Kościół katolicki w okresie rozbiorów (1772-1918) był jedyną polską instytucją prawnie działającą we wszystkich trzech zaborach. Dzięki temu religia katolicka stała się istotnym czynnikiem tożsamości narodowej Polaków. Pomimo zakazów ze strony zaborców zwiększył się ruch pielgrzymkowy, a także rozwijał się kult Maryi jako Królowej Narodu Polskiego. Głównymi celami pątników były wówczas: sanktuarium na Jasnej Górze, katedra gnieźnieńska oraz królewski Wawel.
Kościół w czasie rozbiorów nie był jednak Kościołem wolnym. Zaborcy nie pozwalali duchownym zwoływać synodów, masowo likwidowali zakony, a wiele majątków klasztornych i kościelnych wówczas skonfiskowano (np. po stłumieniu powstania styczniowego w 1864 r. odebrano Kościołowi dobra w postaci gruntów i zabudowań o wartości 400 mln rubli). W konsekwencji na terenach odnowionego państwa polskiego w 1921r. tylko 0,6% własności ziemskiej znajdowało się w rękach instytucji kościelnych. Należy przy tym pamiętać, że w zaborze rosyjskim wiele kościołów zostało przerobionych na kościoły unickie, a przede wszystkim na cerkwie prawosławne.
Celem prześladowań ze strony zaborców było osłabienie oraz podporządkowanie sobie Kościoła katolickiego jako instytucji wzmacniającej polską tożsamość. Ponadto Prusy, Austria i Rosja, jako monarchie absolutne, dążyły także do odcięcia Kościoła od Rzymu. Takie działanie było zgodne z ideami epoki Oświecenia, w której władcy usiłowali w pełni uniezależnić się od papieża i Stolicy Apostolskiej. W budowaniu lojalności hierarchów kościelnych wykorzystywano stereotyp władzy monarszej pochodzącej od Boga. Duchowni byli poddani kontroli ze strony władzy państwowej. Zaborca nadzorował nominacje na stanowiska kościelne, zachowanie kleru, a nawet budowę nowych kościołów. Zmieniano także granicę diecezji oraz tworzono nowe metropolie i biskupstwa.
Kościół katolicki, w czasach gdy naród polski został pozbawiony własnej państwowości, stał się symbolem Polski wolnej. Duchowni w walce o niepodległość kraju odegrali kluczową rolę, dbając o utrzymanie języka i kultury narodu oraz sprzeciwiając się rusyfikacji i germanizacji. Wśród kapłanów, którzy w okresie zaborów troszczyli się o zachowanie polskości, wymieniani są m.in. ks. Piotr Wawrzyniak i ks. Stanisław Adamski z zaboru pruskiego. Działaczem niepodległościowym, mocno zaangażowanym w kwestie polityczne, był natomiast ks. Piotr Ściegienny, który rozpowszechniał listy i odezwy własnego autorstwa piętnujące ówczesne stosunki społeczne i wzywające Polaków do walki o wyzwolenie narodowe i prawa ludu.
Działalność duchownych przyniosła owoce – na początku XX w., czyli po ponad 100 latach zaborów, podstawowe praktyki kościelne realizowało ponad 90% ludności polskiej miast i wsi. Tym samym doszło do swoistej identyfikacji dwóch pojęć: Polak i katolik. Kościoły w okresie rozbiorów były bowiem nie tylko ośrodkami religijnymi, ale również ośrodkami życia społecznego i tradycji.