Idea Polskiego Narodowego Kościoła Katolickiego sięga XVI w., czyli czasów reformacji. Jej propagatorem był Jan Łaski (1499-1560), kuzyn ówczesnego prymasa Polski Jana Łaskiego i znany w Europie reformator. Pod jego wpływem Zygmunt II August złożył szlachcie polskiej przyrzeczenie, że będzie mogła zwołać sobór narodowy, który zatwierdzi projekt sprawowania liturgii w języku polskim. Jednak chwiejność w sprawach religijnych króla sprawiła, że próby „unarodowienia” Kościoła zakończyły się fiaskiem. Zwolennikami idei Kościoła narodowego w tamtym okresie byli także arcybiskup gnieźnieński Jakub Uchański oraz Andrzej Frycz Modrzewski.
Idea Łaskiego została zrealizowana dopiero trzy wieki później, kiedy w 1897 r. powstał Polski Narodowy Katolicki Kościół w Stanach Zjednoczonych. Został on utworzony w miejscowości Scranton (stan Pensylwania) przez emigrantów polskich i był efektem konfliktu pomiędzy wiernymi parafii p.w. Najsłodszego Serca Jezusa i Maryi a proboszczem ks. Ryszardem Austem, który nie chciał zgodzić się na ich wgląd w fundusze parafialne. Narodziła się wówczas wśród wiernych myśl wybudowania nowego kościoła.
Swoje postulaty i zamiary odnośnie własnej wspólnoty kościelnej parafianie przedstawili Stolicy Apostolskiej. W podpisanej przez 5 tysięcy osób petycji prosili m.in. o zgodę na unarodowienie własności kościelnych oraz o przyznanie parafianom możliwości zgody na obsadę danego księdza. Papież Leon XIII odrzucił wszystkie żądania Polaków. W takiej sytuacji wierni ze Scranton postanowili nie wracać pod jurysdykcję biskupów rzymskokatolickich.
Pierwszym biskupem Polskiego Narodowego Kościoła Katolickiego został ks. Franciszek Hodur, który sakrę przyjął w katedrze p.w. św. Gertrudy w Utrechcie z rąk hierarchów starokatolickich. W konsekwencji do dziś Polski Narodowy Kościół Katolicki w USA, a także wywodzący się z niego Kościół Polskokatolicki oraz Polski Narodowy Kościół Katolicki w RP, należą do Kościołów tzw. Unii Utrechckiej (Kościołów starokatolickich), czyli nie uznają dogmatu o nieomylności i prymacie papieża.
Polski Narodowy Kościół Katolicki w USA już w 1900 r. wprowadził do liturgii język polski. Z kolei na IV Synodzie w Scranton w 1921 r. zniesiono celibat księży, a dziesięć lat później zaczęto odprawiać Mszę św. twarzą do wiernych.
W 1918 r. po odzyskaniu niepodległości przez Polskę PNKK rozpoczął działalność misyjną w ojczystym kraju. Pierwszą utworzoną parafią była parafia krakowska w Podgórzu pod wezwaniem Zmartwychwstania Pańskiego (1922 r.). Jednak w czasie istnienia II Rzeczypospolitej nigdy nie doszło do rejestracji Kościoła przez władze państwowe. Pomimo nietolerancji i wrogości, w lipcu 1939 roku PNKK w Polsce liczył ok. 100 tys. wiernych.
W czasie II wojny światowej Kościół poniósł dotkliwe straty, a jego struktury zostały niemal całkowicie rozbite; w latach okupacji niemieckiej zginęło ok. 28% duchownych. Swoją działalność wznowił w marcu 1945 r. Niecały rok później, 1 lutego 1946 r., został prawnie uznany przez władze państwowe jako „publiczno-prawny związek religijny”. Jednakże zaistniałe po wojnie zmiany polityczne uniemożliwiły dalszą misję Polskiego Narodowego Kościoła Katolickiego i niemal całkowicie zmieniły jego oblicze.
Władze komunistycznie nieprzychylnym okiem patrzyły na Polski Narodowy Kościół Katolicki, ponieważ na jego czele stał obywatel Stanów Zjednoczonych – biskup Józef Padewski. Postanowiły podporządkować sobie zarówno wiernych, jak i duchownych PNKK. Ci, którzy nie chcieli współpracować, często byli prześladowani. Wielu duchownych skazano wówczas na śmierć. Znaleźli się jednak też tacy księża,