23 maja w roku 1618 na zamku praskim – Hradczany, doszło do incydentu, który zapoczątkował najdłuższą i najbardziej krwawą wojnę jaka miała miejsce w nowożytnej Europie. Wtedy bowiem w toku spotkania między przedstawicielami czeskich protestantów a namiestnikami ówczesnego cesarza – Macieja Habsburga, doszło do kłótni dotyczącej nieprzestrzegania praw protestantów przez władzę katolicką. Ostatecznie całe zajście zakończyło się wyrzuceniem przez zamkowe okna przedstawicieli Habsburga – defenestracja praska.
Wybuch rebelii zapoczątkowany w stolicy posiadał wszystkie charakterystyczne cechy tego typu zajść w ówczesnym czasie – opozycja uprzywilejowanej grupy społecznej przeciwko agresywnej i zrazem obcej władzy. Ponieważ jednak bunt przeciwko centralistycznej monarchii nie spotkał się z poparciem większości społeczeństwa, protestanci poszukiwali wsparcia z zewnątrz. Otrzymali je od oprócz niekatolickich krajów zachodnich również od Anglii i Palatynatu.
Z drugiej strony Habsburgowie między sobą nie potrafili początkowo dojść do porozumienia dotyczącego dalszego postępowania w Czechach. Ostatecznie zdecydowano się poprzeć w tej kwestii działania Ferdynanda Habsburga – wykorzystanie rebelii w Czechach do całkowitego rozbicia opozycji protestanckiej. Jednocześnie czeskie stany generalne wypowiedziały posłuszeństwo cesarzowi, a na swojego nowego władcę wybrali księcia Palatynatu – Fryderyka V.
Do punktu kulminacyjnego powstania anty cesarskiego w Czechach doszło 8 listopada w roku 1620. Wówczas niedaleko Pragi pod miejscowością Biała Góra dochodzi do decydującej bitwy. Siły cesarskie, posiłkowane przez inne kraje katolickie – zdecydowanie lepiej wyszkolone, uzbrojone i liczebniejsze, zadają druzgocącą klęskę wojskom opozycji protestanckiej.
Reperkusje po przegranej wojnie są katastrofalne dla strony czeskiej. Ich nowo wybrany władca, który zasłynął w historii jako „zimowy król”, ucieka z powrotem do Palatynatu. Wszyscy przywódcy powstania oraz co wybitniejsi uczestnicy zostają skazani na śmierć – około 600 osób.
Poza tym ich majątki ulegają konfiskacie, a następnie są rozdane zwycięzcom – Hiszpanom, Belgom oraz Irlandzkim najemnikom. Dodatkowo gigantyczne wręcz nadania otrzymał Kościół katolicki oraz austriacka arystokracja.
W efekcie dalszych działań wojennych Królestwo Czech zostało praktycznie całkowicie wyniszczone – przestała istnieć czeska szlachta, a poszczególne miasta zamieniono w ruinę. Liczba ludności czeskiej diametralnie zmalała – z 4 milionów do niespełna 1 miliona. Ponadto wielu czeskich protestantów musiało emigrować z kraju.
Ostatecznie Królestwo Czeskie zostało zamienione w jedną z prowincji monarchii austriackiej. Utraciły wówczas również prawo elekcji władców oraz własny rząd i samorządy terytorialne.
Po zniszczeniu przez cesarza opozycji w Czechach, zaniepokojone tym protestanckie państwa morskie – Dania, Niderlandy oraz Anglia, zawarły w roku 1625 anty cesarskie przymierze. Do wojny po stronie protestantów przyłączyły się następnie w roku 1630 – Szwecja oraz w roku 1635 – Francja.