Po II wojnie światowej Polska znalazła się w orbicie wpływów Związku Radzieckiego. W lutym 1945 r. po konferencji jałtańskiej wprowadzono w kraju rządy komunistyczne. Trwały one do 1989 r. Był to czas szczególnie trudny dla Kościoła katolickiego w Polsce.
Już 12 września 1945 r. zerwano konkordat zawarty przez rząd polski ze Stolicą Apostolską w 1925 roku. Następnie od 1948 r. rozpoczęto akcje propagandowe, które przedstawiały katolicyzm jako wroga nowego systemu. Ideologią komunistyczna zakładała bowiem materializm i tym samym odrzucała istnienie Boga, popierając ateizm. Podejście to ma swoje źródło w twierdzeniu Karola Marksa, który religię określał jako „opium ludu”, czyli coś zbędnego i przeszkadzającego w osiągnięciu szczęścia. Stało się ono jedną z podstaw potępiania i prześladowania Kościoła w okresie komunistycznej dyktatury.
Ponadto Kościół jawił się ówczesnej władzy politycznej jako konkurencja, która może osłabić jej autorytet. Polska od początku wyróżniała się religijnością spośród innych państw będących pod dominacją Związku Radzieckiego. Okupacja i terror niemiecki (w obozach koncentracyjnych zginęło ponad 2 tys. polskich księży) przyczyniły się bowiem do pogłębiania uczuć religijnych Polaków i zakorzenienia katolicyzmu w ich mentalności.
Kościół z okresu PRL (Polska Rzeczpospolita Ludowa; 1952-1989) określany jest przede wszystkim jako Kościół męczenników. Duchowni oraz ludzie związani z działalnością Kościoła płacili wysoką cenę za obronę swoich poglądów i religii. W 1947 r. jeden z ówczesnych ministrów – Stanisław Radkiewicz – powiedział wprost: Trzeba bić takiego wroga jak kler, co funkcjonariusze UB (Urzędu Bezpieczeństwa) i MO (Milicji Obywatelskiej) interpretowali dosłownie. Wielu księży zostało aresztowanych i skazanych na tortury. Część prześladowanych oddała również swoje życie w imię wiary w Jezusa Chrystusa.
Szczególnie narażeni na represje i szykany byli Ci, którzy piętnowali oraz szczerze krytykowali nowy ustrój Polski wprowadzony przez komunistów. Uznawano ich wówczas za przestępców politycznych i oskarżano o „antypaństwową działalność”, a wśród zarzutów im stawianych pojawiało się m.in. „szpiegostwo na rzecz Watykanu i USA”. Jednym z duchownych oskarżonych w ten sposób był ks. Zygmunt Kaczyński (1984-1953), redaktor katolickiego Tygodnika Warszawskiego, o którym kardynał Wyszyński napisał, że „stał się symbolem, a swą dzielną postawą w ciągu czterech lat pobytu w więzieniu dał wspaniały przykład ducha kapłańskiego”.
Sam kardynał Stefan Wyszyński, prymas Polski, także był prześladowany przez władzę PRL. Trafił do więzienia we wrześniu 1953 r. Był autorem listu pasterskiego episkopatu, w którym to biskupi polscy wyrazili swój sprzeciw wobec próby skomunizowania kraju. List ten był odpowiedzią na uzurpowane prawo władz państwowych do decydującego głosu przy obsadzeniu stanowisk kościelnych. Kardynał Wyszyński był przetrzymywany przez trzy lata. W końcu w wyniku zmian politycznych w Związku Sowieckim komuniści wypuścili z więzienia prymasa Polski jesienią 1956 r.
Najbardziej znanym męczennikiem z okresu PRL był bł. Jerzy Popiełuszko. Pomimo prześladowań ze strony władz państwowych, został prawdziwym obrońcą godności oraz praw człowieka w tych trudnych dla Polski czasach. Główną dewizę przejął od Jana Pawła II: zło należy zwyciężać dobrem. Protestował przeciw aktom bezprawia i przemocy; współpracował z „Solidarnością”. Zarzucano mu, że działał na szkodę interesów Polskiej Rzeczpospolitej Ludowej i nadużywał funkcję kapłana, czyniąc Kościół miejscem propagandy antypaństwowej. W środkach masowego przekazu, podległych reżimowi, ks. Jerzy przedstawiany był jako oszust i skandalista. Został zamordowany 19 października 1984 r. we Włocławku., ale do dziś nie jest w pełni znane tło owej zbrodni. Należy dodać, że wiele zabójstw nie zostało do końca wyjaśnionych, a osoby za nie odpowiedzialne nie poniosły kary.
Nie wszyscy duchowni byli poddawani kontroli i represjom. Część z księży zgodziła się współpracować z władzami PRL. Co więcej, w 1949 r. powstała specjalna grupa, tzw. grupa księży patriotów, której celem było „uniezależnienie polskiego kościoła katolickiego od Rzymu i podporządkowanie władzom komunistycznym w Polsce”. Duchowni byli zazwyczaj werbowani na drodze szantażu bądź przekupstwa. Działali na rzecz rozbicia jedności Kościoła od wewnątrz i chcieli doprowadzić do jego schizmy. Ten sam cel przyświecał świeckim katolikom ze stowarzyszenia PAX, którym kierował Bolesław Piasecki.
Władze PRL atakowały Kościół nie tylko poprzez prześladowania pojedynczych duchownych. Zajęły się również usuwaniem katechezy ze szkół i promowaniem ateistycznego modelu wychowania. Rozpoczęto pobór kleryków do wojska (od 1959 r.), a seminaria duchowne przekształcano na szpitale, domy rekreacyjne i hotele robotnicze. Utrudniano organizacje uroczystości religijnych i podjęto akcję dekrucyfikacyjną, której wierni stawili czynny opór (doszło m.in. do bitwy o krzyż w Nowej Hucie w 1960 r.).
W 1949 r. rozwiązano wszystkie stowarzyszenia katolickie, a rok później organizację charytatywną Caritas, mającą około 1000 zakładów i zatrudniającą 25 tys. osób. Likwidacji uległy także liczne zakony męskie i żeńskie. Od tej pory wszelka działalność religijna musiała być zatwierdzana przez władze państwowe. W oczach komunistów każde zgromadzenie związane z duchowieństwem było podejrzane i przeznaczone do likwidacji – za nielegalną działalność uznano m.in. Krucjatę Trzeźwości i ruch oazowy, które prowadził ks. Franciszek Blachnicki (1921-1987).
W czasach PRL majątki kościelne konfiskowano, a prasa katolicka podlegała cenzurze, część pism zakazano wydawać i kolportować. Zamiast nich pojawiły się gazety propagandowe, w których zamieszczano artykuły krytykujące politykę Watykanu, naukę Kościoła katolickiego i religię w ogóle. Tworzono również organizacje antyreligijne m.in. Stowarzyszenie Ateistów i Wolnomyślicieli (później Towarzystwo Krzewienia Kultury Świeckiej), które finansowano z podatków obywateli.
Natężenie prześladowań Kościoła w latach 1945-1989 zmieniało się, tak jak zmieniali się poszczególni przedstawiciele władz PRL, ale trudno mówić o jakiś przerwach w represjach. Nawet wybór kard. Karola Wojtyły w 1978 r. na papieża nie zakończył agresywnej polityki państwa względem Kościoła. Pomimo wszystko pozostał on nadal dla wiernych ostoją i nadzieją w trudnych chwilach.