Tytuł opowiadania jest wieloznaczny. Oba słowa – „jądro” (w oryginale heart), czyli serce, środek oraz „ciemność” – mają bogatą symbolikę. Jądro czy serce oznacza istotę rzeczy, wnętrze, najważniejszą wartość, samo sedno. Ciemność zaś kojarzy się negatywnie – ze złem, mroczną naturą, brakiem moralności, tajemnicą. Tę złożoną symbolikę można odnieść do rożnych aspektów utworu.
„Jądro ciemności” jako środek ziemi, czyli oddalona od europejskiej cywilizacji Afryka, zwana też Czarnym Lądem. Takie odczytanie sugerują przeczucia Marlowa, który ma wrażenie, że udaje się „do środka ziemi”, pokonując dżunglę. „Środek” ów budzi obawy, jest bliżej nieokreśloną, tajemniczą krainą, do której nie prowadzi prosta droga – trzeba się do niego przebijać, zagłębiać się pod powierzchnię, tak jakby człowiek kierował się w stronę piekła:
(…) Przenikaliśmy coraz głębiej do jadra ciemności. Panowała tam kompletna cisza. Nocą słychać było czasem warkot bębnów (…) Wydawało się, że wędrujemy do prehistorycznej ziemi, która w dodatku kojarzyła się z jakąś nieznaną planetą (…).
Afryka jest zarazem piękna, dziewicza, nieskażona cywilizacją i groźna, nieprzewidywalna, dzika. Budzi fascynację i lęk.
„Jądro ciemności” jako mroczna część ludzkiej natury, zło tkwiące w człowieku. Jego uosobieniem jest Kurtz. Człowiek o nieposzlakowanej opinii, na zewnątrz sprawny przedsiębiorca, filantrop, krzewiciel postępu, kochający mężczyzna, jednak w miarę bliższego poznania, zagłębienia się w duszy bohatera – Kurtz okazuje się człowiekiem podłym, pozbawionym zasad moralnych, nastawionym na wyzysk, brutalnym i bezwzględnym. Takie odczytanie tytułu również zostało zasugerowane w tekście:
(…) Jego słowa, dar wyrażania myśli – zachwycający, przynoszący oświecenie, najbardziej wzniosły i godny największej pogardy, pulsujący strumień światła lub złudna struga wypływająca z jądra niezgłębionej ciemności (…).
„Jądro ciemności” jako stacja Kurtza – położone w głębi dżungli miejsce, gdzie sprawuje niepodzielne rządy. To przykład mechanizmu powstawania i działania totalitaryzmu. Kurtz – biały człowiek oderwany od cywilizacji europejskiej i jej praw – pewien własnej siły i pozycji, nie wahał się traktować miejscowych jako niewolników i skazywać ludzi na śmierć według własnego uznania. Bohater stosuje metody zastraszenia i kłamstwa. Marlow z przerażeniem stwierdza, że nie jest pewien, jak on sam zachowałby się w podobnej sytuacji. Dostrzega w sobie opór przed brataniem się z tubylcami i obawia się, że i on nie jest (i nie byłby) całkiem sprawiedliwy wobec nich.