W roku 1618 wybuchł ponownie konflikt militarny między Habsburgami i sprzymierzonymi z nimi państwami, a Francją i blokiem władców protestanckich. Chodziło wówczas przede wszystkim o panowanie w Rzeszy, a stawką było zniesienie bądź też utrzymanie katolickiego charakteru cesarstwa.
Protestanci ówcześnie bowiem szykowali się do wprowadzenia swojego współwyznawcy na tron cesarski. Ostatecznie walka o koronę czeską, a pośrednio również niemiecką, zapoczątkowała najkrwawszy konflikt XVII stulecia – wojnę trzynastoletnią.
Czechy oraz Węgry jeszcze przed wybuchem wojny i rozpoczęciem działań wojennych znalazły się pod zwierzchnią władzą Ferdynanda, który miał zastąpić w tych państwach Macieja Habsburga. Zwłaszcza w Czechach spotkało się to z wielką dezaprobatą, głównie ze względu na politykę antyprotestancką jaką Habsburg prowadził wcześniej na podległych mu obszarach.
Na zamku w Pradze znaleźli się wówczas namiestnicy Macieja Habsburga. W tej sytuacji stany czeskie zaniosły skargę do samego cesarza dotyczącą nieprzestrzegania praw protestantów przez nowe władze. Zdecydowana odmowa cesarza połączona z zakazem odbywania narad protestacyjnych, doprowadziła do otwartego buntu ludności stolicy.
Następnie powyższa sytuacja doprowadziła do wyruszenia praktycznie całej niekatolickiej społeczności do zamku na Hradczany, z wcześniej przygotowanym protestem na piśmie. Doszło wówczas do gwałtownej kłótni między protestantami a przedstawicielami cesarskimi. Do najbardziej znienawidzonych z tych ostatnich należeli wówczas bardzo wierni Habsburgowi Czesi – Wilhelm Slavata oraz Jarosław Martinic.
Ostatecznie przedstawiciele protestanckiej szlachty użyli siły wobec oponentów i wyrzucili ich przez okno. Wszyscy oni jednak przeżyli, chociaż podobno oddawano za nimi nawet strzały. W ten sposób incydent znany w historii jako defenestracja praska – zapoczątkował wojnę trzydziestoletnią.
Po tych wydarzeniach obydwie strony podjęły przygotowania do nieuniknionego konfliktu zbrojnego. Punktem kulminacyjnym stała się bitwa pod Białą Górą – 8 listopada w roku 1620. Zakończyła się ona miażdżącą klęską sił protestanckich. Doszło wówczas do całkowitego wyniszczenia Czech, które przestały być samodzielnym królestwem w granicach Rzeszy.