Międzynarodowy system ochrony praw człowieka nie obejmuje działalności wyłącznie rządowej, ale tworzy go również szereg instytucji niezwiązanych bezpośrednio z władzami państwowymi. Organizacje pozarządowe są niezależne od organizacji działających przy określonym rządzie i bezstronne (przynajmniej z założenia), dlatego stanowią ważne uzupełnienie systemu rządowego.
Z powodu odrębności i niezależności nie tracą jednak możliwości uczestniczenia w działaniach organizacji rządowych – i tak NGOs mają możliwość udziału w pracach wybranych organów (tych zajmujących się prawami człowieka) UE, OBWE oraz Komisji Praw Człowieka. Organizacjom pozarządowym przysługuje również prawo wnoszenia skargi do Trybunału w Strasburgu bądź występowanie w roli eksperta lub świadka.
Do najważniejszych pozarządowych organizacji zajmujących się ochroną praw człowieka należą: Międzynarodowy Czerwony Krzyż, Human Rights Watch, Amnesty International, Międzynarodowa Helsińska Federacja Praw Człowieka.
To jednak nie wyczerpuje katalogu instytucji tego typu, spośród pozostały można wymienić: Międzynarodowy Instytut Praw Człowieka, Międzynarodową Komisję Prawników, Międzynarodowy Komitet Opieki nad Rannymi (ICRS), Międzynarodowe Centrum Prawne Ochrony Praw Człowieka czy choćby SOS-Torture.