Dnia 16 października 1978 r., około godziny 17.15, kolegium kardynalskie dokonało wyboru na papieża kard. Karola Wojtyły. Sześć dni później, 22 października, doszło do uroczystej inauguracji pontyfikatu Jana Pawła II. Wówczas podczas przemówienia Ojciec Święty po raz pierwszy wypowiedział wezwanie „Nie lękajcie się”, które stało się niejako „znakiem firmowym” trwającego 27 lat pontyfikatu papieża-Polaka. Transmisję z Placu św. Piotra obejrzało wtedy miliard osób.
Charakterystycznym elementem pontyfikatu Jana Pawła II były pielgrzymki apostolskie. W pierwszą podróż zagraniczną papież wybrał się do Ameryki Łacińskiej (Dominikana, Meksyk i na Wyspy Bahama) w 1979 r., czyli zaledwie w trzy miesiące po wyborze. Do Polski, swojej Ojczyzny, pielgrzymował osiem razy. Łącznie Jan Paweł II odbył 104 zagraniczne pielgrzymki oraz około 145 podróży na terenie Włoch. Ostatnią pielgrzymką papieża-Polaka była wizyta w Lourdes, która miała miejsce w dniach 15–16 sierpnia 2004 r. Podczas swoich podróży Jan Paweł II w błogosławieństwach „Urbi et Orbi" zazwyczaj używał języka społeczności, do której przemawiał. Sam mówił biegle po włosku, francusku, niemiecku, hiszpańsku, portugalsku i angielsku. Wprowadził także zwyczaj całowania ziemi odwiedzanych krajów. W wielu miejscach, które odwiedził, nigdy przedtem nie postawił stopy żaden papież.
Jan Paweł II zawsze występował w obronie pokoju i wielokrotnie w czasie swojego pontyfikatu poruszał problem obiektywnych i nienaruszalnych praw człowieka oraz godności ludzkiej, czego wyraz dał już w swojej pierwszej encyklice „Redemptor Hominis” oraz podczas przemówienia na forum ONZ w 1979r. i w 1995 r. Opowiadał się przeciwko totalitarnemu komunizmowi i wspierał ideę niezależnych, wolnych związków zawodowych, w tym działalność "Solidarności". Zdaniem wielu historyków papież-Polak w dużym stopniu przyczynił się do upadku systemów komunistycznych w państwach bloku wschodniego. Do historii przeszła także pielgrzymka papieża na komunistyczną Kubę w 1998 r., gdzie Ojciec Święty w swoim przemówienie wprost mówił o wolności sumienia i wyznania, o prawdzie, o sprawiedliwości i wolności dla więźniów politycznych. Papieską audiencję wielokrotnie przerywały entuzjastyczne owacje Kubańczyków. Wizyta Jana Pawła II zaowocowała większą akceptacją kubańskiego Kościoła katolickiego przez władze.
Ważną rolę w czasie pontyfikatu Jana Pawła II odegrał dialog ekumeniczny i międzyreligijny. Papież wielokrotnie spotykał się z głowami Kościołów chrześcijańskich i przedstawicielami innych religii. Już w listopadzie 1979 r. podczas wizyty w Turcji odprawił liturgię wspólnie z patriarchą ekumenicznym Konstantynopola – Dimitriosem I. Doszło wówczas do podpisania wspólnej deklaracji o ustanowieniu Międzynarodowej Komisji Mieszanej do Dialogu Teologicznego między Kościołem katolickim a prawosławnym. W ten sposób ruch ekumeniczny, którego potrzebę dostrzegł Sobór Watykański II, stawał się faktem.
W 1985 r. Jan Paweł II przybył do Maroka na zaproszenie króla Hassana II i przemówił w Casablance do 50 tysięcy zgromadzonych na stadionie młodych muzułmanów. Z kolei w 1986 r. w Rzymie jako pierwszy w dziejach papież przekroczył próg synagogi, a w swoim przemówieniu do zgromadzonych czterokrotnie nazwał Żydów braćmi – zdanie, które wówczas padło: „Jesteście naszymi umiłowanymi braćmi i – można powiedzieć – naszymi starszymi braćmi” jest jedną z najczęściej cytowanych wypowiedzi, jakie padły z ust papieża Jana Pawła II.
Z kolei 27 października 1986 r. doszło z inicjatywy Ojca Świętego do niezwykłego spotkania – do Asyżu przybyło na międzyreligijne spotkanie
