Karol Bovary nie był lubiany w szkole, do której uczęszczał. Po kilku latach rozpoczął naukę w szkole medycznej. Po jej ukończeniu poślubił Heloizę Dubuc, bogatą wdowę. Małżeństwo zostało zaaranżowane przez matkę Karola, która pragnęła dla niego stabilizacji. Młody lekarz wyjechał z żoną do Tostes, by tam zacząć swoją pierwszą pracę.
Pewnego wieczoru otrzymał wezwanie do wypadku. Na miejscu poznał córkę swojego pacjenta, Emmę Rouault, która oszołomiła go swoją urodą. Od tej pory nieustannie myślał o Emmie, co nie umknęło uwadze jego żony. Ostatecznie – wskutek życia w ciągłym napięciu i odkrycia przez Karola jej tajemnicy o zaciągniętym kredycie hipotecznym, Heloiza umarła. Niedługo potem Karol oświadczył się Emmie. Jego oświadczyny zostały przyjęte.
Emma do tej pory rozczytywała się w romansach, mając nadzieję, że historie opisywane w książkach znajdą odzwierciedlenie w jej życiu. Niestety po ślubie szybko się rozczarowała, gdyż Tostes i jej mąż nie odznaczali się niczym poza przeciętnością – nie mogli sprostać wymaganiom wyobraźni Emmy.
Pewnego razu, w podziękowaniu za wyleczenie, małżonkowie zostali zaproszeni na bal przez markiza d’Andervilliers. Emma, obserwując zgromadzonych tam arystokratów, doszła do wniosku, że jej miejsce jest między nimi. Do tego stopnia wmówiła sobie, że została stworzona do życia pośród wyższych sfer, że popadła w stan podobny do depresji, z którego wyciągnął ją mąż, zmieniając miejsce zamieszkania.
Po przyjeździe do Yonville Emma urodziła dziecko, jednak zamiast radości z macierzyństwa, przeżyła kolejne rozczarowanie, ponieważ spodziewała się chłopca, tymczasem na świat przyszła dziewczynka. Nie umiejąc zaakceptować dziecka,i uciekając od matczynych obowiązków, oddała córkę na wychowanie do mamki, gdzie przyszło jej żyć w trudnych warunkach. Emma szybko odkryła, że życie w Yonville jest równie nudne jak to w Tostes.
Pozytywną odmianą dla codziennej monotonii była znajomość Emmy z urzędnikiem Leonem Dupuisem. Ich przyjaźń nie przerodziła się jednak w romans, ponadto Leon wyjechał do Paryża. Załamana Emma wydawała pieniądze męża, by luksusami poprawić sobie samopoczucie. Poznała arystokratę Rudolfa Boulangera, gdy ten zjawił się u jej męża i szybko wdała się z nim w romans. Potajemne spotkania kochanków odbywały się niemal każdego ranka. Jednak gdy Rudolf zorientował się, że zawładnął sercem Emmy, stracił nią zainteresowanie. Zauważywszy to, kobieta zwróciła się ku swojemu mężowi. Aby odnaleźć utracony już dawno zachwyt mężem i podziw dla niego, namówiła Karola na przeprowadzenie eksperymentalnej operacji nogi stajennego. Niestety zabieg nie tylko nie udał się, ale w jego wyniku konieczna była amputacja nogi pacjenta. Wobec takiego biegu zdarzeń Emma zupełnie straciła zainteresowanie mężem, w dodatku – jeszcze bardziej zaczęła nim gardzić.
Załamana chciała uciec z Rudolfem, jednak ten odcinając się od wszelkich zobowiązań, zostawił jej list, w którym wyraził wolę zakończenia romansu. Widząc iż została sama, Emma popada w depresję, przez wiele dni nie opuszcza łóżka, aż do momentu, gdy przejęty jej stanem Karol zabiera ją na przedstawienie do opery. Ironią losu kobieta spotyka tam Leona, swoja dawną wielką miłość. Noc, którą spędza w Rouen z Leonem, po tym jak Karol wrócił do Yonville, by pełnić swoje obowiązki, staje się początkiem kolejnej gry niewiernej żony. Pod pretekstem chęci pobierania w Rouen lekcji gry na fortepianie, które kompletnie zrujnowały nadszarpnięty przez zachcianki Emmy domowy budżet, regularnie spotykała się z kochankiem.
W międzyczasie rósł dług zaciągnięty przez nią u Pana L'heureux, który wreszcie zagroził zastawieniem majątku męża Emmy. Kobieta, w panice przed wykryciem przez męża jej tajemnicy, zaciąga nowe długi. O pomoc prosi nawet Rudolfa, niestety nikt nie odpowiada pozytywnie na jej prośby. Po wizycie w Yonivlle matki Karola, która urządza Emmie awanturę o to, że kobieta jest powodem problemów finansowych jej syna oraz po kolejnych nieudanych próbach zdobycia pieniędzy, przerażona swoim położeniem Emma popełnia samobójstwo poprzez zażycie arszeniku.
Karol jest załamany śmiercią ukochanej żony, której był całkowicie oddany, pogrąża się w żałobie. Pewnego dnia odnajduje jednak korespondencję Emmy i jej kochanków. Zszokowany odkryciem zdrad Emmy, która była dla niego wszystkim, umiera na zawał serca.