Fabuła powieści rozpoczyna się w Gdańsku w okresie II wojny światowej (dokładnie 14 sierpnia). Tytułowy Hanemann jest pracownikiem Instytutu Anatomii. Do naukowca trafia ciało, które zostało wyłowione po katastrofie statku – stwierdzono, że człowiek ten zatonął jeszcze przed katastrofą. Hanemann rozpoznał ofiarę po wyglądzie – była to Luzia Berger, kochanka doktora. Reakcja Hanemanna na ciało dziewczyny wywołała w mieście liczne plotki.
Niedługo po owym zajściu do bohatera przychodzi jego siostrzenica Anna, próbując odwieść jego uwagę od plotek oraz zaprosić na rodzinny obiad, którego jednak mężczyzna odmawia. Porzuca także pracę w Instytucie – nie wiadomo czy z jakich powodów. Co bardziej dociekliwi uważali, że przyczyniła się do tego tragiczna śmierć Luizy.
W tym momencie następuje przeniesienie akcji w czasie. Wydarzenia wciąż rozgrywają się w Gdańsku, jednak już pod okupacją rosyjską. Sąsiadka bohatera zaczyna pakować najpotrzebniejsze rodzinie rzeczy – wraz z mężem i córkami zamierza udać się na pokład transportowca „Friedrich Bernhoff” i w ten sposób opuścić zagrożone miasto. Razem z nimi zabiera się bohater, który tuż przed wejściem na statek upuszcza swój neseser. Wróciwszy po niego trafia na wybuch rosyjskiego pocisku, W wyniku poniesionych obrażeń Hanemann na jakiś czas traci przytomność. Był to początek ataku na Gdańsk. Jakiś porucznik znalazł go i zaniósł do domu, gdzie obiecał mężczyźnie, że zabierze go na kolejny statek ze sobą. Wojskowy nigdy się już jednak nie pojawił by spełnić przyrzeczenie.
Do fabuły zostają wprowadzeni kolejni bohaterowie – rodzice narratora (Piotra). Pojawiają się oni w mieszkaniu Wallmanów, gdzie dwóch mężczyzn znęca się nad Hanemannem, którego wzięli za Niemca i w ten sposób ratują go przed śmiertelnym pobiciem.
Gdańsk staje się z powrotem polskim miastem – następują zmiany nazw ulic, a Instytut Anatomii wznowił działalność, jednak bohater nie zamierzał do niego wracać. Przez przypadek udało mu się zyskać zatrudnienie jako prywatny nauczyciel języka niemieckiego, co stało się dla niego głównym źródłem utrzymania. W grudniu Hanemann otrzymał list od swojego byłego asystenta Retza – mężczyzna planował otworzyć prywatną praktykę w Bremie, opisuje także katastrofę statku Bernhoff, na którym poznał Wallmanów. Szczęśliwie udało się przeżyć, jednak zanim Hanemann zdecydował się mu odpisać – Retz zmarł na raka płuc.
Bohater otrzymał wezwanie do stawienia się w urzędzie Służby Bezpieczeństwa – prawdopodobnie chodziło o list z Zachodu, którego nadawcą był właśnie Retz. Pytano go jednak o to dlaczego nie zdecydował się wyjechać oraz obiecali, że gdyby chciał to chętnie mu w tym pomogą.
Hanemann uczył języka niemieckiego m.in. narratora Piotra – rodzicom zależało by chłopiec jak najlepiej wypadł przed komisją egzaminacyjną. Podczas tych spotkań naukowiec często pokazywał Piotrowi różne książki, zapraszał do zapoznania się ze swoją biblioteką. Czasami do Hanemanna przychodził jego znajomy Polak – J. , jeszcze z czasów tzw. Wolnego Miasta Gdańsk. Opowiadał bohaterowi różne historie ludzi m.in. zrelacjonował tragiczną śmierć Luizy.
Główny bohater często wspominał czasy swojej młodości. Dowiadujemy się, że zdecydował się na medycynę pod wpływem lektury starych traktatów medycznych, które jego ojciec trzymał w swojej bibliotece. Znaczenie w tym względzie miały również jego tradycje rodzinne.
Któregoś dnia w domu narratora pojawił się obcy chłopiec – Adam. Było to bezdomne dziecko, które kucharka Hanna spotkała na dworcu i postanowiła przygarnąć. Chłopiec porozumiewał się z innymi językiem migowym. Hanemann uczył się go podczas studiów, co postanowił wykorzystać do nawiązania relacji z chłopcem. Wkrótce ruszyła w Polsce nowa antyniemiecka fala i pojawiła się informacja, że Hanemann może zostać pojmany, chciano także zabrać Adama. Rodzina Piotra zaproponowała by Hanna, Adam i Hanemann na jakiś czas wspólnie wyjechali. Tak też się stało, jednak od tamtej pory Piotr nie miał już żadnego kontaktu z lokatorami.