Jedną z form ochrony przyrody jest ochrona gatunkowa. O konkretnych działaniach jakie należy podjąć w celu ochrony organizmów mówi ustawa o ochronie przyrody z 2004 roku. Treść tej ustawy dotyczy objęcia ochroną dziko występujących roślin, grzybów oraz zwierząt wraz z siedliskami, w których występują. Ponadto ochrona dotyczy również organizmów unikatowych dla danego miejsca (endemicznych) oraz o małej liczebności – zagrożonych wyginięciem. W Polsce pod ochroną gatunkową znajduje się 213 gatunków roślin. Wszelkie decyzje dotyczące gatunków roślin objętych tą formą ochrony podejmuje Generalny Dyrektor Ochrony Środowiska. Zbiorem taksonów, w którym zawarte są organizmy zagrożone wyginięciem oraz te, które już wygineły, jest Czerwona lista roślin i grzybów Polski. Obecnie zawiera się w niej 506 gatunków roślin naczyniowych, co stanowi ok 20% rodzimej flory.
Lista gatunków podlegających ścisłej ochronie w Polsce
cis (Taxus bacatta)
limba (Pinus cembra)
brzoza ojcowska, brzoza niska i brzoza karłowata (Betula oycoviensis, B. humilis i B. nana)
jarząb szwedzki i jarząb brzęk (Sorbus intermedia, Sorbus torminalis)
kosodrzewina i sosna błotna (Pinus mugho, Pinus uliginosa)
woskownica europejska (Myrica gale)
wierzba borówkolistna i wierzba lapońska (Salix myrtilloides, S. lapponum)
malina moroszka (Rubus chamaemorus)
wiśnia karłowata (Prunus fruticosa)
szczodrzeniec zmienny (Cytisus albus)
wawrzynek wilczełyko i wawrzynek główkowy (Daphne mezereum, D. cneorum)
rokitnik zwyczajny (Hippophae rhamnoides)
kłokoczka południowa (Staphyllea pinnata)
bluszcz pospolity (Hedera helix)
różanecznik żółty (Rhododendron flavum)
chamedafne północna (Chamaedaphne calyculata)
wrzosiec bagienny (Erica tetralix)
barwinek pospolity (Vinca minor)
wiciokrzew pomorski (Lonicera periclymenum)
zimoziół północny (Linnaea borealis)
długosz królewski (Osmunda regalis)
pióropusznik strusi (Matteucia struthiopteris)
podrzeń żebrowiec (Blechnum spicant)
języcznik zwyczajny (Phyllitis scolopendrium)
salwinia pływająca (Salvinia natans)
skrzyp olbrzymi (Equisetum maximum = Equisetum telmateia)
wszystkie gatunki widłaków, to jest: widłak wroniec, torfowy, jałowcowaty, goździsty, alpejski, spłaszczony, cyprysowaty, Isslera i Zeillera (Huperzia selago, Lycopodiella innudata, Lycopodium annotinum, L. clavatum, Diphasiastrum alpinum, D. complanatum, D. tristachyum, D. issleri, D. zeilleri)
poryblin jeziorny i poryblin kolczasty (Isoetes lacustris, I. setacea)
goździki: piaskowy, kosmaty, brodaty, skupiony, lodnikowy, siny, postrzępiony, wczesny, okazały, pyszny (Dianthus arenarius, D. armeria, D. barbatus, D. compactus, D. glacialis, D. gratianopolitanus, D. plumarius, D. praecox, D. speciosus, D. superbus)
łyszczec wiechowaty (Gypsophilla paniculata)
lepnica litewska (Silene lithuanica)
pełnik europejski (Trollius europaeus)
pluskwica europejska (Cimicifuga europaea)
orlik pospolity (Aquilegia vulgaris)
tojady: sudecki, mocny, wschodniokarpacki, mołdawski, wiechowaty, tauryjski, dzióbaty, lisi (Aconitum callibotryon, A. firmum, A. lasiocarpum, A. moldavicum, A. paniculatum, A. tauricum, A. variegatum, A. vulparia)
powojnik prosty (Clematis recta)
sasanki: alpejska, otwarta, łąkowa, słowacka, wiosenna, zwyczajna (Pulsatilla alba, P. patens, P. pratensis, P. slavica, P. vernalis, P. vulgaris)
zawilec narcyzowy i zawilec wielkokwiatowy (Anemone narcissiflora, A. sylvestris)
miłek wiosenny (Adonis vernalis)
grzybienie białe i grzybienie północne (Nymphaea alba, N. candida)
grążel żółty i grążel drobny (Nuphar luteum, N. pumilum)
warzucha polska (Cochlearia polonica)
rosiczki: okrągłolistna, pośrednia, owalna i długolistna (Drosera rotundifolia, D. intermedia, D. obovata, D. anglica)
rojniki: pospolity, włochaty, górski (Jovibarba sobolifera, J. hirta, Sempervivum montanum)
parzydło leśne (Aruncus dioicus)
ostrołódka kosmata (Oxytropis pilosa)
groszek wschodniokarpacki i groszek szerokolistny (Lathyrus laevigatus, L. latifolius)
kotewka orzech wodny (Trapa natans)
len złocisty i len włochaty (Linum flavum, L. hirsutum)
dyptam jesionolistny (Dictamnus albus)
mikołajek nadmorski (Eryngium maritimum)
arcydziegiel litwor i arcydziegiel nadbrzeżny (Archangelica archangelica subsp. archangelica i subsp. litoralis)
mlecznik nadmorski (Glaux maritima)
pierwiosnka omączona (Primula farinosa)
pomocnik baldaszkowaty (Chimaphilla umbellata)
wielosił błękitny (Polemonium coeruleum)
żmijowiec czerwony (Echium rubrum)
pokrzyk wilcza jagoda (Atropa belladonna)
lulecznica kraińska (Scopolia carniolica)
naparstnica zwyczajna i naparstnica purpurowa (Digitalis grandiflora, D. purpurea)
gnidosz królewski i gnidosz rozesłany (Pedicularis sceptrum carolinum, P. silvatica)
goryczki: krótkołodygowa, krzyżowa, przeźroczysta, śniegowa, wąskolistna, kropkowana, wiosenna (Gentiana clusii, G. frigida, G. nivalis, G. pneumonanthe, G. punctata, G. verna)
goryczuszki: gorzkawa, bałtycka, czeska, polna, orzęsiona, Wettsteina, wczesna, lodnikowa, błotna (Gentianella amarella, G. baltica, G. bohemica, G. campestris, G. ciliata, G. germanica, G. lutescens, G. tenella, G. uliginosa)
niebielistka trwała (Sweertia perennis)
grzybieńczyk wodny (Limnanthemum nymphoides)
zerwa kulista (Phyteuma orbiculare)
lobelia jeziorna (Lobelia dortmanna)
ożota zwyczajna (Linosyris vulgaris)
szarotka alpejska (Leontopodium alpinum)
arnika górska (Arnica montana)
omieg górski (Doronicum austriacum)
dziewięćsił popłocholistny i dziewięćsił bezłodygowy (Carlina onopordifolia, C. acaulis)
ostrożeń pannoński (Cirsium pannonicum)
wężymord stepowy (Scorzonera purpurea)
kosatka kielichowa (Tofieldia calyculata)
ciemiężyce: biała, zielona i czarna (Veratrum album, V. lobelianum, V. nigrum)
zimowit jesienny (Colchicium autumnale)
pajęcznica liliowata (Anthericum liliago)
lilia złotogłów (Lilium martagon)
szachownica kostkowata (Frittilaria meleagris)
śniedek cienkolistny i śniedek baldaszkowaty (Ornithogalum gussonei, O. umbellatum)
szafirek miękkolistny i szafirek drobnokwiatowy (Muscari comosum, M. botryoides)
śnieżyca wiosenna (Leucoium vernum)
śnieżyczka przebiśnieg (Galanthus nivalis)
mieczyk błotny i mieczyk dachówkowaty (Gladiolus palustris, G. imbricatus)
szafran spiski (Crocus scepusiensis)
kosaćce: bezlistny i syberyjski (Iris aphylla, I. sibirica)
turówka wonna (żubrówka; Hierochloe odorata)
ostnice: piaskowa, włosowata, Jana i powabna (Stipa borysthenica, S. capillata, S. joannis, S. pulcherrima)
obuwik pospolity (Cypripedium calceolus)
potrostek alpejski (Chamorchis alpina)
ozorka zielona (Coeloglossum viride)
podkolan biały i podkolan zielonawy (Platanthera bifolia, P. chlorantha)
miodokwiat krzyżowy (Herminium monorchis)
dwulistnik muszy (Ophrys insectifera)
storczyki: purpurowy, kukawka, trójzębny, drobnokwiatowy, cuchnący, samiczy, męski, blady, błotny (Orchis purpurea, O. militaris, O. tridentata, O. ustulata, O. coriophora, O. morio, O. mascula, O. pallens, O. laxiflora)
storczyca kulista (Traunsteinera globosa)
koślaczek stożkowaty (Anacamptis piramidalis)
stoplamki: bzowy, plamisty, szerokolistny, Traunsteinera, sercowaty, krwisty, zaniedbany (Dactylorchiza sambucina, D. maculata, D. majalis, D. traunsteineri, D. cordigera, D. incarnata, D. praetermisa)
gółka długoostrogowa i gółka wonna (Gymnadenia conopsea, G. odoratissima)
kukuczka kapturowata (Neottianthe cucullata)
gołek białawy (Pseudorchis albida)
kruszczyki: błotny, szerokolistny, siny, ostry, rdzawoczerwony, drobnolistny (Epipactis palustris, E. helleborine, E. purpurata, E. leptochila, E. atrorubens, E. microphylla)
gnieźniki: sercowaty, jajowaty i leśny (Neottia cordata, N. ovata, N. nidus-avis)
tajęża jednostronna (Goodyera repens)
kręczynka jesienna (Spiranthes spiralis)
buławniki: czerwony, mieczolistny i wielkokwiatowy (Cephalantera rubra, C. longifolia, C. alba)
storzan bezlistny (Epipogium aphyllum)
wątlik błotny (Hammarbya paludosa)
wyblin jednolistny (Malaxis monophyllos)
lipiennik Loesela (Liparis loeselii)
żłobik koralowy (Corallorhiza trifida)