Początki ateizmu w Polsce zwykle są kojarzone z postacią Kazimierza Łyszczyńskiego, filozofa, który w XVII w. został skazany na karę śmierci za swój traktat De non existentia Dei („O nieistnieniu Boga”). Łyszczyński bywa nazywany polskim Giordano Bruno, gdyż podobnie jak on zginął na stosie.
Jego przypadek nie zachęcał do otwartego głoszenia poglądów ateistycznych i właściwie aż do połowy XX w. ateizm był tematem tabu. Co prawda w XIX w. część ówczesnej inteligencji przyznawała się do niewiary w Boga (m.in. Maria Curie-Skłodowska, Maria Konopnicka), ale na tle całego kraju były to tak naprawdę „wyjątki potwierdzające regułę”.
Po II wojnie światowej ateizm był propagowany przez komunistyczne władze, co przejawiało się m.in. w prześladowaniach Kościoła katolickiego. Wielu księży w okresie PRL (1952-1989) zostało aresztowanych i skazanych na tortury. Część z nich oddała nawet swoje życie w imię wiary.
W obliczu tej walki państwa z religią (i związanych z nią represji) Polacy nie odwrócili się jednak od Kościoła; pozostał dla nich oparciem i nadzieją w okresie komunistycznej dyktatury. Ateizm jawił się zatem również jako to, co wrogie i niebezpieczne, dlatego pomimo usilnych starań ówczesnej