Prawa Mendla nie zawsze są zachowane ponieważ:
1. dotyczą takich genów, w których jeden w pełni dominuje nad drugim (pełna dominacja)
Niepełna dominacja to sytuacja, w której allel dominujący nie może w pełni ujawnić warunkowanej przez siebie cechy, dlatego w pokoleniu F1 efekt fenotypowy stanowi wartość pośrednią pomiędzy cechami warunkowanymi przez oba allele. Przykładem jest barwa kwiatu dziwaczka lub lwiej paszczy. Po skrzyżowaniu rośliny o kwiatach czerwonych (homozygota dominująca) z rośliną o kwiatach białych (homozygota recesywna) w pokoleniu F1 otrzymamy roślinę o kwiatach różowych.
Kodominacja to sytuacja, w której allele są równocenne – nie ma allelu dominującego, ani recesywnego. Oznacza, to, że oba allele biorą taki sam udział w tworzeniu fenotypu, w pełni ujawniając determinowane przez siebie cechy. Przykładem jest dziedziczenie u człowieka grup krwi w układzie AB0. Alle IA – odpowiada za grupę A, a IB za grupę B, w genotypie IAIB oba allele kodominujące warunkują grupę AB.
2. dotyczą genów, których, żaden allel nie jest letalny
Allel letalny, to taki który wywołuje śmierć organizmu
3. dotyczą genów, które determinują jedną cechę, a istnieją cechy, które są wynikiem współdziałania wielu genów
Geny dopełniające się – są to geny, które współdziałają ze sobą, dlatego ich obecność jest niezbędna do wykształcenia się danej cechy. Przykładem jest dziedziczenie barwy kwiatu u groszku pachnącego. Po skrzyżowaniu dwóch białych odmian groszku pachnącego AAbb x aaBB w pokoleniu F1 pojawią się osobniki czerwone o genotypie AaBb. W drugim pokoleniu obok kwiatów czerwonych pojawiły się kwiaty białe, a ich stosunek fenotypowy wynosił 9:7. W tym przypadku do wytworzenie czerwonej barwy kwiatów konieczne jest współdziałania genów A i B, tak więc osobniki o genotypie A_B_ będą miały barwę czerwoną, a wszystkie pozostałe białą.
Geny kumulatywne wpływają na wykształcenie cech ilościowych, ich działanie sumuje się wpływając na natężenie danej cechy np. po skrzyżowaniu R1R1r2r2 (różowa barwa ziarna) z r1r1R2R2 (różowa barwa ziarna) w drugim pokoleniu powstaje m.in. R1R1R2R2 o ciemnopurpurowym kolorze ziarna (geny R1 i R2 kumulują się).
Epistaza ma miejsce, gdy jeden gen będący supresorem (gen epistatyczny) wpływa na ujawnienie się drugiego genu nieallelicznego (gen hipostatyczny). Przykładem jest dziedziczenie barwy łusek u cebuli lub barwy sierści u labradorów.
4. dotyczą cech, które warunkowane są jednym genem
Plejotropizm – jeden gen wpływa jednocześnie na kilka cech, często pozornie ze sobą nie związanych np. gen odpowiadający za czerwoną barwę kwiatów jednocześnie wpływa na wystąpienie plam na łodydze.
5. dotycząc genów leżących na autosomach, a geny zlokalizowane na chromosomach płci są sprzężone wraz z płcią
6. dotyczą cech, które warunkowane są genami leżącymi na terenie jądra komórkowego
Dziedziczenie pozjądrowe (cytoplazmatyczne) jest niezgodne z prawami Mendla.