„Imię róży” to wciągająca wielowątkowa powieść. Czytelnik zwraca w pierwszej kolejności uwagę na wątek kryminalny, choć ten stanowi jedynie pretekst do głębszych rozważań nad kulturą, filozofią i teologią średniowiecza. Kolejne zgony mnichów wyznaczają pewien „rytm” fabuły utworu. Jedno morderstwo pociąga kolejne, wskazując parze głównych bohaterów kierunek dalszych poszukiwań.
Śledztwo Wilhelma toczy się według sprawdzonych schematów powieści detektywistycznych: badanie poszlak, domysły, przesłuchania kolejnych postaci, rozszyfrowywanie pomniejszych zagadek zakończone zaskakującym finałem – powieść Eco zawiera wszystkie te elementy. Nowatorstwo „Imienia róży” polega na osadzeniu akcji w czasach średniowiecza i szczegółowym oddaniu ówczesnych realiów.
Umberto Eco – znany wielbiciel „wieków średnich” – wykazał się w swojej powieści dogłębną znajomością historii, obyczajów i filozofii średniowiecza. Opisywane opactwo zostało ukazane niezwykle szczegółowo (imiona bohaterów, spisy ksiąg, rozkład dnia, opis procesu Remigiusza itd.). Uwagę zwraca język postaci, doskonale oddający wiedzę danego bohatera, jego status społeczny, doświadczenie bądź charakter (tu: słownictwo Salwatora lub Hubertyna z Casale).
„Imię róży” to ciekawe studium historyczno-kulturowe. Dysputy bohaterów wprowadzają czytelnika w świat średniowiecznej teologii, historii rozmaitych sekt i zgromadzeń duchownych. Ogromna ilość historycznych szczegółów (dzieje sporów papiesko-cesarskich) i realizm opisywanych miejsc stanowi barwne tło opowieści.
Ważnym elementem utworu są wątki mistyczne: powtarzający się motyw apokalipsy (kolejne zbrodnie przypominają apokaliptyczne plagi), dysputy pomiędzy zakonnikami, rozważania Wilhelma i Adsa na temat ładu otaczającego ich świata itp.
Jeden z ważniejszych wątków powieści dotyczy teologicznego sporu pomiędzy legacją papieską i minorytami na temat ubóstwa Chrystusa. Kolejny problem z pogranicza filozofii, teologii i literatury to kwestia śmiechu, tak tępionego przez starca Jorge. Wśród wielu dyskusji przewija się też wątek wiedzy, która – według Wilhelma – jest metodą odkrywania tajemnic Boskiego świata. W finale powieści para głównych bohaterów podejmuje rozmowę na temat poruszanej wcześniej kwestii Boskiego ładu. Odkrycie gorszących tajemnic mnichów, fiasko misji i obserwacja płonącej biblioteki podają w wątpliwość porządek otaczającego świata. Na oczach bohaterów zwycięża chaos i nienawiść, co jednak nie przeszkadza Wilhelmowi nadal wierzyć w wartość prawdy:
(…) Jorge lękał się drugiej księgi Arystotelesa, gdyż być może naprawdę nauczała ona zniekształcania oblicza wszelkiej prawdy, byśmy się nie stawali ofiarami naszych własnych urojeń. Być może zadaniem tego, kto miłuje ludzi, jest wzbudzenie śmiechu z prawdy, w z b u d z a n i e ś m i e c h u p r a w d y, gdyż jedyną prawdą jest zdobyć wiedzę, jak wyzwalać się z niezdrowej namiętności do prawdy (…).
Tymi słowami mistrz pociesza zrozpaczonego nowicjusza.
Czy dążenie do prawdy jest metodą walki z chaosem i zwątpieniem? Sam Adso, kończąc swą opowieść, wyraża zwątpienie w sens własnego życia i opisanej historii. Ostatnie słowa utworu oddają zagadkowość i niemożność uchwycenia istoty opisywanego świata: „Stat rosa pristina nomine, nomina nuda tenemus” (łac. „Dawna róża trwa w nazwie, nazwy jedynie mamy”).