W tym okresie to Kościół podtrzymywał i pobudzał rozwój nauki i techniki. Od V do VII wieku działalność kulturowa odbywała się niemal wyłącznie w murach benedyktyńskich klasztorów. To dzięki mnichom, którzy skrupulatnie przepisywali manuskrypty w skryptoriach przetrwało dziedzictwo antyku. Benedyktyni upowszechnili także praktyczną wiedzę z dziedziny techniki upraw ziemi, hodowli bydła i koni, pszczelarstwa, sadownictwa i zielarstwa. Im zawdzięcza się również spopularyzowanie cyfr arabskich w Europie.
W średniowieczu swoje korzenie mają uniwersytety. Pierwsze z nich powstały w wyniku integracji szkół monastycznych i episkopalnych np. Uniwersytet Boloński, założony w 1088 r., powstał na bazie szkoły biskupiej i kamedulskiej szkoły teologicznej. Obecnie na pięciu kontynentach działa ok. 200 uniwersytetów założonych przez Kościół katolicki.
Kościół odegrał również ogromną rolę w epoce wielkich odkryć geograficznych. Osiedla misyjne założone przez franciszkanów stały się zalążkiem potężnych miast jak San Francisco czy Los Angeles. Jezuici z kolei stworzyli pierwsze mapy odkrytych lądów, odkryli Amazonkę oraz założyli Sao Paulo i Rio de Janerio. Zajmowali się również badaniem trzęsień ziemi, a XVII w. stali się potęgą astronomiczną. Ponadto za sprawą jezuitów zachodnia nauka dotarła do Chin i Indii. Trzeba także pamiętać, że to dzięki misjonarzom katolickim rozwinęła się w Europie lingwistyka.
Napięcie w relacjach Kościół -nauka pojawiło się dopiero w XVII w. Za jego symboliczny początek uznaje się sprawę Galileusza (1564-1642), włoskiego filozofa i astronoma. Galileusz był zwolennikiem teorii heliocentrycznej, wówczas odrzucanej przez Kościół. Pomimo zakazu głoszenia swoich poglądów, wydał w 1623 r. Dialog o dwu najważniejszych układach świata: ptolemeuszowym i kopernikowym. Jego dzieło zostało wciągnięte na listę ksiąg zakazanych (Indeks Ksiąg Zakazanych). Kościół potępił naukę Galileusza, zmusił do odwołania poglądów i do końca życia pozostawił pod nadzorem inkwizycji.
Obecnie mówi się o możliwości współpracy wiary i nauki. Jej zwolennikiem był papież Jan Paweł II, czego wyraz dał w encyklice Fides et Ratio. Ojciec Święty przyznał także w 1992r., że Kościół w sprawie Galileusza popełnił błąd.
Kościół a teoria ewolucji
Teorii ewolucji to teoria głosząca, że obecne istoty żywe rozwinęły się stopniowo drogą doboru naturalnego z bytów mniej złożonych. Jej autorem jest Karol Darwin. Swoje poglądy zawarł on w dziele „O pochodzeniu gatunków”.
Chociaż sam Darwin nigdy nie został potępiony przez Kościół katolicki, a „O pochodzeniu gatunków” nie znalazło się na kościelnym Indeksie Ksiąg Zakazanych, to panowało powszechne przekonanie wśród hierarchów i wiernych, że teoria ewolucji kłóci się z opowiadaniem Księgi Rodzaju o stworzeniu świata i człowieka.
Wątpliwości rozwiał papież Pius XII (1939-1958), uznając ewolucjonizm za niesprzeczny z wiarą. Z kolei Jan Paweł II w 1996 roku stwierdził wprost, że nowe zdobycze nauki każą nam uznać, że teoria ewolucji jest czymś więcej niż hipotezą. Kościół nie potępia zatem teorii Darwina, natomiast sprzeciwia się tzw. „darwinizmowi ideologicznemu”, którego zwolennicy odmawiają roli stwórczej Bogu, a rozwojowi i ewolucji świata racjonalności i boskiego planu.