„Dolina Issy” to opowieść o dorastaniu małego Tomasza w szlacheckim dworku na Litwie. Chłopiec mieszka u swoich dziadków – Kazimierza i Michaliny Surkontów, podczas gdy jego rodzice zostali po polskiej stronie granicy.
Akcja obejmuje kilka lat z życia Tomasza, który poznaje ciekawych ludzi i nieświadom wielkiej polityki, wszystkich traktuje tak samo, z dziecięcą ciekawością i naiwnością. Dziadek próbuje wyjaśnić mu zawiłości jego rodowodu, który łączy korzenie litewskie, polskie i niemieckie.
Z dala od wojennych wydarzeń, w Dolinie Issy toczy się burzliwe życie pełne zdrad, morderstw, romansów, samobójstw i spisków.
Leśnik Baltazar, żyje w nieustannym poczuciu winy, ponieważ kiedyś zabił człowieka, rosyjskiego żołnierza. Wciąż prześladuje do pamięć o tym wydarzeniu, widuje nawet diabły.
Do Surkontów przyjeżdża ciotka Helena, która po krótkim czasie nawiązuje romans z polskim szlachcicem Romualdem Bukowskim. Tymczasem Baltazar szuka pomocy u miejscowego mędrca i czarownika Masiulisa, a kiedy ten nie potrafi mu pomóc, udaje się do rabina. Rabin potęguje w nim tylko poczucie winy mówiąc, że sam jest odpowiedzialny za swoje czyny.
Inny dramat rozgrywa się na plebani, gdzie piękna