„Dusza Pana Cogito” to wiersz o poważnej tematyce napisany z humorem, trochę przewrotny i niejednoznaczny. Już samo pojęcie duszy może być różnie rozumiane. Poeta wykorzystuje tę wieloznaczność, by ukazać zmiany, jakie obserwuje wokół siebie:
(…) Dawniej/ wiemy z historii/ wychodziła z ciała/ kiedy stawało serce/ z ostatnim oddechem/ oddalała się cicho/ na łąki niebieskie (…).
Herbert pisze o dawnej duszy z humorem. W rzeczywistości nie posiadamy żadnej wiedzy na jej temat, a jedynie pewne wyobrażenia i wierzenia. Dusza jest przedmiotem spekulacji, a nie badań, wiary, nie zaś wiedzy. Owe wyobrażenia wiele mówią o kondycji człowieka. Dawniej wierzono, że dusza to pierwiastek boski. Dusza – stawiana w opozycji do ciała – stanowiła istotę człowieczeństwa. Wierzono, że jest wieczna, niezmienna i nieśmiertelna.
Herbert ukazuje kryzys człowieczeństwa, polemizując z tą wizją ludzkiej duszy. Począwszy od słów: „dusza Pana Cogito/ zachowuje się inaczej”, następuje przedstawienie czasów współczesnych. Obecnie „dusz jest stanowczo za mało/ jak na całą ludzkość”. W tym znaczeniu – dusza to jasna część natury ludzkiej, dobro, które mieszka w człowieku. I tego dobra jest stanowczo za mało. Dusza już nie towarzyszy ciału od narodzin aż do śmierci. Nie jest ona czymś, co się ma, ale zaledwie miewa: „za życia opuszcza ciało/ bez słowa pożegnania/ miesiące lata bawi/ na innych kontynentach”. Pan Cogito, człowiek współczesny, często również jest pozbawiony duszy, nie ma nawet pewności, czy kiedykolwiek do niego wróci.
Spersonifikowana dusza z wiersza jest bytem od człowieka niezależnym. Kiedyś wyjście duszy z ciała (np. związek frazeologiczny „wyzionąć ducha”) było jednoznacznie rozumiane jako śmierć. Dziś, jak się okazuje, nawet śmierć nie jest jednoznaczna. Ciało może egzystować i bez duszy, ludzie żyją pozbawieni swojego człowieczeństwa: bez sumienia, bez uczuć, bez ludzkich odruchów.
Pan Cogito ma świadomość, że dusza jest prawdziwą wartością, nie chce jej utracić, ale czuje się bezsilny wobec jej wybryków. Traktuje ją po trochu jak niesforne dziecko, o którym myśli tkliwie, z czułością. Jednak nie jest ona dzieckiem, przeciwnie – obraz duszy z ostatnich wersów wskazuje raczej na jej podeszły wiek i zmęczenie życiem.
To, jak ważna jest dusza, odzwierciedlają stany psychiczne Pana Cogito, kiedy jej zabraknie. Czuje się wtedy zagubiony, niepewny, samotny, „godzi się z losem”.
Ważnym zabiegiem artystycznym w wierszu Herberta jest personifikacja duszy – ukazanie jej jako towarzyszki człowieka, a nie jego integralnej części. Jej zachowanie przedstawione zostało w sposób metaforyczny: „bawi/ na innych kontynentach”, „unika kontaktów/ nie pisze listów”. Podkreślając, jak ważna jest dla Pana Cogito dusza, poeta posłużył się anaforą: „myśli o duszy dobrze/ myśli o duszy z czułością”, „myśli o duszy tkliwie/ myśli o duszy z czułością”.