Aminokwasy
Do aminokwasów zaliczamy związki organiczne zawierające w swej budowie jednocześnie dwie konkretne grupy funkcyjne - grupę aminową oraz grupę karboksylową. Aminokwasy mogą zawierać również dodatkowe grupy funkcyjne, które mogą silnie wpływać na jego właściwości fizykochemiczne. Obecność dodatkowych grup funkcyjnych pozwala usystematyzować aminokwasy w kilka różnych grup w zależności od przyjętego kryterium.
Z uwagi na znaczenie biologiczne największą uwagę skupia się na L-α-aminokwasach, które są kluczowe do istnienia i funkcjonowania organizmów żywych, jednakże z chemicznego punktu widzenia wykazują zbliżone właściwości fizykochemiczne.
Aminokwasy z biegiem czasu ulegają racemizacji, dlatego znając czasy połowiczne, jesteśmy w stanie określić wiek próbki, podobnie jak w przypadku oznaczeń z wykorzystaniem izotopu węgla C-14.
Peptydy
Zgodnie z definicją IUPAC nazywamy związki otrzymane przez utworzenie wiązania kowalencyjnego między grupą aminową jednego aminokwasu a grupą karboksylową kolejnego aminokwasu w reakcji polikondensacji. Peptyd możemy scharakteryzować, podając jego skład aminokwasowy bądź sekwencję aminokwasową. Posługując się składem aminokwasowym, zawsze odowołujemy się do składu ilościowego, czyli do tego ile oraz jakiego typu reszty aminokwasowe budują nasz peptyd (bez precyzowania w jakiej kolejności sa one połączone). Terminu sekwencja aminokwasów używa kiedy jawnie specyfikujemy nie tylko skład ilościowy ale również sposób połączenia aminokwasów w łańcuchu peptydowym - okreslamy w ten sposób strukturę pierwszorzędzową.
Należy również pamiętać, że chociaż potocznie termin peptyd utożsamiany jest ze związkami powstałymi w relacjach α-aminokwasów jest to termin szerszy, obejmujący również związki otrzymane w reakcji kondensacji dowolnych aminokwasów.
Białka
Białkami zgodnie z definicją IUPAC nazywamy dowolne polipeptydy, naturalne jak i syntetyczne, których masa jest większa bądź równa 10 000 Daltonów. Granica ta ma charakter raczej umowny niż wynikający z dokładnej klasyfikacji. Białka budujące ludzki organizm zbudowane są z 19 α-aminokwasów i jednego iminokwasu - proliny. Klasyfikacja oraz nazewnictwo białek jest silnie związane z ich pochodzeniem i funkcjami jakie pełnią w organizmach żywych i jest przedmiotem taksonomi fenetycznej i/lub taksonomi filogenetycznej.