Innocenty III aż do śmierci prowadził swoją propagandę krucjatową. Pomimo, że sam pomysłodawca i największy zwolennik – papież, nie dożył do czasów trzech ostatnich wypraw krzyżowych, to niedługo po jego śmierci doszło do zorganizowania V krucjaty.
Piąta krucjata miała miejsce w latach 1217 – 1221, a jej głównym celem było zdobycie Egiptu. W wyprawie krzyżowej udział wzięli Węgrzy pod dowództwem swojego króla – Andrzeja II oraz Niemcy, którymi dowodził książę Austrii – Leopold VI.
W roku 1217 krzyżowcom udaje się opanować Damiettę, która w tym czasie stanowiła kluczową pozycję w delcie Nilu. Jednak początkowe sukcesy zostały zaprzepaszczone na skutek wyprawy na Kair. Doszło do niej w efekcie nacisków legata papieskiego. Krzyżowcy otoczeni w jej trakcie przez siły tureckie, uniknęli masakry za cenę zwrotu wcześniej zajętej Damietty oraz wycofania się z Egiptu.
W latach 1228 – 1229 dochodzi do wyprawy ówczesnego cesarza – Fryderyka II, do Egiptu. Wykorzystał wówczas niepokoje wewnętrzne w tym państwie i dzięki temu uzyskał od sułtana egipskiego Jerozolimę, Nazaret, Jafę oraz Betlejem. Odrodził tym samym Królestwo Jerozolimskie, po czym opuścił Palestynę. Często wyprawy tej nie określa się jako krucjaty ze względu na jej bezkrwawy przebieg.
Ponowna utrata Jerozolimy – w roku 1244, stała się kolejnym powodem do organizacji następnych wypraw krzyżowych. Dwie ostatnie krucjaty – VI w latach 1248 – 1252 oraz VII zakończona w roku 1291, odbyły się pod wodzą króla Francji Ludwika IX Świętego.
Ten ostatni był królem francuskim od roku 1226 wywodzącym się z dynastii Kapetyngów. Ludwik, w którego imieniu regencje początkowo sprawowała jego matka, miał zostać wychowany w wielkiej pobożności. W czasie swojego panowania wprowadził jednolity system monetarny oraz ustanowił sądy królewskie, w celu ograniczenia sądownictwa feudalnego.
Ludwik zasłynął również jako zaciekły przeciwnik heretyków. Popierał świętą inkwizycję wraz z jej metodami tortur oraz tajnymi procesami. Natomiast jego polityka zagraniczna charakteryzowała się pokojowymi działaniami, jednak w praktyce nie przeszkadzało to władcy na głoszenie konieczności walki z heretykami. Ludwik IX Święty zmarł podczas epidemii dżumy w Tunisie. Król Francji został kanonizowany w roku 1297.
Celem kolejnej (VI) wyprawy krzyżowej ponownie został Egipt, a przyczyną – wcześniej wspomniane, zajęcie Jerozolimy (1244). Krucjata zakończyła się w roku 1250 kapitulacją wojsk krzyżowców pod Al – Mansura.
W kolejnych latach sytuacja Królestwa Jerozolimy pogarszała się z roku na rok. Za namową swojego brata – Karola Andegaweńskiego oraz ówczesnego papieża Urbana IV, Ludwik Święty po raz kolejny został inicjatorem i uczestnikiem walki z heretykami w Ziemi Świętej.
Pod wodzą króla krzyżowcy zaatakowali Tunis w Afryce Północnej. W wyniku szerzącej się epidemii zmarł władca francuski. Jego śmierć skłoniła następcę tronu do pospiesznego wycofania się wraz z wojskiem do Europy. W roku 1291 upadł ostatni bastion krzyżowców w Ziemi Świętej – Akka, zakończył się okres wypraw krzyżowych.