Do gałęzi transportu o najdłuższej tradycji należy transport wodny (lub inaczej żegluga).
Rozróżniamy:
- transport wodny śródlądowy (żeglugę śródlądową)
oraz transport morski (żeglugę morską), w tym żeglugę przybrzeżną.
W przeszłości w transporcie wodnym wykorzystywano statki o napędzie żaglowym oraz napędzane silą mięśni ludzkich (napęd wiosłowy lub w transporcie rzecznym barki ciągnięte przez burłaków lub zwierzęta). Żegluga żaglowa umożliwiła w przeszłości zasiedlenie wielu lądów przez człowieka i europejską kolonizację innych kontynentów. Transport wodny (śródlądowy) był też wykorzystywany w początkach pierwszej rewolucji przemysłowej w dostarczaniu siecią kanałów surowców przemysłowych do zakładów przemysłowych i w wywozie ich produktów do rynków zbytu.
W XIX wieku (pierwszy rejs 1807 rok) pojawiły się statki o napędzie parowym (żaglowce pozostawały jednak w użyciu na niektórych szlakach żeglugowych jeszcze w latach 30.tych XX wieku). W XX wieku parowce zostały zastąpione statkami napędzanymi silnikami spalinowymi.
Zalety transportu wodnego to jego niskie koszty, mała energochłonność i wolne zużywanie się taboru (jest to jednak problem dla przemysłu stoczniowego). Transport wodny jest też doskonałym rozwiązaniem w przewozie towarów masowych (w żegludze morskiej stosowane są jednak statki przystosowane do przewozu różnych towarów: tankowce, rudowce, chemikaliowce, czy drobnicowce, przewożące różne produkty przemysłow, zastępowane w ostatnich dziesięcioleciach przez kontenerowce). Powoduje to, że żegluga morska odgrywa dominującą rolę w obsłudze handlu zagranicznego.
Główną niedogodnością transportu wodnego jest długi czas przewozu. Jest on też zależny od warunków pogodowych (np. sztormów na morzu) oraz hydrologicznych (np. niskich stanów wód i zlodzenia rzek i kanałów żeglownych) i geomorfologiczno-hydrologicznych (wodospady na rzekach). Transport wodny jest też ograniczony przestrzennie – w przypadku żeglugi śródlądowej do naturalnych lub sztucznych dróg wodnych, zaś w przypadku żeglugi morskiej nie wszystkie porty i akweny są dostępne dla statków. Problemem jest też konieczność przeładunku towarów w portach (jest on czasochłonny), a w przypadku transportu śródlądowego duże koszty budowy i przystosowania szlaków żeglugowych.
Z tej racji żegluga śródlądowa popularna jest w krajach wysokorozwiniętych (USA, Niemcy, Holandia), posiadających rozwiniętą sieć rzek, jezior i kanałów żeglownych w transporcie towarów masowych. Transport śródlądowy odgrywa tez ważną rolę w przewozie towarów i osób w krajach o słabo rozwiniętej sieci dróg lądowych (w dorzeczu Amazonki, Kongo, czy na Płw. Indochińskim).
Transport morski dominuje w przewozie towarów masowych (zwłaszcza ropy naftowej) w skali międzykontynentalnej (duże znaczenie dla handlu zagranicznego). W przewozach pasażerskich oddał palmę pierwszeństwa transportowi lotniczemu – zachowując jednak dużą rolę w przewozach pasażerskich i pasażersko-samochodowych na niedługich dystansach (przewozy promowe). Żegluga morska ma też duże znaczenie w ruchu pasażerskim i przewozie towarów w krajach wyspiarskich.
Żegluga śródlądowa odbywa się na naturalnych (rzeki i jeziora) oraz sztucznych (żeglugowe kanały wodne) drogach wodnych. Budowane kanały łączą bądź dwa morza przecinając przesmyki lądu (kanały żeglugi morskiej), bądź rzeki i jeziora (kanały żeglugi śródlądowej). Kanały śródlądowe służą połączeniu sąsiednich dorzeczy lub omijają przeszkody dla żeglugi rzecznej (wodospady – np. Kanał Welland na Drodze Wodnej Wielkich Jezior amerykańskich omija Wodospad Niagara). Niektóre śródlądowe drogi wodne (np.
