Komedia rozpoczyna się od sceny, w której rolnik Strepsjades nie może zasnąć z powodu zmartwień związanych z synem, który wpędza go w ogromne długi. Chłopak uczestniczy w wyścigach konnych, kupując i obstawiając wciąż nowe zwierzęta, a wierzyciele zaczynają go nękać.
Rolnik wpada na pomysł, by posłać syna na nauki do mieszkającego nieopodal Sokratesa. Syn jednak nie ma zamiaru podejmować nauk u filozofa – jego ojciec liczył, że u Sokratesa nauczy się jak wybronić go podczas sporów sądowych o ziemię. W końcu Strepsjades sam postanawia zapisać się do szkoły Sokratesa. Po drodze spotyka jednego z uczniów i zaczyna wypytywać go o metody stosowane przez nauczyciela. Okazuje się, że owym uczniem był jeden z sofistów, którego mowy rolnik zupełnie nie rozumie. Dostrzega nagle człowieka sterczącego w zawieszonym koszu – wyjaśniono mu, że to właśnie Sokrates.
Bohater zwierza się nauczycielowi ze swoich zamiarów – deklaruje, że zapłaci godnie za naukę, jeśli dzięki niej będzie mógł uniknąć płacenia długów. Sokrates nakazuje rolnikowi założyć wieniec i usiąść, a sam przywołuje Chmury, które zjawiają się w towarzystwie grzmotów. Sokrates wyjaśnia Strepsjadesowi, że to właśnie one są odpowiedzialne za zmiany pogody i za urodzaj a ziemi, a nie Zeus, jak dotąd wierzył chłop. Pod wpływem mowy uczonego, rolnik porzuca wiarę w bogów i zaczyna wielbić Chmury, prosząc je o dar mądrej mowy. Sokrates rozpoczyna naukę rolnika. Pierwszą dziedziną, jaką filozof chce przyswoić nowemu uczniowi jest poezja, jednak Strepsjades odznacza się wybitnie krótką pamięcią. Uczeń nie potrafi pojąć również tematu miar i taktów. Umysł Strepsjadesa zdaje się przyswajać jedynie rzeczy związane ze sferą przyziemną, materialną. Sokrates pozostawia ucznia samego, polecając mu oddanie się kontemplacji w pozycji leżącej. Po chwili nauczyciel sprawdza, jakie myśli towarzyszyły bohaterowi podczas samotnej chwili – okazuje się, że rolnik wpadł na kilka ciekawych pomysłów. Zapragnął przekupić wiedźmę by ukradła księżyc i wstrzymała następstwo miesięcy, w ten sposób wydłużyłby mu się czas na spłatę długów. Jedynym rozwiązaniem jakie dostrzega w przypadku konieczności uregulowania zobowiązań jest samobójstwo. Zdenerwowany Sokrates wygania ucznia. Z pomocą przychodzą rolnikowi Chmury, namawiające go by jednak posłał do szkoły swojego syna Fejdipidesa.
Pojawiają się dwaj mówcy, Prawy i Nieprawy, którzy kłócą się o to który z nich będzie nauczycielem chłopaka – Chmury podsuwają pomysł, by nauczyciele zmierzyli się ze sobą w tej sprawie. Prawy Mówca opowiada o dawnych czasach, kiedy ludzie kierowali się poczciwymi zasadami, młodzi chłopcy byli posłuszni i nie zważali na dobra materialne. Okazywali szacunek starszym i słuchali ich rad. Mówca deklaruje, że jeśli zostanie nauczycielem Fejdipidesa, chłopiec stanie się człowiekiem cnotliwym i godnym. Mowa Nieprawego mówi o tym, że cnota tak naprawdę nie daje człowiekowi żadnych korzyści. Bogatsi w życiu są ci, którzy wykazują się odwagą, śmiałością, a wręcz bezczelnością.
Ostatecznie Sokrates przyjmuje syna rolnika do swojej szkoły. Ojciec dopytuje filozofia czy jego syn poczynił odpowiednie postępy w nauce mowy. Rzeczywiście, Fejdipides wygląda i wypowiada się zupełnie inaczej, ukazując ojcu błahość jego problemów i proste rozwiązania pozbycia się ich. Strepsjades kpi ze swoich wierzycieli, będąc pewnym, że wybroni go jego uczony syn. Chmury zaś ganią zachowanie rolnika. Syn okazuje nieposłuszeństwo wobec ojca, nie chce wykonywać jego poleceń, postępuje według swojej myśli, aż w końcu dochodzi między nimi do bójki, syn bije ojca i co więcej – udowadnia mu, że czyni słusznie. Rolnik obarcza Sokratesa winą za upadek moralny syna i pragnie go zgładzić. W tym momencie, Chmury obnażają swoje prawdziwe intencje – wykorzystują ludzkie słabostki by dać człowiekowi nauczkę i nauczyć szacunku i przywiązania do bogów.
Strepsjades przeprasza bóstwa, którym niegdyś był oddany, a następnie w nienawiści podpala szkołę Sokratesa zwaną „marzycielnią”.