Manuskrypt, to oczywiste
W krótkim wstępie do właściwej opowieści autor opisuje okoliczności zdobycia ciekawej XIX-wiecznej książki niejakiego księdza Valleta, który przytacza w swym dziele rzekomo autentyczny średniowieczny manuskrypt autorstwa Adsa z Melku.
Autor, zafascynowany wciągającą opowieścią, szybko dokonuje tłumaczenia dzieła. Niestety właściwy rękopis ginie (zabrany przypadkiem przez znajomą pisarza). Pomimo długich poszukiwań, autorowi nie udaje się odnaleźć oryginału, postanawia przedstawić swoje tłumaczenie czytelnikowi. Wyjaśnia budowę pierwotnego manuskryptu: podział dzieła na siedem części, odpowiadających siedmiu dniom akcji. Każdy dzień dzieli się na jeszcze mniejsze części oznaczone nazwami godzin liturgicznych (jutrznia, lauda, pryma, tercja, seksta, nona, nieszpór i kompleta).
Prolog
Wstęp opowieści autorstwa Adsa z Melku. Sędziwy mnich, kończący swój żywot w klasztorze w Melku, postanawia opisać przebieg niezwykłych wydarzeń, których był świadkiem w czasach wczesnej młodości.
Opisywane wydarzenia odbywają się w roku 1327, w Italii. Adso nie przytacza nazwy ani konkretnego umiejscowienia opactwa, by zachować tajemnicę. Streszcza za to ówczesną sytuację polityczną w kraju, konflikt pomiędzy dwoma cesarzami (Ludwikiem Bawarskim i Fryderykiem Austriackim) i narastający rozłam w kościele (konflikt pomiędzy ówczesnym papieżem i tzw. antypapieżem). Kolejny ważny spór toczy się pomiędzy papieżem a zakonem franciszkanów, którzy właśnie ogłosili tezę o ubóstwie Chrystusa.
Adso wybiera się w podróż do Italii jako towarzysz angielskiego franciszkanina Wilhelma z Baskerville. Wilhelm ma być mediatorem podczas spotkania przedstawicieli zakonu i delegacji papieskiej z Awinionu.
Dzień pierwszy
Pięknym listopadowym rankiem Adso i Wilhelm docierają do celu swojej podróży. Młody mnich podziwia widok ogromnego opactwa, wznoszącego się na zboczu góry. Przyjezdni zostają przywitani przez klucznika, Remigiusza z Varagine. Wilhelm zauważa, że mnich jest w trakcie pogoni za uciekającym koniem i udziela mu trafnych wskazówek co do kierunku ucieczki zwierzęcia (czym wzbudza niekłamany podziw rozmówcy). Goście zostają przywitani przez opata klasztoru i umieszczeni w wygodnej celi.
Opactwo budzi respekt swym wyglądem i zasobnością. Spośród wszystkich budynków największe wrażenie robi gmach, w którym mieści się ogromna biblioteka. Przyjezdni biorą udział w sutej kolacji, po której następuje ciekawa rozmowa Wilhelma z opatem Abbonem. Adso, schowany w głębi celi, niechcący przysłuchuje się dyspucie mnichów. Abbon prosi Wilhelma o pomoc w rozwikłaniu tajemniczej śmierci młodego zakonnika, który został znaleziony martwy pod murami opactwa. Adelmus z Otrantu był iluminatorem, nikt nie potrafi wyjawić powodów jego domniemanego samobójstwa. Wilhelm dedukuje, że młodzieniec jest raczej ofiarą morderstwa. Uzyskuje prawo przeprowadzenia własnego śledztwa, możliwości wypytywania innych mnichów i jednocześnie zakaz wstępu do gmachu biblioteki (Abbon tłumaczy, że wstęp zarezerwowany jest jedynie dla bibliotekarzy).
Po tej rozmowie przyjezdni udają się do kościoła na spotkanie z Hubertynem, dawnym znajomym Wilhelma. Adso podziwia portal kościoła, przedstawiający sceny z „Apokalipsy św. Jana”. Niespodziewanie obaj napotykają dziwną, karykaturalną postać – Salwatora (młodemu bohaterowi przypomina on diabła), który wypowiada się w zabawny sposób, łącząc łacinę i elementy innych znanych mu języków.
Hubertyn z radością wita Wilhelma i opowiada mu o tym, jak wstąpił do zakonu benedyktynów po to, by uniknąć prześladowań ze strony inkwizycji (głosił ubóstwo Chrystusa). Po wyjściu z kościoła herborysta Seweryn oferuje oprowadzić gości po opactwie. Wilhelm wypytuje go o rodzaje zbieranych ziół (dowiaduje się, że niektóre wywołują halucynacje). Seweryn sugeruje, że zmarłego Adelmusa łączył niejasny związek z Berengarem, pomocnikiem bibliotekarza. Prowadzi Wilhelma i Adsa do skryptorium. Goście, przywitania przez bibliotekarza Malachiasza poznają tłumacza Wenancjusza, retoryka Bencjusza i Berengara.
Wilhelm ogląda miejsce pracy zmarłego niedawno mnicha, posługując się przy tym prototypem okularów (soczewki na widełkach). Adelmus zajmował się ilustrowaniem ksiąg. Zabawne obrazki wzbudzają śmiech mnichów, szorstko przerwany przez staruszka o imieniu Jorge. Ślepy starzec przestrzega przez bezmyślnym śmiechem i wieszczy przyjście Antychrysta. Kolejne zwiedzane przez Wilhelma miejsce to kuźnia. Mistrz szklarski Mikołaj z Morimondo podziwia okulary Wilhelma i opowiada o dziwnych światłach, palących się nocą w gmachu biblioteki. Podczas wieczerzy bohaterowie dowiadują też o istniejącym tajnym wejściu do biblioteki.
Dzień drugi
Wczesnym rankiem mnisi wstają na nabożeństwo jutrzni. Adso czuje się uspokojony melodyjnym śpiewem męskiego chóru. Obrzęd zostaje jednak przerwany przybyciem sług opata, którzy znaleźli zwłoki w kadzi z krwią zwierzęcą. Wszyscy wybiegają na dwór i z przerażeniem obserwują wydobywanie ciała z ogromnego naczynia. Zmarłym okazuje się Wenancjusz.
Po obejrzeniu zwłok Wilhelm nabiera przekonania, że mnich nie utonął, lecz został wcześniej zabity. Przerażony opat prosi Wilhelma o wytężoną pracę śledczą. Ten wypytuje Bencjusza o wspominaną wcześniej przez mnichów dyskusję na temat śmiechu. Bencjusz potwierdza, że Wenancjusz był uczestnikiem rozmowy. Sugeruje, że Berengar, Adelmus i Malachiasz mieli jakąś wspólną tajemnicę. Kolejny rozmówca – Berengar – z rozpaczą przyznaje, że widział Adelmusa w noc jego śmierci. Iluminator czuł się potępiony, sugerował, że pragnie umrzeć. Rozmowa z Berengarem utwierdza Wilhelma w przekonaniu, że ten mógł uwieść młodego Adelmusa i doprowadzić go do samobójstwa. Kolejnych ważnych informacji udziela starzec Aimar, który skarży się na powierzanie ważnych funkcji w opactwie cudzoziemcom i żali na brak dostępu do biblioteki.
Tego samego dnia Wilhelm ogląda dokładnie stół Wenancjusza i po raz kolejny naraża się bratu Jorge, wdając się w dyskusję na temat śmiechu. Starzec podtrzymuje tezę, że śmiech jest cechą szatana. Po wyjściu ze skryptorium Bencjusz wyjawia Wilhelmowi sekret Berengara. Potwierdza, że mnich uwiódł Adelmusa, przyrzekając mu w zamian odkrycie jakiegoś sekretu związanego z biblioteką. Po południu bohaterowie odwiedzają opata. Abbon prosi Wilhelma o rozwiązanie kwestii morderstwa przed przybyciem do opactwa papieskiej legacji.
Jeszcze tego wieczoru bohaterowie dowiadują się o nowym sposobie wejścia do biblioteki. Staruszek Alinard opowiada o drzwiach uruchamianych przez naciśnięcie jednej z czaszek umieszczonych w bocznym ołtarzu. Nocą Wilhelm i Adso odnajdują tajne przejście i wchodzą do skryptorium. Wilhelm bada prace Wenancjusza i odkrywa, że jedna z kart zawiera ukryte znaki (pojawiające się pod wpływem ciepła). Bohaterowie są jednak śledzeni. Nieudana pogoń za intruzem kończy się zabraniem przez złodzieja cennej księgi, nad którą pracował Wenancjusz i zgubieniem okularów przez Wilhelma. Udaje mu się jednak zabrać kartę z tajemnymi znakami. Wraz z Adsem ponownie wchodzi do biblioteki, która ma kształt labiryntu. Bohaterowie odkrywają kolejne sztuczki mające na celu przepędzenie ciekawskich gości – zwierciadła i kadzidła z ziołami halucynogennymi. Po długim błądzeniu po pokojach gmachu udaje im się wydostać.
Dzień trzeci
Opat, poruszony nieobecnością Berengara na nabożeństwie jutrzni, prosi mnichów o poszukiwania zaginionego. Jeden z braci odnajduje w celi mnicha zakrwawione płótno. Tymczasem Adso samotnie zwiedza skryptorium, potem wchodzi do kuchni, gdzie spotyka Salwatora. Mnich opowiada mu o swoim trudnym życiu, przeszłości, łączącej żebractwo i włóczęgę po całym kraju w towarzystwie różnych grup wędrownych (w tym uznawanych za heretyckie). Rozmowa urywa się, gdy nowicjusz pyta o zasłyszane wcześniej nazwisko brata Dulcyna.
Sfrustrowany Adso dołącza do Wilhelma, starającego się wraz z Mikołajem stworzyć parę okularów z dwóch grubych soczewek. Wilhelm przyznaje, że udało mu się odszyfrować tekst Wenancjusza, ale nie zna sensu odczytanych sentencji. Wieczorem Adso rysuje plan biblioteki, opierając się na dedukcji Wilhelma. Obaj postanawiają przygotować się dobrze na kolejną wizytę w labiryncie. Po rozmowie Adso udaje się do Hubertyna. Ten zaspokaja jego ciekawość, opowiadając historię heretyka Dulcyna i jego sekty. Wzburzony nowicjusz powraca do biblioteki. Czytanie historii Dulcyna i ostatnie wydarzenia w opactwie powodują jego przerażenie. Chłopiec schodzi do kuchni, gdzie spotyka ukrywającą się młodą wieśniaczkę. Piękna dziewczyna uwodzi go i ucieka, pozostawiając dziwny pakunek.
Rankiem nagi Adso budzi się na podłodze kuchni i odkrywa, że w zawiniątku znajduje się ogromne zwierzęce serce. Znaleziony przez Wilhelma wybucha płaczem i przyznaje się do grzechu. Ten pociesza go i zabiera do kościoła, gdzie spotykają Alinarda. Starzec przyrównuje ostatnie morderstwa do siedmiu apokaliptycznych plag. Wilhelm, poruszony wskazówką, udaje się do łaźni, gdzie znajduje ciało utopionego Berengara.
Dzień czwarty
Mnisi są wstrząśnięci kolejnym morderstwem. Podczas oględzin zwłok Wilhelm i Seweryn dostrzegają, że dwa palce prawej dłoni i język zmarłego są czarne. Kolor nasuwa skojarzenia z jakąś silną trucizną. Seweryn przypomina sobie o zabójczym specyfiku, który jakiś czas temu zaginął (podczas huraganu, który spustoszył opactwo). Wilhelm postanawia tym razem przepytać Salwatora i Remigiusza. Pierwszy – pod wpływem groźby – przyznaje, że sprowadzał klucznikowi do kuchni wiejskie kobiety oraz że razem z Remigiuszem uciekł z sekty brata Dulcyna i schronił się w opactwie z obawy przed inkwizycją. Remigiusz indagowany w podobny sposób, pośrednio potwierdza słowa Salwatora, prosząc o dyskrecję. Naprowadza Wilhelma na nowy trop, każąc mu śledzić Bencjusza.
Tymczasem Seweryn odnajduje okulary Wilhelma, ukryte w szacie utopionego Berengara. Kolejną, nową parę przynosi szklarz Mikołaj. Uradowany Wilhelm odczytuje fragment tekstu tłumaczonego przez Wenancjusza, ale nadal nie potrafi odgadnąć, z jakiej księgi pochodzi ten wypis. Do opactwa przybywa legacja braci mniejszych, którym przewodzi Michał z Cesny. Wkrótce pojawiają się też przedstawiciele papieża Jana XXIII z inkwizytorem Bernardem Gui na czele. Dominikanin jest znany z okrutnego postępowania wobec heretyków i jeszcze tego samego dnia rozpoczyna samotne zwiedzanie opactwa.
Po kolacji Adso przypadkiem spotyka Salwatora, który zdradza mu sposób na uzyskanie miłości dowolnej kobiety za pomocą czarnej magii. Oburzony mnich odchodzi, a Salwator umyka, chowając zawiniątko z czarnym kotem. W nocy w czasie kolejnej wizyty bohaterów w labiryncie biblioteki Wilhelm odkrywa, że układ pomieszczeń z księgami odpowiada różnym krainom świata. Adso nanosi na swój szkic biblioteki poprawki ułatwiające orientację w labiryncie. Po wyjściu z gmachu okazuje się, że Bernard z Gui przyłapał Salwatora na spotkaniu z młodą dziewczyną. Pakunek mnicha, zawierający nóż i żywego jeszcze czarnego kota nasunął inkwizytorowi przypuszczenie, że oboje parają się czarną magią. Salwatora zaprowadzono do celi tortur, a dziewczynę – ku rozpaczy Adsa – uznano za wiedźmę i uwięziono.
Dzień piąty
Następnego dnia odbywa się wspólna dysputa obu delegacji nad kwestia ubóstwa Chrystusa. Posiedzenie zostaje otwarte przez opata Abbona, przypominającego dzieje powstania tej tezy wśród braci mniejszych. Rozpoczyna się dyskusja. Hubertyn, przedstawiciel minorytów, stara się obronić postawioną tezę, ale szybko zostaje zaatakowany przez dominikanów. Żadna z grup nie potrafi poskromić emocji, a utarczki słowne przeradzają się w bójkę.
W międzyczasie Seweryn prosi Wilhelma o pilne przybycie do szpitala i zapoznanie się z dziwną księgą, znalezioną przy zmarłym Berengarze. Ten zgadza się, jednak wcześniej zabiera głos w dyskusji, opowiadając się za ubóstwem Chrystusa. Rozmowę przerywa opat, który właśnie otrzymał informację o kolejnej zbrodni. Tym razem ginie Seweryn, uderzony w głowę ciężkim globusem. Na miejscu zbrodni mnisi zastają klucznika. Remigiusz zostaje aresztowany. Wilhelm i Adso przeczesują szpital w poszukiwaniu tajemniczej księgi, niestety okazuje się, że ktoś ich ubiegł.
Tego samego dnia Remigiusz staje przed sądem inkwizycyjnym. Bernard z Gui oskarża go o morderstwo i przynależność do sekty brata Dulcyna. Klucznik zaprzecza, ale rezygnuje z obrony po oświadczeniu Malachiasza, który przyznaje, że Remigiusz oddał w jego ręce listy Dulcyna. Ostatnie oskarżenie przesądziło o winie mnicha. Oszalały Remigiusz pod groźbą tortur przyznaje się nawet do kontaktów z diabłem. Jest to jednoznaczne ze spaleniem na stosie, co oznacza jednocześnie fiasko rozmów legacji. Po procesie Bencjusz przyznaje się Wilhelmowi do kradzieży księgi – ukrył ją w swojej celi. Wieczorem opactwo opuszcza Hubertyn, przekonany o tym, że będzie ścigany przez Bernarda.
Dzień szósty
Podczas nabożeństwa jutrzni zgromadzeni zauważają, że brak Malachiasza. Ten pojawia się spóźniony i w czasie śpiewu upada na ziemię. Umiera. Palce jego dłoni noszą ślady czarnej substancji. Opat mianuje Mikołaja nowym klucznikiem, a Bencjusz otrzymuje posadę nowego bibliotekarza. Krąg podejrzanych zacieśnia się. Wilhelm jest pewien tego, że kluczem do morderstw jest tajemnicza księga poszukiwana przez każdego ze zmarłych mnichów. Rankiem opactwo opuszczają obie legacje. Bernard Gui zabiera ze sobą trójkę skazańców: Remigiusza, Salwatora i dziewczynę. Adso rozpacza nad losem młodej wieśniaczki, podczas medytacji w kościele ma dziwny sen o karnawałowej zabawie, na której pojawiają się rozmaite postaci biblijne. Po ocknięciu się opowiada o swojej wizji Wilhelmowi.
Mężczyźni spędzają długie godziny w bibliotece, sprawdzając katalog ksiąg i rejestr tych, którzy pełnili funkcję bibliotekarza. Wieczorem opat prosi Wilhelma o zaprzestanie śledztwa. Nie ukrywa rozczarowania, sugeruje szybki wyjazd i prosi o zachowanie tajemnicy. Po zakończeniu rozmowy bohaterowie śledzą opata, który udaje się do gmachu, by zamknąć bibliotekę. Wilhelm czyta odszyfrowany skrypt i odkrywa, że mówi on o tajemnym przejściu przez zwierciadło umieszczone w jednej z sal biblioteki.
Tymczasem opat zostaje uwięziony w jednym z przejść przez osobę przebywającą w gmachu. Wilhelm i Adso dostają się do pomieszczenia ze zwierciadłem, na którym widnieje ogromny napis. Nacisk na wybrane litery hasła uruchamia mechanizm i odkrywa kolejne przejście.
Dzień siódmy
W ukrytej sali bohaterowie natrafiają na brata Jorge. Wilhelm zarzuca mu umyślne zabójstwo opata i pozostałych mnichów. Starzec nie zaprzecza, zasłaniając się koniecznością ukrycia heretyckiej księgi. Manuskrypt, który kosztował życie tylu ciekawskich mnichów, to drugi tom „Poetyki” Arystotelesa. Jorge zaprasza Wilhelma do lektury księgi. Ten przegląda ją, ubierając przygotowane wcześniej rękawice. Jorge przyznaje, że nasączył stronice księgi trucizną. Nieświadomy czytelnik wchłaniał ją śliniąc palce, by przewrócić stronę. Tak zginęła większość mnichów. Starzec wyjawia swoją nienawiść do dzieła podkreślającego rolę śmiechu. Wyznaje, że śmiech tłumi strach, a tylko ten utrzymuje „prostaczków” w Bożej bojaźni. Oburzony Wilhelm nazywa mordercę diabłem. Ten wyrywa stronice zatrutej księgi i zjada je. Starcowi udaje się zagasić kaganek oliwny i uciec. Przyłapany w jednym z pokoi, przewraca lampę niesioną przez Adsa i podpala woluminy. Wilhelm stara się ugasić pożar, ale skrypty błyskawicznie zajmują się ogniem. Adso i jego mistrz zostają zmuszeni do ucieczki przed zabójczym żywiołem. Zaalarmowani mnisi daremnie próbują gasić pożar. Biblioteka płonie, ogień przenosi się na kolejne budynki opactwa. Bohaterowie bezradnie patrzą na zniszczenie „największej biblioteki świata chrześcijańskiego”.
Ostatnia karta
Pożar opactwa trwa trzy kolejne dni. Wilhelm i Adso pospiesznie opuszczają opactwo i udają się w powrotną podróż. Rozstanie następuje w Monachium, a młody Adso powraca do Melku. Po latach dowiaduje się o śmierci Wilhelma. Franciszkanin miał umrzeć podczas wielkiej zarazy pustoszącej Europę. Po wielu latach Adso udaje się w ponowną podróż po Italii. Powraca na miejsce, gdzie stało niegdyś opactwo. Wśród ruin odnajduje strzępy manuskryptów i zabiera je ze sobą. Młody mnich kończy swoją opowieść smutnym stwierdzeniem o braku wiary w sens istnienia świata. Pragnie ukojenia po śmierci. Ostatnie słowa opowieści to łacińska sentencja: „Stat rosa pristina nomine, nomina nuda tenemus” (łac. „Dawna róża trwa w nazwie, nazwy jedynie mamy”).