Tytułowy tajemniczy ogród wchodzi w skład posiadłości pana Cravena. Przez wiele lat pozostawał zamknięty – otoczony wysokim murem, który porastały bluszcze, niedostępny nawet dla ludzkich spojrzeń. Klucz do furtki gdzieś zapodziano.
Tajemniczość ogrodu wiąże się przede wszystkim z jego legendą. Był to ulubiony ogród pani Craven, jednak po jej tragicznej śmierci, mąż kazał go zamknąć i nikomu nie pozwolił do niego wchodzić. Ta aura tajemniczości pociąga Mary, która bardzo chce zajrzeć do środka.
Ogród był królestwem róż, to one dominowały wśród posadzonych tam kwiatów. Kiedy Mary zajrzała do ogrodu po raz pierwszy, wszystko zdawało się szare, ziemia porośnięta była rudawą trawą, a niepielęgnowane od dziesięciu lat drzewa tworzyły jednolity gąszcz. Mur pokrywały gęste i splątane pędy róż, pozbawione kwiatów i liści. Róże chwytały się też drzew, oplatając je swoimi bezlistnymi pędami. Wiele z nich bardziej przypominało drzewa niż krzewy kwiatowe.
Dzieci z pomocą Bena przywróciły ogrodowi świetność, usunęły chwasty i przycięły krzewy tak, aby na wiosnę róże znów kwitły bogactwem kolorów. Z nastaniem wiosny miejsce to napełniło się życiem, pięknem i radością. Okazało się, że róże nie tylko nie przemarzły, ale obrodziły licznymi kwiatami. Na grządkach wykiełkowały żółte narcyzy, fioletowe krokusy, czerwone tulipany, irysy, pierwiosnki i dzwoneczki. Na biało zakwitły jabłonie i wiśnie. Z mrocznego miejsca ogród przeistoczył się w uroczy zakątek, bajkowy i magiczny. Powietrze w ogrodzie przesiąknięte było słodką wonią kwiatów, słońce przedzierało się przez gałęzie drzew i opierało na wielobarwnych rabatach.
Pośród zieleni stały kamienne ławki. Znajdowały się tam również altany, z których w spokoju można było podziwiać piękno ogrodu.