Encykliką nazywa się list skierowany przez papieża do całego Kościoła rzymskokatolickiego bądź do jego części. Jan Paweł II w czasie swojego pontyfikatu napisał 14 encyklik:
1) „Redemptor hominis” (pol. Odkupiciel człowieka) – była to pierwsza encyklika Jana Pawła II. Została wydana 4 marca 1979 r. Papież zarysował w tym dokumencie główne linie swego pontyfikatu. Punktem wyjścia encykliki była pesymistyczna ocena ówczesnej rzeczywistości, punktem dojścia – wniosek o konieczności ewangelizacji świata. Jan Paweł II, rozważając tajemnicę Jezusa Chrystusa jako Odkupiciela, skoncentrował się na problematyce humanizmu i chrześcijańskiego wyzwolenia ludzkości. Ukazał odkupienie jako relację osobową pomiędzy Chrystusem a indywidualnym człowiekiem i tym samym podkreślił, że każdy powołany jest do wspólnoty z Bogiem. Ważnym elementem encykliki jest również zaznaczenie służebnej roli Kościoła wobec człowieka.
2) „Dives in misericordia” (pol. Bogaty w miłosierdzie) – została wydana 30 września 1980 r. Jest analizą Miłosierdzia Bożego jako przejawu miłości Stwórcy do każdej osoby ludzkiej. Papież przywołał w dokumencie przypowieść o synu marnotrawnym, aby ukazać, że gotowość Boga w przyjmowaniu grzeszników jest niewyczerpana, a ograniczyć może ją tylko upór człowieka i brak pokuty. Jan Paweł II przypomniał również, że szczytem objawienia się Bożego Miłosierdzia jest misterium paschalne Chrystusa. Encyklika została uznana za teologiczne pogłębienie kultu głoszonego przez św. s. Faustynę Kowalską.
3) „Laborem exercens” (pol. Wykonujący pracę) – encyklika została wydana 14 IX 1981 r. z okazji 90. rocznicy encykliki Rerum novarum ogłoszonej przez Leona XIII. Głównym tematem „Laborem exercens” jest praca ludzka, a dokładniej człowiek w kontekście pracy. Papież Jan Paweł II wyraźnie podkreślił w tym dokumencie, że praca powinna służyć rozwojowi człowieka i powinien on być jej podmiotem, a nie przedmiotem. Zwrócił uwagę na „pierwszeństwo pracy przed kapitałem” oraz wypowiedział się w sprawie „uprawnień ludzi pracy” .
4) „Slavorum Apostoli” (pol. Apostołowie Słowian) – encyklikę wydano 2 kwietnia 1985 r. w tysiącsetną rocznicę dzieła ewangelizacji świętych Cyryla i Metodego. Została poświęcona nie tylko Apostołom Słowian, ale także działalności misyjnej Kościoła w ogóle. W dokumencie Jan Paweł II uznał świętych Cyryla i Metodego za wzór pracy misjonarskiej i protagonistów ekumenizmu. Przedstawił wizję Kościoła, obejmującego różne tradycje kulturowe z poszanowaniem ich odrębności: „Być chrześcijaninem w naszych czasach − oznacza być twórcą komunii w Kościele i w społeczeństwie”.
5) „Dominum et vivificantem” (pol. Pana i Ożywiciela) – encyklika o Duchu Świętym w życiu Kościoła i świata została ogłoszona 18 maja 1986 r. Była ostatnią z cyklu 3 encyklik dogmatycznych poświęconych Trójcy Świętej (po Redemptor hominis i Dives in misericordia). Jednym z głównych tematów dokumentu jest działanie Ducha Świętego w procesie nawrócenia grzesznika.
6) „Redemptoris Mater” (pol. Matka Odkupiciela) – encyklika została wydana 25 marca 1987 r. Ojciec Święty ukazał w niej centralne miejsce i rolę Maryi w Kościele oraz wynikające z jej podwójnego związku z Chrystusem i Kościołem macierzyńskie pośrednictwo. W dokumencie Jan Paweł II podkreślił również na znaczącą rolę kobiety w Kościele katolickim.
7) „Sollicitudo rei socialis” (Troska o sprawy społeczne) – encyklika została wydana 30 grudnia 1987 r. na 20-lecie encykliki papieża Pawła VI „Populorum progressio”. Ojciec Święty w „Sollicitudo rei socialis” skoncentrował się na problemach społecznych czasów współczesnych i wskazał na poważne patologie na świecie (m.in. zagrożenie życia i pokoju). Podkreślił konieczność kształtowania stosunków społecznych zgodnie z zasadą solidarności.
8) „Redemptoris missio” (pol. Misja Odkupiciela) –encyklika została ogłoszona 7 grudnia 1990 r. Dotyczy misyjnego posłannictwa Kościoła i jego teologicznych podstaw. Jan Paweł II wskazuje, że konieczna jest nie tylko ewangelizacja wśród ludów niechrześcijańskich, ale także „nowa ewangelizacja” ochrzczonych, którzy swoją wiarę w Chrystusa stracili. Papież podkreśla również w dokumencie rolę duszpasterstwa wśród wiernych praktykujących.
9) „Centesimus annus” (pol. Rok setny) – dokument został wydany 1 maja 1991 r. w setną rocznicę encykliki Leona XII „Rerum novarum”. Stanowi rozwinięcie głównych tez katolickiej nauki społecznej w świetle doświadczeń historycznych związanych z kryzysem ideologii marksistowskiej i załamaniem się światowego systemu komunistycznego. Jan Paweł II w „Centesimus annus” zwrócił uwagę na gospodarcze osiągnięcia kapitalizmu, ale równocześnie podkreślił, że z absolutyzacji zasad liberalizmu płyną zagrożenia natury etycznej.
10) „Veritatis splendor” (pol. Blask prawdy) – encyklika została wydana 6 sierpnia 1993 r. Jan Paweł II omówił w niej fundamentalne problemy teologii moralnej m.in. kwestie rozpoznania dobra, istnienia zła, rolę ludzkiej wolności, ludzkiego sumienia oraz grzechu śmiertelnego. W dokumencie potwierdzono także tradycyjną naukę Kościoła o prawie naturalnym jako powszechnie obowiązującym.
11) „Evangelium vitae” (pol. Ewangelia życia) – encyklika została ogłoszona 25 marca 1995 r. Jan Paweł II potwierdził w niej absolutną wartość i świętość życia człowieka od poczęcia aż do naturalnej śmierci. Dokument prezentuje stanowisko Kościoła w sprawie aborcji i eutanazji, a także zajmuje się szczegółowo naturalnymi metodami planowania rodziny. Ojciec Święty wystąpił w tej encyklice także przeciwko karze śmierci oraz eksperymentom biologicznym i genetycznym na człowieku.
12) „Ut unum sint” (pol. Aby byli jedno) –encyklika została ogłoszona 25 maja 1995 r. Jan Paweł II podjął w niej w sposób systematyczny problematykę jedności chrześcijan i wskazał na potrzebę dialogu ekumenicznego. Dokument spotkał się z uznaniem wśród różnych odłamów chrześcijańskich: luteranizmu, anglikanizmu, starokatolicyzmu oraz prawosławia.
13) „Fides et ratio” (pol. Wiara i rozum) – dokument został wydany 15 października 1998 r. Jan Paweł II przedstawił w nim relacje między wiarą a rozumem z punktu widzenia Kościoła, podkreślając przy tym, że nie muszą się one wzajemnie zwalczać, lecz powinny się uzupełniać: „wiara i rozum są jak dwa skrzydła unoszące człowieka ku kontemplacji prawdy”.
14) „Ecclesia de Eucharistia” (pol. Kościół z Eucharystii) – ostatnia, czternasta encyklika papieża Jana Pawła II. Została wydana 17 kwietnia 2003 r. Ojciec Święty ukazał w niej fundamentalne znaczenie Eucharystii w roli całego Kościoła – „Kościół żyje dzięki Eucharystii”.