Kościół koptyjski (arab. qubti z gr. „egipski”) należy do rodziny Kościołów wschodnich. Wyodrębnił się po Soborze Chalcedońskim w 451 r., kiedy to odrzucił jego postanowienia i za podstawę doktrynalną uznał poglądy monofizyckie głoszące, że Jezus ma tylko jedną naturę bosko-ludzką. Dopiero w maju 1973 r. patriarcha koptyjski, Shenouda III Egipski, podpisał razem z papieżem Pawłem VI deklarację, która zakończyła ten trwający od V w. spór dotyczący różnic chrystologicznych. Dzisiejszy Kościół koptyjski nie jest zatem pod żadnym względem Kościołem monofizyckim.
Koptowie powołują się na tradycję według której ich Kościół został założony przez św. Marka Ewangelistę. Miał on za panowania cesarza Nerona przybyć do Aleksandrii i tam około 40 r. założyć wspólnotę wyznawców Chrystusa, a następnie w 68 r. ponieść śmierć męczeńską. Jest to jednak tylko legenda praktycznie nie możliwa do weryfikacji. Pewne jest natomiast, że już w II w. Egipt stał się ważnym ośrodkiem chrześcijańskiej teologii. Tam, w Aleksandrii, powstała szkoła katechetyczno-egzegetyczna (Didaskalium), której wybitnymi przedstawicielami byli m.in. Klemens Aleksandryjski, Orygenes, Dionizy Aleksandryjski oraz Dydym Ślepy. W Egipcie narodził się także chrześcijański monastycyzm – to właśnie z Egiptu pochodzili św. Antoni, pierwszy chrześcijański mnich, i święty Pachomiusz, twórca pierwszej reguły zakonnej. Stąd też popularnym przejawem pobożności i duchowości koptyjskiej są pielgrzymki do klasztorów na pustyni.
W VII wieku Egipt zdobyli muzułmanie. Pod ich panowaniem Kościół koptyjski przeżywał zmienne koleje losu. Wierni zobowiązani byli m.in. do płacenia podatku „gezya”. Dopiero w XIX w. podatek został zniesiony, a chrześcijan zrównano w prawach z ludnością muzułmańską. Współcześnie wyznawcy islamu (głównie sunnici) stanowią aż 90% ludności Egiptu. Kościół koptyjski zrzesza z kolei około 9% obywateli. Natomiast pozostały 1% populacji to wyznawcy innych odłamów chrześcijaństwa.
Do cech charakterystycznych Kościoła koptyjskiego należą m.in. liczne posty (z 365 dni roku, aż 210 dni to dni postu, kiedy to nie wolno spożywać żadnych produktów zwierzęcych), zakaz spożywania wieprzowiny i mięsa zwierząt uduszonych (koszerność), obrzezanie chłopców i zakaz umieszczania posągów w świątyniach.
Koptowie sprawują siedem sakramentów. Chrzest udzielany jest noworodkom przez trzykrotne zanurzanie całego ciała w poświęconej wodzie. Ceremonia chrztu świętego u Koptów połączona jest z liturgią bierzmowania. Koptowie uznają spowiedź uszną, a osobiste wyznanie grzechów wobec kapłana jest według nich warunkiem przyjęcia Eucharystii. Komunia święta udzielana pod dwoma postaciami, przy czym wierni Kościoła koptyjskiego, podobnie jak prawosławni, używają chleba kwaszonego.
Kościół koptyjski, podobnie jak inne Kościoły wschodnie orientalne, dzieli się na Koptyjski Kościół Ortodoksyjny tj. prawosławny oraz mniej liczny Kościół katolicki obrządku koptyjskiego. Oba zachowują aleksandryjską tradycję liturgiczną, a językiem liturgicznym jest język koptyjski (późna odmiana staroegipskiego).
Koptyjski Kościół Ortodoksyjny liczy aktualnie ok. 13 mln wiernych. Na jego czele stoi rezydujący w Kairze patriarcha, który nosi tytuł „Papież Aleksandrii i Patriarcha Stolicy św. Marka”. Pełni on jurysdykcję w stosunku do 37 metropolii w Egipcie, 2 w Sudanie, 1 w Kenii oraz 1 w Jerozolimie. Tym samym Koptyjski Kościół Ortodoksyjny jest największą mniejszością chrześcijańską na Bliskim Wschodzie. Ponadto spore skupiska Koptów mieszkają w USA i w Kanadzie, w Europie (zwłaszcza Wielkiej Brytanii) w Afryce i Australii. Te wspólnoty w diasporze także podlegają bezpośredniej jurysdykcji Patriarchy.
Katolicki odłam Kościoła koptyjskiego wyłonił się oficjalnie pod koniec XVIII w. Jego powstanie jest owocem działalności franciszkanów. Obecnie, po różnych reorganizacjach, liczy on ok. 210 tysięcy wiernych. Jest częścią Kościoła rzymskiego, ma jednak pewną autonomię. Dzieli się na sześć diecezji: patriarchalną (w Aleksandrii), Minia, Asjut, Sohag, Luksor, Ismailia. Koptyjscy katolicy są obecni również w Libanie, Europie, Ameryce Północnej i Południowej.
Czasami Kościół koptyjski ze względu na podobne zwyczaje i obrzędowość bywa błędnie utożsamiany z Kościołem etiopskim oraz Kościołem erytrejskim.