Państwa afrykańskie stworzone w epoce kolonialnej przez XIX-wieczne mocarstwa europejskie połączyły bardzo różne, często wrogie sobie ludy. Dlatego w okresie, który miał miejsce po dekolonizacji Afryki (2 połowa XX wieku i początek wieku XXI) kontynent afrykański był miejscem wielu zamachów stanu, secesji i krwawych konfliktów zazwyczaj mających podłoże etniczne i religijne.
Praktycznie od odzyskania niepodległości przez Kongo Belgijskie (dzisiejsza Demokratyczna Republika Konga, dawniej Zair) w 1960 roku jest to niespokojny obszar.
W pierwszych kilku latach niepodległości secesje ogłosiły dwie południowe prowincje kraju – Katanga (bogata w kopalnie rud miedzi i zamieszkana przez plemię Lunda) i Kasai Południowe (zamieszkana przez lud Luba i bogata w diamenty). W trakcie walk zamordowany został pierwszy premier państwa i przywódca ruchu niepodległościowego Patrice Lumumba. Ten tzw. kryzys kongijski z lat 1960-65 pochłonął życie około 1 mln osób.
Secesje zostały krwawo stłumione po kilku latach a przez następne 30 lat Kongiem rządził wojskowy dyktator – Mobutu Sese Seko.
Rządy Mobutu zostały obalone w 1997 roku w rezultacie pierwszej wojny domowej w Kongu (1996-97), która wyniosła do władzy Laurenta-Désiré Kabilę. W wojnie domowej w Kongu aktywnie uczestniczyły siły zbrojne sąsiadów – Angoli, Rwandy i Ugandy. Zginęło w niej około 200 tys. cywilów.
Pierwsza wojna nie rozwiązała napięć politycznych i etnicznych w kraju iw regionie, czego skutkiem był wybuch II wojny domowej w Kongu (1998-2003), zwanej też jako afrykańska wojna światowa (w konflikt zaangażowało się 8 państw afrykańskich i szereg ugrupowań politycznych, jego następstwem była śmierć ponad 5 mln osób – również po zakończeniu konfliktu). W trakcie tych walk zamordowany został prezydent Kabila.
Podpisany w 2003 roku nie zakończył niepokojów W latach 2004-2009 i 2012-13 trwały walki w nadgranicznej prowincji Kiwu.
Ważnymi aktorami w wojnie domowej w Kongo są Tutsi i Hutu, zamieszkujący przede wszystkim w sąsiednich Rwandzie i Burundi. Od momentu odzyskania niepodległości przez te dawne królestwa trwa tam rywalizacja (a czasami krwawe walki) tych dwóch grup ludności. Niektórzy uważają je za dwa narody; w odległej przeszłości pasterze Tutsi mieli podbić rolników Hutu. Inni badacze Afryki Wschodniej uważają Tutsich i Hutu za swego rodzaju kasty w obrębie tej samej grupy etnicznej.
W ciągu 100 dni w 1993 roku w Rwandzie miały miejsce czystki etniczne – ludobójstwo popełnione przez rządzących wówczas krajem Hutu na Tutsich. Zginęło od 0,8-1,1 mln osób. Ludobójstwo to miało miejsce w trakcie wojny domowej, którą ostatecznie wygrali w 1994 roku Tutsi (wspierani przez Ugandę). Obawiający się rewanżu za masakrę Hutu uciekli do Zairu/Konga, skąd atakowali terytorium Rwandy. To stało się przyczyną zaangażowania się wojsk Rwandy w wojnę domową w Kongu. Do dnia dzisiejszego walki we wschodnim Kongu związane są głównie z mniejszościami Hutu i Tutsi.
Wojna domowa trwała też od 1993 roku do 2005 roku w sąsiadującym z Rwandą Burundi (również zamieszkane przez Tutsich i Hutu).
W latach 1981-1986 wojna domowa trwała też w Ugandzie. Doprowadziła ona do odsunięcia od władzy prezydenta Miltona Obote, który z kolei przy pomocy wojsk tanzańskich obalił krwawego dyktatora Idi Amina. Niespokojna sytuacja utrzymuje się jednak w północnej Ugandzie, gdzie od 1987 riku aktywna jest Armia Bożego Oporu uważająca się za reprezentantów narodu Achole. W ostatnich kilku latach wsławiła się ona masakrami dokonywanymi w okresie Bożego Narodzenia na lokalnych chrześcijanach. Armię Bożego Oporu wspierał w przeszłości rząd Sudanu, w odwecie za ugandyjskie wsparcie dla niemuzułmańskich powstańców w Sudanie Południowym, którzy ostatecznie uniezależnili się od rządu w Chartumie.
Wojna domowa w Sudanie trwała w latach 1956-1973 i 1983-2005. Toczyła się ona pomiędzy animistami i chrześcijanami zamieszkającymi prowincję Ekwatoria południowego Sudanu (najliczniejsze ludy Dinka, Szylluk i Nuer) oraz arabskojęzycznymi muzułmanami z północnego Sudanu (strona rządowa). W pierwszym konflikcie zginęło około 0,5 mln mieszkańców południowego Sudanu, w drugim ponad 1,5 mln (głównie cywilów). Ostatecznie czarni mieszkańcy południa uzyskali najpierw autonomię a później niepodległość (po referendów z 2011 roku). Nie zakończyło to konfliktu z rządem w Chartumie (obecnie o charakterze konfliktu granicznego). Równocześnie mają miejsce walki pomiędzy poszczególnymi plemionami Południowego Sudanu (zdarzały się też w trakcie wojny domowej).
Konflikt w Sudanie miał więc cechy konfliktu religijnego. Z czasem jednak przeciwko rządowi sudańskiemu w Chartumie zaczęli występować (walcząc o większą autonomię) również muzułmańscy czarnoskórzy mieszkańcy Dar Furu na zachodzie kraju –w latach 2003-2011) oraz arabskie plemię Raszaida i lud Bedża we wschodnim Sudanie (również muzułmanie).
Wsparcie rządu sąsiedniego Czadu dla sprawy mieszkańców Dar Furu spowodowało, że Sudan wsparł oddziały czadyjskich rebeliantów. Walki trwały w latach 2005-2009 (chociaż Czad był też w przeszłością areną dużo dłuższej wojny – 1965-1990). Od 2012 roku trwa też wojna domowa w sąsiedniej Republice Środkowoafrykańskiej, która w 2014 roku przerodziła się w konflikt religijny.
W rogu Afryki od 1991 roku trwa wojna domowa w Somalii. Somalia jest jednolita etnicznie i religijnie. Walczą więc między sobą poszczególne klany somalijskie. W ostatnich latach najważniejszym aktorem w wojnie domowej stała się islamska milicja Asz-Szabab, powiązana z Al-Kaidą i domagająca się wprowadzenia w Somalii kalifatu. Islamiści z Aszz-Szabab dokonują też akcji zbrojnych w sąsiedniej Kenii, zwłaszcza w regionach północno-wschodnich kraju – zamieszkanych przez muzułmanów, w której ponadto znajdują się liczne obozy uchodźców somalijskich.
Nieprzyjazne stosunki łączą też w tym regionie Etiopię i Erytreę (w 1993 roku oderwała się od Etiopii po długiej wojnie domowej). Etiopia jest też potencjalnym celem wrogich działań ugrupowań somalijskich – wschodnia część kraju (Ogaden) jest bowiem zamieszkana przez Somalijczyków. W latach 1977-78 Etiopia i Somalia (wówczas jeszcze jednolite państwo) toczyły o Ogaden wojnę, wygraną przez Etiopię (odparli najazd Somalijczyków). W latach 2006-2009 armia etiopska z kolei wmieszała się w wojnę domową w Somalii okupując jej tereytorium, w odpowiedzi na wezwanie dominujących w centralnych regionach Somalii islamistów do Świętej Wojny z chrześcijańską Etiopią.
Drugim obszarem konfliktów w Afryce jest Afryka Zachodnia. W ostatnich dwudziestu kilku latach krwawe wojny domowe toczyły się w: Liberii (1989-1996 i 1999-2003 – razem 250-500 tys. ofiar), Sierra Leone (1991-2002) i Wybrzeżu Kości Słoniowej (1999-2007, 20010-2011). Od 1981 roku do dnia dzisiejszego trwa konflikt w południowej części Senegalu (prowincja Casamance), gdzie dominujący chrześcijanie i animiści Diola pragną oderwać się od zdominowanej przez muzułmanów pozostałej części Senegalu. Konflikt ten czasami przygasa, czasami eskaluje się (wybuchają walki).
Nie ma spokoju również w podzielonej etnicznie i religijnie Nigerii – największym kraju regionu. W latach 1967-1970 miała tam miejsce secesja południowo-wschodniej prowincji – Biafry zamieszkanej gł. przez lud Ibo/Igbo. W trakcie tłumienia rebelii przez armię nigeryjską zginęło z głodu i chorób kilka mln ludzi. Współcześnie co jakiś czas wybuchają pogromy chrześcijan przez muzułmanów w północnych stanach Nigerii (dominują tam muzułmanie a prawo oparte jest na szariacie – naukach prawnych islamu), jak również pogromy muzułmanów przez chrześcijan na południu kraju (tu dominują chrześcijanie). Od 2009 roku na północy Nigerii (zwłaszcza w północno-wschodnim stanie Borno) mają też miejsce ataki islamistycznej sekty Boko Haram na posterunki policji, szkoły i uniwersytety, kościoły i ludność cywilną. Organizacja domaga się wprowadzenia szariatu w całej Nigerii i zakazu zachodniej edukacji.
Inny obszar w Afryce, gdzie cywilne rządy zagrożone są przez islamistów to Mali. W wojnie domowej trwającej w latach 2012-2013 początkowo przeciwko rządowi centralnemu występowali separatyści – Tuaregowie (opanowali północną część Mali – Zawad z ważnymi miastami Gao i Timbuktu). Pokonani zostali oni jednak przez islamistów związanych z Al-Kaidą (Al-Kaida Islamskiego Maghrebu i Ruch na Rzecz Jedności i Dżihadu w Afryce Zachodniej), którzy wprowadzili w tym regionie rządy oparte na szariacie. Postępy islamistów udało się powstrzymać a potem ich rozbić dzięki wspólnej akcji wojsk malijskich oraz oddziałów francuskich, czadyjskich i innych państw Afryki Zachodniej.
Niepokoje w państwach Afryki Północnej (m.in. arabska wiosna z 2011 roku) nie mają raczej podłoża etnicznego a religijne, polityczne i społeczne. W Tunezji, Libii i Egipcie, gdzie obalono rządy świeckich dyktatorów głównym celem wystąpień była demokratyzacja życia politycznego. W protestach uczestniczyli też islamiści (m.in. Bractwo Muzułmańskie w Egipcie – ci chcą raczej zastąpienia dyktatury świeckiej własną, islamską). Udział młodzieży w rewolucji wynikal też z trudnej sytuacji na rynku przcy - wysokiego bezrobocia. Do dnia dzisiejszego niebezpiecznie jest w Libii – milicje zbrojne, które obaliły Muammara al-Kaddafiego nie złożyły broni i podejmują co jakiś czas akcje zbrojne (m.in. przeciwko rządowi). Z kolei przyczyną zaostrzenia się sytuacji w Egipcie było obalenie wyłonionego w demokratycznych wyborach rządu islamistycznego (w latach 1991-2002 wojna domowa pomiędzy świeckim rządem i fundamentalistami islamskimi, którzy nie zostali dopuszczeni do władzy mimo wygranych wyborów toczyła się w Algierii). Źródłem konfliktu było też zajęcie przez Maroko większej części Sahary Zachodniej. Ta była kolonia hiszpańska została opuszczona przez Hiszpanów w 1975 roku. Hiszpanie (gen. Franco) przekazali ziemie Sahary Zachodniej Maroku i Mauretanii (miały historyczne prawa do regionu – zwłaszcza Maroko). Lokalni Arabowie wystąpili jednak przeciwko temu podziałowi i proklamowali Saharyjską Arabską Republikę Demokratyczną. Rząd saharyjski kontroluje obecnie tylko najbardziej wschodnie krańce kraju wspierany przez Algierię. Reszta okupowana jest przez Marokańczyków.
Wśród innych konfliktów etnicznych w Afryce wspomnieć należy o:
- krwawych wojnach domowych, które toczyły się w Angoli i Mozambiku od momentu odzyskania przez nie niepodległości w 1975 roku (były to kolonie portugalskie) do początku lat 90.tych XX wieku;
- walki w Zimbabwe między większością etniczna Szona (z niej wywodzi się dyktatorski przywódca – Robert Mugabe) i mniejszością Ndebele, największe masakry Ndebale miały miejsce w latach 80.tych XX wieku, po odzyskaniu niepodległości przez kraj, powtórnie miały miejsce w latach 2008-2009, kiedy w kraju trwała walka o władzę pomiędzy prezydentem Mugabe i opozycją
oraz sytuacji w Republice Południowej Afryki – w latach 1948-1994 istniał tam system segregacji rasowej (apartheid), będący zarazem gwarantem utrzymania dominacji politycznej i ekonomicznej białej mniejszości (czarni mieszkańcy kraju i imigranci z Azji zostali pozbawieni wielu praw politycznych i społecznych), w okresie poprzedzającym upadek apartheidu miały jednak miejsce (przed wyborami w 1994 roku) niepokoje etniczne pomiędzy członkami ludu Xosa (dominującego w Afrykańskim Kongresie Narodowym) i Zulusami (ich politycznym ramieniem była partia Inkatha).