Początki ateizmu w Polsce zwykle są kojarzone z postacią Kazimierza Łyszczyńskiego, filozofa, który w XVII w. został skazany na karę śmierci za swój traktat De non existentia Dei („O nieistnieniu Boga”). Łyszczyński bywa nazywany polskim Giordano Bruno, gdyż podobnie jak on zginął na stosie.
Jego przypadek nie zachęcał do otwartego głoszenia poglądów ateistycznych i właściwie aż do połowy XX w. ateizm był tematem tabu. Co prawda w XIX w. część ówczesnej inteligencji przyznawała się do niewiary w Boga (m.in. Maria Curie-Skłodowska, Maria Konopnicka), ale na tle całego kraju były to tak naprawdę „wyjątki potwierdzające regułę”.
Po II wojnie światowej ateizm był propagowany przez komunistyczne władze, co przejawiało się m.in. w prześladowaniach Kościoła katolickiego. Wielu księży w okresie PRL (1952-1989) zostało aresztowanych i skazanych na tortury. Część z nich oddała nawet swoje życie w imię wiary.
W obliczu tej walki państwa z religią (i związanych z nią represji) Polacy nie odwrócili się jednak od Kościoła; pozostał dla nich oparciem i nadzieją w okresie komunistycznej dyktatury. Ateizm jawił się zatem również jako to, co wrogie i niebezpieczne, dlatego pomimo usilnych starań ówczesnej władzy Polska nie stała się w żaden sposób państwem ateistycznym.
Obecnie ludzie niewierzący stają się coraz bardziej widoczni w sferze publicznej, czego przykładem są organizowane przez nich akcje plakatowania miast w Polsce hasłami typu „Ateiści są boscy”. Trudno mówić jednak o wojujących zastępach ateistów. Profesor Wojciech Burszta ze Szkoły Wyższej Psychologii Społecznej w Warszawie zwrócił uwagę, że w wolnej Polsce widoczna jest pogłębiająca się tendencja do stygmatyzowania ateistów. Mówiąc wprost – o wiele łatwiej było być ateistą w PRL niż teraz.
Trudno jest oszacować ilu ateistów mieszka w Polsce. W badaniach CBOS z 2012 r. co szesnasty ankietowany zadeklarował, że jest osobą niewierzącą (6%), ale jedynie trzech na stu (3%) mówi o całkowitym braku wiary. Z badań socjologa dr Radosława Tyrały z Akademii Górniczo-Hutniczej wynika także, że coraz więcej osób decyduje się przełomowe etapy swojego życia (np. małżeństwo) świętować poza Kościołem.
Ateiści polscy ujawniają się przede wszystkim w internecie, gdzie na przygotowanym przez Stowarzyszenie Racjonalistów portalu mogą wpisać się z imienia i nazwiska na Internetową Listę Ateistów i Agnostyków. Do początku 2014 r. swój ateizm zadeklarowało w ten sposób 15,5 tysiąca Polaków.
W 2009 r. w Krakowie odbył się pierwszy Marsz Agnostyków i Ateistów zorganizowany z kolei przez Stowarzyszenie Wolnomyśliciele (w 2012 r. zmieniono nazwę na Dni Świeckości). W Polsce od kilku lat działa również fundacja Wolność od Religii, której celem jest podejmowanie działań związanych z informowaniem opinii publicznej w kwestiach dotyczących ateizmu, a także promowanie konstytucyjnej zasady rozdziału Kościoła i Państwa.