W czasie walk z kolejnymi koalicjami antyfrancuskimi główną bolączką Napoleona było pokonanie nieosiągalnej Anglii. Jej wyspiarskie położenie znacznie utrudniało jej pokonanie, a pozostająca za bezpiecznym kanałem La Manche była ona zawsze motorem kolejnych sojuszy wymierzonych przeciw Francji. Aby pokonać Wielką Brytanię, należało rozbić jej flotę i dokonać inwazji na Wyspy Brytyjskie. Było to jednak zadanie niezwykle trudne, pamiętając o potędze morskiej Imperium.
W trakcie przygotowań do planowanej, lecz nigdy nie zrealizowanej inwazji na Wyspy Brytyjskie, Napoleon planować zebrać swoją flotę, wzmocnioną przez jednostki hiszpańskie, w jednym miejscu i za jej pomocą zdobyć panowanie nad kanałem La Manche. W wyniku skomplikowanej serii operacji zamiar ten zakończył się połowicznym sukcesem - doszło wprawdzie do połączenia większej części flot francuskiej i hiszpańskiej, były one jednak cały czas za słabe na wykonanie głównego zadania, a w dodatku były zablokowane w porcie w Kadyksie przez okręty brytyjskie. Wobec tego Napoleon przejściowo porzucił myśl o inwazji na wyspy, zajmując się najpierw przeciwnikami na kontynencie. Przedtem jednak wymusił na dowódcach floty przeniesienie jej z małego portu w Kadyksie do Neapolu, jako lepszej bazy operacyjnej. Właśnie w trakcie wykonywania tego rozkazu doszło do bitwy (21.10.1805).
Dowódcą sił brytyjskich był słynny admirał Horatio Nelson, wyjątkowo utalentowany dowódca, potrafiący ryzykować w krytycznych sytuacjach. Siły obu stron były raczej wyrównane, z niewielką przewagą brytyjską. Brytyjskie okręty zostały ustawione w dwie linie, które miały wedrzeć się pomiędzy statki połączonej floty francusko - hiszpańskiej i rozerwać jej szyki.
Do przechwycenia okrętów wroga doszło niedaleko Trafalgaru. Pomysł Nelsona, mimo dużego ryzyka, okazał się strzałem w dziesiątkę. Siły francusko - hiszpańskie straciły 22 okręty, podczas gdy Anglicy ani jednego. Niestety, sam dowódca angielski, Horatio Nelson, zginął przed końcem bitwy, zabity przez hiszpańską kulę. Mimo to jego żołnierzom udało się dokończyć jego dzieła. Niedobitki floty francusko - hiszpańskiej z trudnością wycofały się do swoich portów.
Bitwa pod Trafalgarem nie zmieniła losów wojny z trzecią koalicją, które roztrzygnęły się na lądzie. Mimo to miała ona wpływ na dalsze wojny napoleońskie. Po klęsce swojej floty Napoleon na dłuższy czas porzucił plany inwazji na Anglię, wierząc, że jego siły są za szczupłe na pokonanie marynarki brytyjskiej. Ta zaś utwierdziła swój status hegemona na morzu, trwający właściwie aż do XX wieku. Admirał Nelson pośmiertnie stał się bohaterem Anglików, którym jest do dzisiaj, a sama bitwa przeszła do legendy i jest elementem narodowego etosu.