Do najważniejszych celów Unii Afrykańskiej należą:
– promowanie ochrony praw człowieka,
– dążenie do integracji ekonomicznej poszczególnych państw,
– dążenie do wzrostu znaczenia i zwiększenia roli kontynentu afrykańskiego na arenie międzynarodowej,
– koordynowanie wzajemnych polityk członków Unii, szczególnie w kwestiach gospodarczych,
– promowanie zdrowia i podejmowanie działań związanych ze zwalczaniem chorób,
– ogólne promowanie współpracy z korzyścią dla całych narodów i poszczególnych ludzi,
– promowanie bezpieczeństwa i relacji pokojowych w obrębie Afryki,
– działania związane z obroną suwerenności i niepodległości członków,
– promowanie stanowisk/interesów afrykańskich na arenie międzynarodowej,
– promocja instytucji demokratycznych,
– działania mające na celu zainteresowanie kontynentem inwestorów zagranicznych.
Od momentu powstania Unia Afrykańska podejmuje liczne inicjatywy na rzecz realizacji założonych celów. Służą ku temu specjalnie powołane organy, a także dokument – Nowe Partnerstwo na Rzecz Rozwoju Afryki, który został przyjęty przez organizację w 2001 r. Poza tym organizacja angażuje się w np. w misje pokojowe, m.in. w Burundi i Somalii.