Kardynał Joseph Ratzinger został wybrany na papieża 19 kwietnia 2005 roku. Przyjął imię Benedykt XVI (łac. benedictus – błogosławiony). Jego pontyfikat trwał niespełna osiem lat. Dnia 11 lutego 2013 r. Ojciec Święty ogłosił, że ustępuje z zajmowanego przez siebie urzędu biskupa Rzymu. Swoją rezygnację argumentował słowami: „Rozważywszy po wielokroć rzecz w sumieniu przed Bogiem, zyskałem pewność, że z powodu podeszłego wieku moje siły nie są już wystarczające, aby w sposób należyty sprawować posługę Piotrową”. Warto nadmienić, że kard. Ratzinger był najstarszą osobą wybraną na papieża od czasów Klemensa XII (1652-1740) – w chwili wyboru miał 78 lat. Jego abdykacja, która miała oficjalnie miejsce 28 lutego 2013 r., była pierwszą abdykacją biskupa Rzymu od siedmiu wieków (wcześniej z urzędu papieskiego zrezygnował Celestyn V pod koniec XIII w.).
Benedykt XVI odbył w czasie swojego pontyfikatu 24 podróże zagraniczne i 33 na terenie Włoch. Trzykrotnie odwiedzał Hiszpanię i Niemcy. Swoją drugą wizytę zagraniczną złożył w Polsce w 2006 r. Udał się wówczas do Warszawy, Krakowa, Wadowic, Oświęcimia, Kalwarii Zebrzydowskiej i Częstochowy. Szczególnie znaczenie, biorąc pod uwagę niemieckiego pochodzenie Benedykta XVI, miała jego wizyta na terenie byłego niemieckiego obozu koncentracyjnego Auschwitz-Birkenau. Spotkał się tam z 32 byłymi więźniami obozu. Każdemu z osobna uścisnął dłoń i z każdym przez chwilę rozmawiał, okazując wielką serdeczność i serce.
Papież Benedykt XVI dużą uwagę poświęcił ekumenizmowi. W 2006 r. w czasie podróży do Turcji podpisał wraz z patriarchą Bartłomiejem I wspólną deklarację na temat kontynuacji dialogu katolicko-prawosławnego. Nie zapominał o potrzebie dialogu międzyreligijnego. W 2011 r. zwołał Synod Biskupów dla Bliskiego Wschodu, w którym uczestniczyli nie tylko katolicy, ale również delegaci innych wyznań chrześcijańskich oraz przedstawiciele judaizmu i islamu. Jednym z tematów poruszonych przez zgromadzenie był problem Jerozolimy jako miasta świętego wyznawców trzech religii monoteistycznych.
Dnia 27 października 2011 r. odbył się w Asyżu z inicjatywy Benedykta XVI „Dzień Refleksji, Dialogu i Modlitwy o Pokój i Sprawiedliwość na Świecie”. Na zaproszenie papieża przybyło kilkuset delegatów z ponad trzydziestu Kościołów chrześcijańskich i przedstawiciele innych religii świata. Zgromadzenie wspólnie ustaliło i przyjęło 12 zobowiązań dotyczących podejmowania działań na rzecz pokoju.
Benedykt XVI przerwał milczenie w sprawie pedofilii w Kościele. W latach 2011-2012 wymierzył karę suspensy prawie 400 księżom za molestowanie dzieci. Wielokrotnie sam spotykał się z ofiarami. W 2010 r. napisał również list do Kościoła w Irlandii, w którym potępił wszelkie nadużycia seksualne wobec dzieci i młodzieży, jakich dopuszczali się tamtejsi duchowni katoliccy.
Benedykt XVI ogłosił trzy encykliki: „Deus caritas est”, „Spe salvi”, „Caritas in veritate”. W czasie swojego pontyfikatu opublikował również trylogię „Jezus z Nazaretu”, która stała się światowym bestsellerem. Nie jest ona dokumentem Urzędu Nauczycielskiego Kościoła, ale osobistym dziełem papieża, który uznawany jest najwybitniejszych teologów czasów współczesnych.
Benedykt XVI osobiście przewodniczył obrzędom beatyfikacji Jana Pawła II, które miały miejsce 1 maja 2011 r. w Watykanie. Było to wydarzenie bez precedensu w historii Kościoła katolickiego – po raz pierwszy bezpośredni następca papieża beatyfikował swojego poprzednika.
Benedykt XVI ogłosił kilka ważnych dla Kościoła inicjatyw duszpasterskich: Rok św. Pawła (28.06.2008- 29.06.2009 r.), Rok Kapłański (19.06.2009-11.06.2010 r.) oraz Rok Wiary (11.10.2012-24.11.2013 r.).
Do kontrowersyjnych wydarzeń pontyfikatu Benedykta XVI należało zdjęcie w 2009 r. ekskomuniki z czterech biskupów Bractwa św. Piusa X (lefebrystów), konsekrowanych w 1988 r. bez zgody Stolicy Apostolskiej przez abp Marcela Lefebvre’a. Decyzja papieża spotkała się nie tylko ze sprzeciwem części duchownych Kościoła katolickiego, ale również z oburzeniem Żydów – jednym z owych biskupów był Richarda Williamson, który zaprzeczał zbrodniom Holokaustu, twierdząc m.in. iż w obozach koncentracyjnych nie było komór gazowych.
Papież po ustąpieniu nie nosi tytułu kardynała (przestał nim być w chwili wyboru na papieża) i nie może z powodu ukończenia 80 roku życia zajmować stanowisk w Kurii Rzymskiej. Przysługuje mu tytuł Emerytowanego Biskupa Rzymu. Jego następcą został wybrany 13 marca 2013 kardynał Jorge Mario Bergoglio, który przyjął imię Franciszek.
Benedykt XVI mieszka obecnie w dawnym klasztorze klauzurowym na terenie Ogrodów Watykańskich i pozostaje „ukryty dla świata” .