W działalności Kościoła dużą rolę odgrywały zakony. Już w pierwszej połowie XVI w. pojawiło się wiele nowych zgromadzeń, z których wiele wpisało się na trwałe w dziejach Kościoła. Wśród jednak wpływowych osób w Stolicy Apostolskiej nie brakowało osób, które zakładały, iż duża liczba zakonów jest niekorzystna dla polityki całego Kościoła. Według tych osób najlepszym rozwiązaniem byłoby zgromadzenie wszystkich zakonników w jednym zakonie.
Papiestwo jednak potrafiło dostrzec obiecujące inicjatywy, które mogłoby wykorzystać do własnych celów. Dlatego też projekt zorganizowania Towarzystwa Jezusowego, przedstawiony przez byłego hiszpańskiego oficera – Ignacego Loyolę, został poparty przez biskupa Rzymu. W roku 1540 reguła nowego zakonu jezuitów została zorganizowana na wzór wojskowy, przy jednoczesnej całkowitej podległości papieżowi.
W roku 1542 jezuici założyli kolegium w Padwie – najnowocześniejszy uniwersytet w Europie. Wkrótce powstała również zorganizowana przez nich pierwsza szkoła średnia, znajdująca się w Messynie. W chwili śmierci Loyoli, jezuici byli obecni w ponad 100 ośrodkach, a w momencie kasaty zakonu w roku 1773, prowadzili około 800 szkół.
Edukacyjne zadania wymagały odpowiedniego doboru kandydatów. Ignacy Loyola zdecydował się na przyjęcie koncepcji zakonu elitarnego. Miał on składać się tylko i wyłącznie z ludzi o wysokich walorach moralnych, umysłowych oraz fizycznych. Proces ich przygotowania do działalności zewnętrznej był stosunkowo długotrwały. Specjalną rolę odgrywały tu techniki samodoskonalenia – tzw. „ćwiczenia duchowne”.
Charakterystyczne były również obszar oraz dziedziny działalności jezuitów. Prowadzili misje w różnych częściach świata, zajmowali się nauczaniem, kaznodziejstwem, pracą naukową, a także dyplomacją. W tej ostatniej kwestii członkowie zakonu często stawali się doradcami i spowiednikami poszczególnych władców nowożytnych.
Natomiast szkolnictwo jezuickie charakteryzowała znaczna jednolitość programu. Miało to służyć przede wszystkim formowaniu się jednolitej formacji duchowej oraz obyczajowej wśród zakonników. Było to niezależne od regionu, w którym działali – bądź też kraju.
Duże jak na ówczesny czas wpływy jezuitów, wynikały przede wszystkim z faktu, iż stali się oni specjalistami w edukacji oraz duszpasterstwie elit społecznych. Powszechność ich szkolnictwa i pozycja na poszczególnych dworach monarchów, gwarantowały im wyjątkową skuteczność działania, budząc jednocześnie lęk – nie tylko wśród protestantów.
Wcześniej wspomniana kasta zakonu z roku 1773, była spowodowana obawą przed niekontrolowaną samodzielnością członków zakonu w życiu Kościoła oraz w międzynarodowej polityce. Jak na ironię nie dotyczyła ona prawosławnej Rosji, gdzie pozostawiła ich Katarzyna II oraz obszaru protestanckich Prus Fryderyka II. Zakon jezuitów reaktywowano już w roku 1814.