Życie w środowisku wodnym (oceanach, jeziorach i rzekach) stwarza organizmom specyficzne wymagania. Ograniczenia z nim związane wynikają głównie z oporu wody na przemieszczanie się i ograniczonego przenikania światła w głąb zbiorników wodnych.
W związku ze wspomnianym oporem wody obserwujemy zjawisko ewolucji zbieżnej różnych grup organizmów swobodnie pływających (opływowy kształt ryb, fok, waleni, czy krokodyli). Z kolei ograniczenie przenikania światła słonecznego do wód powierzchniowych mórz i jezior powoduje, że tylko tam żyją organizmy zdolne do fotosyntezy. Wraz ze wzrostem głębokości nie tylko spada natężenie światła, ale również zmienia się udział poszczególnych części widma. Wśród glonów najbliżej powierzchni występują zielenice, których głównym barwnikiem pochłaniającym światło jest chlorofil (najsilniej pochłania światło niebieskie), głębiej brunatnice, które wykorzystują karotenoidy pochłaniające barwę niebieska i zieloną, najgłębiej krasnorosty, których barwnik to fikoerytryna pochłaniająca barwę zieloną i żółtą. W strefie bez światła słonecznego rozwój autotrofów (organizmów samożywnych) możliwy jest tylko tam, gdzie istnieją warunki dla chemosyntezy – np. na dnie oceanicznym w otoczeniu kominów hydrotermalnych.
Zazwyczaj obserwujemy różne zespoły gatunków w wodach słodkich i słonych (morskich). Najtrudniejsze warunki życia panują w wodach słonawych, takich jak np. w Bałtyku. Brak tu jest wielu gatunków typowo morskich występujących w pobliskim Morzu Północnym (np. jeżowców), a te, które tu żyją (np. omułki) osiągają mniejsze rozmiary.
Wyróżniamy trzy podstawowe środowiska życia organizmów morskich i jeziornych: litoral (strefę przybrzeżną), pelagial (strefę toni wodnej) i bental (strefę dna morskiego).
Pelagial zasiedlany jest przez organizmy biernie unoszące się w wodzie (plankton – głównie organizmy drobne, ale również meduzy) oraz organizmy zdolne do pływania wbrew prądom wodnym (nekton – ryby, głowonogi, żółwie morskie, walenie).
Bental zasiedlony jest przez organizmy denne (bentos). Bentos morski tworzą gąbki, jamochłony (np. koralowce), wieloszczety, mięczaki, skorupiaki (np. kraby i krewetki), szkarłupnie (rozgwiazdy, jeżowce i liliowce), glony i bakterie. Bentos słodkowodny tworzą m.in. pijawki, mięczaki, larwy owadów, glony, bakterie i różne gatunki roślin. Niektóre z nich prowadzą osiadły tryb życia (są przytwierdzone do dna) inne zaś wędrowny (przemieszczając się po dnie lub drążąc w nim kanały). Skład gatunkowy zależy też od rodzaju dna – skalistego lub piaszczystego.
Najlepsze warunki dla rozwoju życia występują w strefie litoralnej (tylko ta strefa występuje w niewielkich i płytkich jeziorach). Jest tam dużo światła, tlenu i miogenów oraz urozmaicona rzeźba dna. Niebezpieczeństwa wynikają z falowania i przyboju, zmian poziomu morza związanego z pływami i sezonowego zlodzenia. Żyją tam zarówno gatunki denne (bentos), o składzie gatunkowym zmieniającym się wraz z głębokością, plankton, jak i organizmy swobodnie pływające. Jest to też obszar bytowania organizmów ziemnowodnych: płazów, ptaków wodnych i ssaków – np. wydr, czy fok. To tutaj ryby odbywają tarło i dorasta ich narybek.
W litoralu jeziornym wyróżniamy (od strony lądu):
- strefę roślinności bagiennej,
- strefę roślin wynurzonych – szuwary (np. trzcina),
- strefę roślin o liściach pływających (np. grążel żółty),
i strefę roślin zanurzonych (np.: rdestnicy).
Odmienne warunki życia panują w głębinach morskich (abisal i hadal) oraz jeziornych (profundal). Żyją tam zarówno gatunki denne, jak i pływające w toni, zamieszkując nawet największe głębiny. Dominują tam nekrofagi (pożywiające się martwymi organizmami opadającymi z przypowierzchniowych części zbiorników wodnych) i drapieżniki. Organizmy przystosowane są do dużego ciśnienia hydrostatycznego wody i braku światła (brak oczu lub bardzo duże oczy oraz organy świecące - luminofory). Dna jezior charakteryzują się często małą zawartości tlenu.
Zróżnicowanie składu gatunkowego w rzekach zależne jest przede wszystkim od prędkości nurtu wody i charakteru dna. Stąd różnice pomiędzy rzekami górskimi (typowe ryby to np. pstrągi) a nizinnymi (typowe ryby to np. płocie).