„Tajemniczy ogród” to opowieść o dzieciństwie, dojrzewaniu, poszukiwaniu swojej tożsamości i pragnieniu posiadania „własnego miejsca” na ziemi. Kluczowym wątkiem utworu jest pozytywna metamorfoza głównej dziecięcej bohaterki.
Mary Lennox, wychowana w egzotycznych Indiach, jest dzieckiem zaniedbanym i odsuniętym od własnych rodziców (co nie znaczy dzieckiem pozbawionym wygód). Utrata najbliższych i przyjazd do Anglii to pierwszy faktyczny kontakt dziecka z rzeczywistością. Dziewczynka budzi niechęć otoczenia swoim wyglądem, krnąbrnym usposobieniem i egoizmem.
Pobyt w posiadłości tajemniczego krewnego to moment „przebudzenia” się prawdziwej – głęboko ukrytej – osobowości dziecka. Mary to tak naprawdę istota radosna, ufna i ciekawa świata, a przy tym przyjazna wszelkim żywym stworzeniom. Otoczona sprzyjającymi jej ludźmi (Marta, Dick, ogrodnik, później Colin) „rozkwita” wewnętrznie i zaczyna się rozwijać. Równolegle metamorfozę (fizyczną i duchową) przechodzi mały Colin. Schorowany chłopiec pod wpływem impulsu (pojawienie się Mary, odkrywanie tajemnic ogrodu) nabiera ochoty do życia, porzucając dotychczasowe lęki i kaprysy. Uleczenie ducha przekłada się stopniowo na zdrowie fizyczne i mały „radża” może wreszcie stanąć na własne nogi.
Tytułowa „Tajemniczy Ogród” to miejsce realne, odkrywane stopniowo przez dzieci – azyl o właściwościach uzdrawiających duszę i ciało, nasuwający oczywiste skojarzenia z biblijnym Edenem. Ogród to także metafora życia wewnętrznego. Klucz, furtka, odkrywanie i pielęgnowanie ogrodu to symboliczne odkrywanie samego siebie. Bohaterowie stopniowo odsuwają na dalszy plan to, co ich boli, wydobywają na światło dzienne dobro, serdeczność i zwykłą radość.
Cały ten proces odbywa się zgodnie z prostym finałowym przesłaniem przekazanym czytelnikom przez narratorkę: „Gdy róże chłopcze posiejesz, nie mogą zakwitnąć osty”.