Masa cząsteczkowa jest sumą mas atomowych pierwiastków chemicznych, które tworzą dany związek, obliczona przy zwróceniu uwagi na liczbę atomów poszczególnych pierwiastków.
Oznacza w praktyce, jaką wielokrotnością 1/12 masy izotopu węgla 12C jest masa danej cząsteczki. Np. masa cząsteczkowa wody: H2O – w skład cząsteczki wody wchodzą 2 atomy wodoru i 1 atom tlenu. Masa cząsteczkowa wynosi zatem 2 * 1u (masa atomowa wodoru) + 1 * 16u (masa atomowa tlenu) = 18u