„Tajemniczy ogród” to opowieść o dzieciństwie, dojrzewaniu, poszukiwaniu swojej tożsamości i pragnieniu posiadania „własnego miejsca” na ziemi. Kluczowym wątkiem utworu jest pozytywna metamorfoza głównej dziecięcej bohaterki.
Mary Lennox, wychowana w egzotycznych Indiach, jest dzieckiem zaniedbanym i odsuniętym od własnych rodziców (co nie znaczy dzieckiem pozbawionym wygód). Utrata najbliższych i przyjazd do Anglii to pierwszy faktyczny kontakt dziecka z rzeczywistością. Dziewczynka budzi niechęć otoczenia swoim wyglądem, krnąbrnym usposobieniem i egoizmem.
Pobyt w posiadłości tajemniczego krewnego to moment „przebudzenia” się prawdziwej – głęboko ukrytej – osobowości dziecka. Mary to tak naprawdę istota radosna, ufna i ciekawa świata, a przy tym przyjazna wszelkim żywym stworzeniom. Otoczona sprzyjającymi jej ludźmi (Marta, Dick, ogrodnik, później Colin) „rozkwita” wewnętrznie i zaczyna się rozwijać. Równolegle metamorfozę (fizyczną i duchową) przechodzi mały Colin. Schorowany chłopiec pod wpływem impulsu (pojawienie się Mary, odkrywanie tajemnic ogrodu) nabiera ochoty do życia, porzucając dotychczasowe lęki i kaprysy. Uleczenie ducha przekłada się stopniowo na zdrowie fizyczne