Kościół Polskokatolicki należy do rodziny Kościołów Starokatolickich Unii Utrechckiej. Wyłonił się z Polskiego Narodowego Kościoła Katolickiego, powstałego w 1897 roku w Stanach Zjednoczonych.
W latach 20-tych XX w. przedstawiciele Polskiego Narodowego Kościoła Katolickiego rozpoczęli działalność misyjną w ojczystym kraju. Pierwszą utworzoną parafią była parafia krakowska w Podgórzu pod wezwaniem Zmartwychwstania Pańskiego (1922 r.). Jednak w czasie istnienia II Rzeczypospolitej nigdy nie doszło do rejestracji Kościoła przez władze państwowe. Pomimo nietolerancji i wrogości, w lipcu 1939 roku PNKK w Polsce liczył ok. 100 tys. wiernych.
W czasie II wojny światowej Kościół poniósł dotkliwe straty, a jego struktury zostały niemal całkowicie rozbite; w latach okupacji niemieckiej zginęło ok. 28% duchownych. Swoją działalność wznowił w marcu 1945 r. Niecały rok później, 1 lutego 1946 r., został prawnie uznany przez władze państwowe jako „publiczno-prawny związek religijny”. Jednakże zaistniałe po wojnie zmiany polityczne uniemożliwiły dalszą misję Polskiego Narodowego Kościoła Katolickiego i niemal całkowicie zmieniły jego oblicze.
Władze komunistycznie nieprzychylnym okiem patrzyły na Polski Narodowy Kościół Katolicki, ponieważ na jego czele stał obywatel Stanów Zjednoczonych – biskup Józef Padewski. Postanowiły podporządkować sobie zarówno wiernych, jak i duchownych PNKK. Ci, którzy nie chcieli współpracować, często byli prześladowani. Wielu duchownych skazano wówczas na śmierć. Znaleźli się jednak też tacy księża, którzy opowiedzieli się za władzami PRL. To właśnie z nich w 1951 r. utworzono Tymczasowe Kolegium Rządzące PNKK.
Kolegium zorganizowało zjazd krajowy PNKK, który odbył się pod znakiem entuzjastycznego poparcia dla rządu. Potępiono na nim amerykański imperializm i zerwano wszelkie więzi z Kościołem narodowym w USA. Jesienią 1951 r. zmieniono nazwę na „Kościół Polskokatolicki”. W ten sposób władze państwowe przejęły pełną kontrolę nad nowym odłamem wyznaniowym. Polski Narodowy Kościół Katolicki przestał oficjalnie istnieć, a jego parafie wcielono do rządowego „Kościoła”.
Władze PRL zajmowały się mianowaniem biskupów i całą polityką kadrową, a także finansowały działalność organizacyjną Kościoła Polskokatolickiego. Miał być on narzędziem komunistów do walki z Kościołem rzymskokatolickim. W efekcie po 1989 r. polskokatolicy byli wytykani przez społeczeństwo jako zwolennicy władz PRL.
W 1995 r. doszło do wyboru nowego zwierzchnika Kościoła Polskokatolickiego. Został nim bp Wiktor Wysoczański. Z tym wyborem nie zgodziła się jednak część wiernych i duchownych. Powołali oni Komitet Obrony Kościoła Narodowego, który rozpoczął starania o wznowienie misji Kościoła Narodowego w Polsce. Tym sposobem 6 października 2006 r. został zarejestrowany Polski Narodowy Kościół Katolicki w RP.
Podsumowując, z początkowego Polskiego Narodowego Kościoła Katolickiego wyłonił się zarówno Kościół Polskokatolicki jak i Polski Narodowy Kościół Katolicki w RP. Oba figurują dzisiaj w rejestrze kościołów MSWiA. Ponadto od 1897 r. nieprzerwanie działa Polski Narodowy Kościół Katolicki w Stanach Zjednoczonych i w Kanadzie. Wszystkie te organizacje kościelne, chociaż funkcjonujące pod innymi nazwami, pozostają w jedności wiary i moralności.
Różnice między Kościołem polskokatolickim a rzymskokatolickim w kwestiach doktrynalnych i liturgicznych są niewielkie. Polskokatolicy odrzucają jednak dogmat o nieomylności papieża w sprawach wiary i moralności oraz jego niepodzielnym zwierzchnictwie nad Kościołem. Mniejszą wagę przywiązują również do kultu maryjnego (nie przyjmują dogmatów o niepokalanym poczęciu Najświętszej Maryi Panny i jej cielesnym wniebowzięciu). Swoją doktrynę opierają na uchwałach pierwszych siedmiu soborów chrześcijańskich. Nie uznają kultu relikwii, odpustów i celibatu. Ponadto Kościół polskokatolicki przez sakrament pokuty rozumie zarówno spowiedź sakramentalną ogólną, jak i spowiedź indywidualną.
Godłem Kościoła Polskokatolickiego jest otwarta księga Ewangelii, wsparta o krzyż i palmę, na tle promieniującej tarczy słonecznej z napisem „Prawdą, Pracą, Walką”. Hymnem jest pieśń „Tyle lat, my, Ci o Panie”. Kościół wydaje czasopismo „Rodzina”.
Kościół Polskokatolicki w RP liczy dzisiaj ponad 20 tysięcy wiernych. Ma ustrój episkopalno-synodalny; jego najwyższą władzą jest synod, w którego skład wchodzą wszyscy biskupi i księża oraz świeccy reprezentanci poszczególnych parafii. Zbiera się co 5 lat. W okresie międzysynodalnym rządy sprawuje Rada Kościoła, składająca się z biskupów, dziekanów i przedstawicieli świeckich.
Administracyjnie Kościół Polskokatolicki podzielony jest na trzy diecezje: warszawską, wrocławską i krakowsko-częstochowską. Łącznie posiada 74 parafie (dane z 2011 r.). Siedzibą władz zwierzchnik jest Warszawa. Obecnie na czele Kościoła stoi bp Wiktor Wysoczański.
Kościół Polskokatolicki w RP jest członkiem Polskiej Rady Ekumenicznej, Światowej Rady Kościołów i Konferencji Europejskich Kościołów. W Polsce Kościół prowadzi dialog teologiczny z Kościołem rzymskokatolickim i Kościołem prawosławnym.
Kościół Polskokatolicki w Rzeczypospolitej Polskiej ma uregulowany status prawny ustawą z dnia 30 czerwca 1995 r. o stosunku Państwa do Kościoła Polskokatolickiego w Rzeczypospolitej Polskiej.