Do najważniejszych organów Rady Europy należą:
1. Komitet Ministrów – organ składa się z ministrów spraw zagranicznych krajów członkowskich Rady Europy (czyli 47 krajów) albo zastępców ministrów. Do formalnych spotkań Komitetu dochodzi dwa razy w roku, jednak poza tymi spotkaniami ministrowie spotykają się również w sposób nieformalny. Komitetowi przewodzi kolejno każde państwo członkowskie – przewodnictwo to trwa przez pół roku. Organ ten ma charakter decyzyjny.
2. Zgromadzenie Parlamentarne – w organie tym zasiada ponad 600 osób, z czego połowę stanowią przedstawiciele parlamentów państw członkowskich, a drugą połowę – ich zastępcy. Liczba przedstawicieli danego kraju zależna jest od sytuacji w krajowych parlamencie – warto zaznaczyć, że przedstawiciele krajów członkowskich w Zgromadzeniu Parlamentarnym zasiadają zgodnie z przynależnością partyjną. Zgromadzenie spotyka się cztery razy w roku. Tematyka poruszana na obradach Zgromadzenia dotyczy zwykle kwestii socjalnych. Do kompetencji Zgromadzenia należy m.in. wybór Sekretarza Generalnego, sędziów Europejskiego Trybunału Praw Człowieka itp.
3. Kongres Władz Lokalnych i Regionalnych Europy – organ spotyka się raz na rok, składa się z dwóch osobnych izb, w których skład wchodzą przedstawiciele regionów oraz władze lokalne. Do najważniejszych celów działania tego organu należy wzmacnianie instytucji demokratycznych (szczególnie na niższych szczeblach samorządu).
4. Sekretarz Generalny – organ pełniący funkcje administracyjne, zajmuje się bieżącym funkcjonowaniem Rady Europy. Sekretarz wybierany jest na pięć lat przez Zgromadzenie Parlamentarne. Obecnie (2013 r.) Sekretarzem Generalnym jest Thorbjørn Jagland.
Ważnym organem jest również Komisarz Praw Człowieka Rady Europy, którego zadania polegają na straży przestrzegania praw człowieka, wspieraniu krajowych rzeczników praw obywatelskich, informowaniu nt. związane z ochroną praw człowieka.
Warto zaznaczyć, że w Ramach Rady Europy działają także instytucje, które nie należą formalnie do jej organów. Najważniejszą z nich jest Europejski Trybunał Praw Człowieka, który orzeka w sprawach praw człowieka Europejskiej Konwencji Praw Człowieka.