Organami Unii Afrykańskiej są:
1. Zgromadzenie – spotkania szefów państw członkowskich lub ich przedstawicieli – podczas Zgromadzenia uczestnicy wybierają przewodniczącego Unii Afrykańskiej, który przez rok pełni role kierownicze. Do spotkań Zgromadzenia dochodzi raz w roku – decyzje podejmowane są na zasadzie konsensusu lub większością 2/3.
2. Rada Wykonawcza
3. Parlament Panafrykański – składa się on z 265 deputowanych wybieranych z wszystkich krajów członkowskich, stanowi on organ legislacyjny Unii.
4. Rada ds. Pokoju i Bezpieczeństwa – w jej skład wchodzą wybieralni przedstawiciele 15 państw członkowskich – działa ona stale, co umożliwia jej szybką reakcję na różnego rodzaju sytuacje kryzysowe. Podstawowym zadaniem Rady jest stabilizacja sytuacji w Afryce, promowanie pokoju, prowadzenie misji pokojowych, pomoc w pokojowym rozwiązywaniu konfliktów.
5. Rada Ekonomiczna, Społeczna i Kulturalna
Oprócz powyższych organów, wspomnieć można również o Komitecie Stałych Przedstawicieli, Komitetach Technicznych, instytucjach finansowych.