Po ucieczce do Francji pierwszego króla polskiego wybranego w wolnej elekcji – Henryka Walezego, nowym władcą cześć szlachty obwołała córkę Zygmunta Starego oraz Bony Sforzy – Annę Jagiellonkę. Na jej męża natomiast wybrano wówczas księcia Siedmiogrodu, panującego jako król Polski w latach 1576 – 1586 – Stefana Batorego.
Ten ostatni swoje panowanie musiał rozpocząć od uporania się z opozycją, która po ucieczce Walezego do rodzinnego kraju, widziała Maksymiliana II Habsburga jako kolejnego władcę polskiego. Wystarczyła jednak demonstracja sił Batorego aby opanować sytuacje wewnętrzną Rzeczpospolitej.
Stefan Batory – Reformy
Pomimo licznych sukcesów w walce z pro habsburską opozycją w kraju, do końca swojego panowania Stefan Batory nie był w stanie utworzyć własnego stronnictwa politycznego. Pozostawił jednak po sobie wybitnego polityka – osobę, która doprowadziła do wyboru na nowego króla Anny Jagiellonki – Jana Zamoyskiego. Ten najbliższy współpracownik króla, kanclerz wielki koronny planował m. in. utworzenie Kolegium Królewskiego oraz reformę Akademii Krakowskiej.
Stefan Batory w okresie swojego panowania zasłynął również jako pierwszy monarcha, który przyjął Kozaków na żołd królewski. Stworzył w ten sposób podstawy kozackich oddziałów rejestrowych. W skutek czego król zapewnił sobie ich poparcie w czasie zagrożenia tatarskiego.
Rzeczpospolita w czasie rządów Batorego została ponadto zdecydowanie wzmocniona. Władca akceptował rolę szlachty w kraju, a w przypadku potrzeby uchwalenia nowych podatków – odwoływał się ponad sejmem do sejmików. Wyraził również zgodę na ustanowienie Trybunału Koronnego w roku 1578. Miał on stanowić najwyższy organ sądu odwoławczego dla stanu szlacheckiego oraz duchowieństwa. Dodatkowo również na tym sejmie król polski doprowadził do powołania piechoty wybranieckiej – była złożona z chłopów mieszkających w dobrach królewskich.
Poza tym Stefan Batory jako pierwszy monarcha Rzeczpospolitej potwierdził zasady konfederacji warszawskiej w swojej przysiędze koronacyjnej. Pomimo, iż był gorliwym katolikiem – katolicyzm uznał za podstawę swojej potęgi, przestrzegał jednocześnie zasad tolerancji religijnej. Zachował odrębne prawa Żydów oraz Ormian. Powyższa działalność nie przeszkadzała mu w popieraniu zakonu jezuitów, których obdarzył szczególną opieką – popierał zakładane przez nich kolegia oraz fundował dla nich kościoły.