Utrwalenie władzy przez Władysława Łokietka w dzielnicach, które udało mu się zdobyć, okazało się ostatecznie bardzo trudnym zadaniem. W Krakowie władca polski spotkał się z opozycją zniemczonego biskupa Jana Muskaty. Ten ostatni był ściśle związany ze stroną czeską. W okresie rządów Wacława II sprawował godność starosty w Małopolsce.
Władysław Łokietek skonfliktowany z biskupem, przystąpił do walki z nim. Udało się księciu polskiemu zdobyć dwa zamki należące do Muskaty – w Lipowcu oraz Bieczu. Po wygranej Łokietka, zwrócił biskupowi jego zamki oraz nadał rozległy przywilej biskupstwu krakowskiemu. To zadość uczynnienie nie złagodziło jednak stosunku Muskaty do władcy polskiego.
W kolejnym okresie doszło do nowych sporów. W tej sytuacji arcybiskup Świnka, powołując się na wcześniejsze wykroczenia Muskaty, wytoczył mu proces kanoniczny. Następnie arcybiskup wyklął Muskatę oraz zawiesił go w czynnościach.
, który przebywał wówczas we Wrocławiu, otrzymał od Władysława Łokietka gwarancje bezpiecznego powrotu do Krakowa. Jednak zamiast tego, po przybyciu Muskaty do miasta, został uwięziony i zmuszony do uległości przez Łokietka. Wówczas legat papieski – Gentilis, opowiedział się po stronie biskupa, po czym rzucił na władcę polskiego klątwę, a jego władztwo obłożył interdyktem.
W latach 1311 – 1312 mieszczaństwo niemieckie Krakowa, które wcześniej w osobie biskupa Muskaty miało rzecznika, pod wodzą wójta Alberta podniosło bunt skierowany przeciwko Władysławowi Łokietkowi. Buntownicy opowiedzieli się po stronie Jana Luksemburczyka – nowego władcy Czech, który jako następca po Władysławie II oraz jego synu Władysławie III, zgłaszał pretensje do tronu oraz ziemi polskich.
W imieniu nowego władcy czeskiego, z pomocą dla buntowników z Krakowa, przybył książę opolski – Bolko. Ostatecznie jednak bunt został stłumiony, a Bolko wraz z wójtem Albertem opuścili miasto. Następnie na Kraków spadły surowe represje za wystąpienie przeciwko Łokietkowi.
Po stłumieniu buntu wójta Alberta ograniczony został wpływ niemczyzny. Usunięto dziedziczenie wójtostwa na rzecz wójtów mianowanych przez władcę. Ponad to podniosła się wówczas rola rady miejskiej.