Inkwizycja oraz indeks ksiąg zakazanych stały się symbolami prześladowań prawdziwej wiary oraz wolnej myśli, a z biegiem czasu również ogólnej nietolerancji i łamania praw człowieka. Budząca postrach historia zaczęła powstawać już w XVI wieku. Tworzyło ją wówczas przede wszystkim zaangażowane piśmiennictwo reformacyjne.
W chwili kiedy stało się jasne, iż nietolerancja nie jest wyłącznie cechą Kościoła rzymskiego, termin inkwizycja nabrał znaczenia ogólniejszego – nie związanego tylko z jedną konkretną instytucją. Ten typ postrzegania popularyzowali walczący o tolerancje myśliciele epoki oświecenia, a także pisarze oraz artyści.
Inkwizycja swoją złą sławę zawdzięcza przede wszystkim dzięki inkwizycji hiszpańskiej. Powstała ona pod koniec XV w. i – w odróżnieniu od średniowiecznych trybunałów, stanowiła instytucję królewską, która była niejednokrotnie wykorzystywano do walk z polityczną oraz stanową opozycją.
Natomiast związany z kontrreformacją rzymski trybunał inkwizycyjny – Sacrum Officium (Święte Oficjum), to instytucja powołana przez papieża Pawła III w roku 1542. Funkcjonowała ona jako sąd w sprawach o herezje bądź też obrazę moralności.
Święte Oficjum stanowiło równocześnie najwyższą instancję w zakresie cenzury kościelnej. Od roku 1557 do 1948 publikowany był Indeks ksiąg zakazanych.
Metody działalności tej instytucji różniły się diametralnie od metod inkwizycji hiszpańskiej – stosowano na szerszą skalę tortury, publicznie ogłaszano wyroki i wykonywano kary śmierci. W wyniku inkwizycji hiszpańskiej w latach 1550 – 1800 śmierć miało ponieść około 4 tysiące osób.
Dodatkowo istniały również lokalne trybunały inkwizycyjne. Jednak ich zależność od trybunału rzymskiego nie została nigdy jasno sprecyzowane. Wśród tych pierwszych wyróżnić można trybunał wenecki oraz sycylijski. Natomiast próby tworzenia trybunałów inkwizycyjnych w środkowo – wschodniej Europie, nie przyniosły poważniejszych efektów. Na obszarze Polski z prób zorganizowania tego typu instytucji zrezygnowano już za czasów rządów Zygmunta Augusta.
Sama rola inkwizycji w kwestii walki z reformacją ograniczała się zasadniczo do obszaru Hiszpanii oraz szesnastowiecznych Włoch. W późniejszym okresie inkwizytorzy zajmowali się przede wszystkim oskarżeniami o czary, bluźnierstwa czy też poważniejsze sprawy dotyczące naruszenia dyscypliny wewnątrzkościelnej.
Jeśli chodzi o sam Indeks ksiąg zakazanych, to poza istotnymi dziełami naukowymi – np. Kopernika, obejmował przede wszystkim publikacje bezwartościowe. Były one potępianie głównie ze względów obyczajowych. Jednak nawet wobec takiej sytuacji, nie można umniejszyć roli cenzury kościelnej oraz działalności inkwizycji w kwestii utrudniania rozwoju swobodnej myśli, a także udziału w historii nietolerancji.