W roku 52 p.n.e. dokonał się decydujący zwrot w relacjach na linii Pompejusz – Cezar, kiedy ten pierwszy został wybrany jednym konsulem. Tym samym triumwirat, zawiązany w roku 61 p.n.e., który w praktyce przestał istnieć wraz ze śmiercią trzeciego triumwira Krassusa, został definitywnie zerwany.
Jedynym zadaniem Pompejusza w zaistniałej sytuacji, w celu zdobycia pełnej niezagrożonej niczym władzy, było zniszczenie Juliusza Cezara. W tym celu jego pierwszym krokiem wymierzonym przeciwko dawnemu sprzymierzeńcowi było przeprowadzenie ustawy, która m. in. nakazywała osobiste ubieganie się o urząd konsula. Cezar zamierzał ubiegać się o konsulat na kolejny rok (48 p.n.e.) przy jednoczesnym zachowaniu prowincji oraz wojsk, co gwarantowała mu ustawa, uchylona jednak na zgromadzeniu ludowym za sprawą Pompejusza.
Cezar wiedział, że w momencie końca jego kadencji jako konsula stanie się zwykłym obywatelem. Dodatkowo miał zrzec się swoich prowincji oraz zwierzchnictwa nad armią co de facto pozostawiało by go bez obrony przed wrogami. Ponadto senat zignorował veto wobec wrogiej mu ustawie.
Cezar w takiej sytuacji wyruszył bezpośrednio na Rzym, na czele niewielkich sił przekroczył graniczną rzeczkę Rubikon, podobno wypowiadając przy tym słowa „Kości zostały rzucone”. Przeprowadzając wojsko przez granice Rzymu, wypowiedział tym samym wojnę senatowi oraz przede wszystkim Pompejuszowi.
Zaskoczeni jego decyzją i szybkim marszem na Rzym senat wraz z Pompejuszem, opuścili Italię ze względu na brak wystarczających sił, których w tak krótkim czasie nie byli w stanie zmobilizować. Pompejusz posiadał główne siły na wschodzie oraz w Hiszpanii, z których planował uderzać na Cezara. Ostatecznie senat wraz z Pompejuszem znaleźli się w Grecji, w której też z resztą zaczął obradować od tej pory senat.
W tym czasie Cezar bez większych problemów zajął Rzym, gdzie po załatwieniu najpilniejszych spraw, wyruszył przeciwko wrogim wojskom do Hiszpanii. Na półwyspie Iberyjskim pokonał pod Ilerdą siły Pompejusza, którymi dowodzili jego legaci. Tym samym w zaistniałej sytuacji, Cezar stał się panem zachodniej części imperium rzymskiego.