Rozdział I
Karol Wojtyła i Stanisław Starowieyski jadą pociągiem do Rzymu. Wojtyła trafia na artykuł o procesie zbrodniarzy wojennych w Norymberdze. To przywołuje wspomnienia pierwszych lat wojny. Myśli o swoim ojcu i jego śmierci, o zrezygnowaniu z aktorstwa na rzecz nauki w seminarium. Pociąg zatrzymuje się w Norymberdze i przyjaciele idą zobaczyć gmach „tego sądu”.
Rudolf Hoess, oczekując na wykonanie wyroku śmierci w wadowickim więzieniu, poprosił o spowiedź księdza Lohna, którego kiedyś, jako komendant obozu w Auschwitz, uwolnił. Ksiądz miał nadzieję, że hitlerowiec naprawdę żałuje za swoje grzechy. Z zapisków Hoessa poczynionych już w więzieniu wynikało, że jego skrucha i wyrzuty sumienia są autentyczne, tak jak prawdziwa była jego tęsknota za bliskimi, żoną i pięciorgiem dzieci. W ostatnich słowach pisał, by wyciągnąć naukę z doświadczenia, jakim była II wojna. 16 kwietnia 1947 roku wyrok wykonano.
Ksiądz Lohn, który udzielił Hoessowi komunii, ma wątpliwości, czy powinno się udzielić jej zbrodniarzowi, który tego samego odmawiał swoim ofiarom. Wadowicki proboszcz ks. Prochownik spaceruje po mieście i wspomina ludzi, którzy zginęli w czasie wojny.
Wojtyła i Starowieyski docierają do Rzymu. Karol, który spodziewał się antycznego miasta, jakie opisywał Sienkiewicz, jest zaskoczony ruchliwą metropolią. Rzym wydaje mu się obcy.
Przyjaciele udają się do Katakumb św. Kaliksta, gdzie znajduje się m.in. krypta papieży, tzw. Mały Watykan. Zatrzymują się przy grobowcu św. Cecylii, który Wojtyle kojarzy się z grobem św. Jadwigi, a na koniec idą do kościółka Quo vadis. Wieczorem wspominają rodzime katakumby, czyli mieszkanie Karola przy ul. Tynieckiej, gdzie odbywały się próby Teatru Rapsodycznego.
Widząc niemieckiego seminarzystę modlącego się przed ołtarzem św. Stanisława Kostki, Wojtyła zastanawia się, czy rozważa on rolę swoich rodaków w czasie wojny. Po wojnie na światło dzienne wyszły zbrodnie ludobójstwa, o których wielu nie miało pojęcia. Po nabożeństwie rozmawia z flamandzkim księdzem na temat komunizmu. Okazuje się, że Belgowie fascynują się tą ideologią, nie wiedząc, jak wygląda ona w praktyce. Flamand wyraża przekonanie, że hitleryzm i komunizm dotknęły Polaków, ponieważ tylko oni byli zdolni je udźwignąć.
Tym razem przyjaciele udają się do pustelni św. Benedykta, a Starowieyski opowiada anegdotę o tym, jak święty został poproszony o objęcie funkcji opata w pewnym klasztorze.
Karol Wojtyła wspomina Jana Tyranowskiego, krawca, który był człowiekiem wykształconym i głęboko wierzącym. W czasie wojny prowadził swego rodzaju katechezy – dzięki niemu młody Karol zapoznał się z pismami św. Jana od Krzyża.
Nabożeństwo w San Giocanni Rotundo odprawiane przez ojca Pio jest wyjątkowym przeżyciem dla Wojtyły. Miał poczucie, że przemienienie dokonuje się na jego oczach. Po mszy poszedł do spowiedzi.
W Rzymie odwiedza ich kardynał Sapieha, przywozi wiadomości z kraju – wybory zostały sfałszowane, trwają aresztowania, a nawet egzekucje najbardziej aktywnych opozycjonistów. Na polecenie kardynała przyjaciele przyglądają się pracy duszpasterzy w Europie. W Marsylii poznają ojca Jacquesa Loewa.
Rozdział II
Po powrocie z Rzymu Wojtyła trafia na parafię w Niegowici, podkrakowskiej wsi. Tu poświęca się pracy duszpasterza wśród prostych ludzi. Niektórzy z nich pozostali w pamięci Wiojtyły na całe życie, np. Staszek Wyporek, który pomagał mu przepisać pracę doktorską po łacinie.
Potem, kiedy kardynałem jest już Wyszyński, Wojtyła zostaje przeniesiony do Krakowa. Tu cieszy się ogromną popularnością wśród młodzieży akademickiej, która uważa go za swojego duchowego przewodnika. Na prośbę studentów kardynał polecił Wojtyle prowadzenie rekolekcji w Kościele św. Anny. Kazania gromadziły tłumy wiernych, mimo iż studenci byli mocno prześladowani za wiarę.
Rozdział III
Po rozmowie ze studentem, który wyśmiewał religijność starej mleczarki, nazywając ją trucizną i ogłupianiem, Wojtyła coraz lepiej rozumie założenia władz komunistycznych. Studentowi zaś pozostawia na stole Pismo Święte z zaznaczonym „Kazaniem na górze”.
Prześladowania księży nasilają się, władze komunistyczne przez aresztowania chcą zmusić duchownych do porozumienia. W kwietniu 1950 roku kardynał Wyszyński zgodził się na podpisanie porozumienia, co wywołało falę krytyki szczególnie w Rzymie. Rząd z kolei coraz bardziej naciska studentów – ci, którzy związali się z opozycją, są aresztowani i usuwani z uczelni.
Wojtyła organizuje wycieczkę do Zakopanego. Prosi jej uczestników, by nie mówili do niego „proszę księdza”, bo to narażało wszystkich na aresztowanie, wtedy przylgnęło do niego określenie „Wujek”. Po powrocie Wojtyła przenosi się do mieszania przy ul. Kanoniczej. Przywiązani do niego studenci nachodzą go w mieszkaniu, by prowadzić długie rozmowy. Podczas jednej z nich pada wieść, że pracownicy krakowskiej kurii zostali aresztowani pod zarzutem współpracy z amerykańskim wywiadem i nielegalny handel obcymi walutami. Mimo napiętej sytuacji Wojtyła nadal organizował wyjazdy z młodzieżą.
Prymas Wyszyński zostaje aresztowany, ponieważ nie chciał się zgodzić, by to władza mianowała biskupów.
Rozdział IV
Wojtyła organizuje tzw. wyjazdy Rodzinki. Na wieść o mianowaniu Wujka biskupem przez zwolnionego z aresztu Wyszyńskiego studenci wyrażają radość, ale też obawę, że skończą się ich wspólne wyjazdy i wszystko się zmieni. Ale Wujek rozwiewa je słowami, jakie skierował do nich tuż po świeceniach biskupich: „Zapamiętajcie sobie raz na zawsze: Wujek pozostanie wujkiem”, a potem umówił się na kolejny wyjazd w Beskidy. Wojtyła przyjmuje słowa Totus Tuus („Cały Twój”) za swoją dewizę.
Jan XXIII mimo podeszłego wieku, wprowadza wiele zmian, między innymi w relacjach Kościoła z mediami. Chce przybliżyć Kościół wiernym, uprościć jego język, zmniejszyć dystans między duchownymi i świeckimi. Wreszcie powołuje sobór powszechny, na który Karol Wojtyła ma udać się razem ze swoim arcybiskupem.