W I Niedzielę Wielkiego Postu, 12 marca 2000 r., Jan Paweł II podczas sprawowania Eucharystii w watykańskiej Bazylice św. Piotra prosił Boga o przebaczenie win, jakich dopuścili się wierni Kościoła katolickiego zarówno w przeszłości, jak i w czasach współczesnych. Dzień ten zapisał się na kartach historii pod nazwą „Dzień Przebaczenia”, a samo wydarzenie było jednym z najważniejszych wydarzeń obchodów Wielkiego Jubileuszu. We Mszy świętej uczestniczyło 10 tysięcy wiernych.
Papież Jan Paweł II w swojej homilii za najcięższe winy Kościoła uznał schizmy, do jakich doszło na przestrzeni wieków w ramach religii chrześcijańskiej, wojny religijne, brak tolerancji wobec przedstawicieli innych kultur oraz religii. Z kolei grzechami współczesności nazwał m.in. ateizm, zobojętnienie religijne, proces sekularyzacji, relatywizm etyczny, łamanie praw człowieka oraz brak zainteresowania ubóstwem wielu krajów. W swoim przemówieniu Ojciec Święty nie odniósł się jednak do konkretnych grup chrześcijan bądź momentów w historii Kościoła. Zaznaczył natomiast, że Kościół ze swej strony również wybacza innym grzechy popełnione wobec niego.
Punktem szczytowym liturgii słowa był akt pokuty, który celebrowano w miejsce modlitwy powszechnej. Kolejne wezwania aktu wypowiadali kardynałowie i arcybiskupi Kurii Rzymskiej:
- wezwanie pierwsze odnosiło się ogólnie do potrzeby oczyszczenia pamięci i wejścia na drogę nawrócenia;
- wezwanie drugie dotyczyło konieczności pokuty za przemoc, której dopuszczał się Kościół podczas ewangelizacji i w obronie wiary (m.in. w czasie Inkwizycji czy krucjat) – grzechy te nazwano „grzechami popełnionymi w imię prawdy”;
- wezwanie trzecie odnosiło się do podziału chrześcijan (Wielkiej Schizmy, Reformacji) i było uznaniem za grzechy Kościoła wszelkich ekskomunik i prześladowań towarzyszących podziałom między wyznawcami Chrystusa – grzechy te określono jako „naruszenie jedności ciała Chrystusa”;
- wezwanie czwarte było wyznaniem win popełnionych w stosunku do Narodu Wybranego i dotyczyły szeroko pojętej pogardy i niechęci chrześcijan do Żydów na przestrzeni wieków;
- wezwanie piąte mówiło o winach Kościoła przeciw miłości, pokojowi, prawom narodów oraz godności kultur i religii;
- wezwanie szóste dotyczyło grzechów Kościoła godzących w godność kobiety i jedność rodzaju ludzkiego (problem dyskryminacji, nieposzanowania równości wszystkich ludzi);
- wezwanie siódme dotyczyło praw człowieka i odnosiło się do współczesnych win Kościoła wobec maluczkich, ubogich, prześladowanych, nienarodzonych oraz wobec ludzi z marginesu społecznego.
Po każdym wezwaniu zapalano jedną z siedmiu lamp oliwnych, a papież odmawiał modlitwę przebłagalną w podanej intencji. Na koniec podszedł do krzyża, objął go i ucałował na znak czci i prośby o przebaczenie. Ten krucyfiks z kościoła San Marcello, pochodzący z XIV wieku, był najważniejszym symbolem uroczystości.
Dzień Przebaczenia był fenomenem bezprecedensowym w 2000-letniej historii chrześcijaństwa i całkowicie oryginalnym dziełem Jana Pawła II. Żaden Kościół jako instytucja nie prosił dotychczas o przebaczenie. Wydarzenie zostało docenione przez media, wiernych i wyznawców innych denominacji chrześcijańskich. Niezadowolenie wyrazili jedynie przedstawiciele środowisk żydowskich. Ich zdaniem, w wyznaniu win przeciw Izraelowi zabrakło wspomnienia Holokaustu.