Polskiego Narodowego Kościoła Katolickiego wyłonił się Kościół Polskokatolicki i Polski Narodowy Kościół Katolicki w RP. Oba figurują dzisiaj w rejestrze kościołów MSWiA. Ponadto od 1897 r. nieprzerwanie działa Polski Narodowy Kościół Katolicki w Stanach Zjednoczonych i w Kanadzie.
Współcześnie Polski Narodowy Kościół Katolicki w RP jest organizacją religijną niezależną od jakiejkolwiek zewnętrznej władzy świeckiej. Równocześnie od 13 stycznia 2012 r. podlega jurysdykcji Polskiego Narodowego Kościoła Katolickiego w USA i Kanadzie. W Polsce należy do PNKK 430 wiernych (dane z 2011 r.).
Polski Narodowy Kościół Katolicki w RP jest nadal Kościołem starokatolickim, zatem nie uznaje dogmatu o nieomylności papieża w sprawach wiary i moralności. Odrzuca celibat duchowieństwa. Zachowuje natomiast kult Maryi Panny, aniołów, apostołów, męczenników i świętych. Kościół uznaje tradycyjnie 7 sakramentów. Eucharystia sprawowana jest pod dwiema postaciami. Młodzież do 18. roku życia obowiązuje spowiedź w konfesjonale, pozostali wierni otrzymują odpuszczenie grzechów na Mszy św. podczas spowiedzi powszechnej.
Godłem PNKK w RP jest otwarta księga Ewangelii, wsparta o krzyż i palmę, na tle promieniującej tarczy słonecznej z napisem „Prawdą, Pracą, Walką, Zwyciężymy!”. Kościół posiada własne Wyższe Seminarium Duchownego oraz Zgromadzenie Zakonne Dobrzy Samarytanie. Należy do Światowej Rady Narodowych Kościołów Katolickich.