Marek Antoniusz po bitwie pod Farsalos (9 sierpnia 48 r. p.n.e.), razem z częścią legionów udał się do Italii, gdzie w następnym roku otrzymał roczną dyktaturę dla Cezara. Cezar 2 października 48 r. p.n.e. przybył z dwoma legionami do Aleksandrii, gdy otrzymał wiadomość o śmierci Pompejusza. Tam nawiązał romans z Kleopatrą VII, która zasiadła na tronie w roku 51 p.n.e. razem ze swoim bratem. Zgodnie z tradycją poślubiła go, a w roku 47 p.n.e. została przez niego pozbawiona władzy i musiała uciekać do Syrii.
Zauroczony kochanką Cezar zapewnił jej władzę w Egipcie równą jej bratu Ptolemeuszowi XIV. Doradca Ptolemeusza – Potejnos, nie wyrażał przyzwolenia na taki podział sił, który de facto zmniejszał jego wpływy w państwie Egipskim. Jego kolejnym krokiem było rozkazanie Achillasowi, dowódcy egipskiej armii, usunięcie za wszelką cenne Juliusza Cezara z Aleksandrii.
Całość wydarzeń dała początek wojnie domowej zwanej aleksandryjską, w której Cezar miał odegrać decydującą rolę. Cezar został okrążony w jednej z dzielnic miasta nieopodal portu, który Achillas chciał przejąć szybkim natarciem. Cezar jednak zorientowawszy się w sytuacji, w porę kazał spalić całą flotę (pożar ogarnął również Bibliotekę Aleksandryjską). Mając przeciwko sobie całe miasto Gajusz Juliusz Cezar wysłał rozkaz do Domicjusza o przysłanie mu pomocy, a także o pomoc poprosił Mitrydatesa z Pergamonu oraz prawą rękę władcy Judei – Antypatra.
Cezar nakazał zabić przebywającego w pałacu Potejnosa za to, że namawiał Aleksandryjczyków do walki. Z pałacu zbiegła również młodsza siostra Klepopatry – Arsinoe, wraz ze swoim doradcą – Ganimedes. Arsinoe została obwołana nową królową, a Ganimedes nowym dowódcą armii. Zaraz po przejęciu wojska Ganimedes nakazł odcięcie wody do pałacu cesarskiego, w którym przebywał Juliusz Cezar wraz z Kleopatrą.
W momencie przybycia jednostek zbrojnych do portu, doszło do walki z legionistami wysłanymi przez Domicjusza. Ważnym punktem strategicznym, podczas walki na morzu, stała się kontrolowana przez nieprzyjacielskie jednostki egipskie wyspa Faros. Pomimo próby przejęcia wyspy przez siły Cezara, oprócz sporych strat w żołnierzach, wyspa pozostałą niezdobyta.
Cały walka zakończyła się głównie dzięki konfliktowi w obozie nieprzyjaciela, dotyczącego władzy nad armią. Cezar w tym czasie wypuścił na wolność Ptolemeusza XIV i to zakończyło rządy Ganimedesa. Po paru miesiącach do Egiptu przybyli Mitrydates i Antypatr. Połączone wojska z Pergamonu i Judei pokonały Egipcjan w bitwie pod Castra Ludaeorum. Gdy o tym zwycięstwie dowiedział się Cezar, wraz z wojskiem opuścił pałac przyłączając się do swoich sojuszników nad Nilem. Niedługo potem armia egipska poniosła kolejną klęskę, a Król Ptolemeusz XIV utonął podczas ucieczki. Nową królową została Kleopatra i urodziła Cezarowi jedynego potomka męskiego – Cezariona.