W Wyznaniach św. Augustyna daje się wyodrębnić dwie zasadnicze części, w których opisał dwa różne tematy. Są to boże interwencje (ujęte w księgach I-IX) oraz działanie Słowa Bożego w życiu samego autora (księgi XI-XIII). W księdze X zaś odnajdziemy wiele ustępów autobiograficznych Augustyna, więc można ją traktować jako swego rodzaju dodatek.
Księgi I-IX
Tematem pierwszych dziewięciu części jest poszukiwanie prawdy pod opieką i przewodnictwem Opatrzności oraz historia wpływu Boga na życie autora, który przygotowywał się do bożej służby. Na samym początku autor podkreśla, że dążenie do Boga leży w ludzkiej naturze, a człowiek może osiągnąć szczęście jedynie przez pełne zespolenie z Nim. On jest najważniejszą przyczyną dobra i istnienia wszystkiego co żyje na świecie.
Św. Augustyn opowiada historię swojego życia po to, by służyło jako wzór nawrócenia wszystkich tych, którzy tego potrzebują. W opisach różnych codziennych sytuacji widzimy liczne interwencje Boga prowadzące do przemiany życia Augustyna: wszystkie z Twojej strony zachęty, wszystkie groźby i pociechy, i wskazówki miały powodować, że pisarz stawał się lepszym, bardziej świadomym człowiekiem. Augustyn był przekonany, że jeśli człowiek wyzbędzie się balastu dóbr materialnych, zobaczy prawdziwe oblicze Boga.
Księgi XI-XIII
W tych księgach Augustyn wykłada swoją interpretację Słowa Bożego i jak to Słowo kieruje jego życiem. Komentarz ten możemy odczytywać jako nawiązanie do treści Księgi Rodzaju – jej treść jest punktem wyjścia do jego autobiograficznych rozważań.
Dla świętego, już samo istnienie podziału na niebo i ziemię jest dowodem na to, że zostały one stworzone przez Boga i jest to proces creatio ex nihilo (stworzone z niczego). Zostały one ukształtowane mocą Bożego Słowa, a ono jest początkiem wszystkiego i nosi znamiona wieczności. Istnieje poza czasem. Te refleksje prowadzą go do rozważań nad istotą samego czasu i jego upływu:
Czymże więc jest czas? Jeśli nikt mnie o to nie pyta, wiem. Jeśli pytającemu usiłuję wytłumaczyć, nie wiem.
Pomimo jego nieuchwytności człowiek jest zdolny do mierzenia czasu, ale temu zabiegowi podlega tylko to co ma miejsce w teraźniejszości, a nie to co przeminęło lub jeszcze nie nadeszło. Augustyn próbuje zdefiniować czas twierdząc, że jest on swego rodzaju rozciągłością.
W księdze XII Augustyn kontynuuje analizę początku Księgi Rodzaju – rozważa podział między niebem a ziemią. Niebo zostało przeznaczone na dom Boga, a ziemia dla człowieka. Niebo jest czystym, nieskalanym rozumem istniejącym poza czasem. Nie ulega żadnej zmienności dzięki stałej obecności Boga.
Księga XIII stanowi rozważania Augustyna o materii cielesnej i duchowej, obie zostały stworzone przez Boga, który uczynił je w pełni swojej Dobroci.
Według filozofa Bóg jest Ojcem i Synem. Zastanawia się dlaczego Duch Boży został określony dopiero po stworzeniu świata. Widać miał on się unosić nad czymś, co już istnieje, jest to nawiązanie do biblijnych słów:
[…] a Duch Boży unosił się nad wodami.
Augustyn rozważa istnienie Trójcy Świętej, a następnie znów powraca do alegorycznej interpretacji opisu stworzenia świata i człowieka. Ten otrzymał od Boga władzę duchowego osądzania i władania wszystkim stworzeniem na ziemi. Bóg pobłogosławił człowieka dając mu płodność i możliwość rozwoju. Dał mu również możliwość samodzielnego odkrywania i interpretowania Jego woli.
Filozof zastanawia się także, dlaczego Bóg tak mocno podkreśla, że to co stworzył jest dobre.