Do najważniejszych celów działania Rady Państw Morza Bałtyckiego należy zachowanie i wzmacnianie bezpieczeństwa w tej części Europy. Inne cele organizacji to:
- tworzenie płaszczyzny współpracy w różnych dziedzinach – ochrony środowiska, problemów energetycznych, mniejszości narodowych, edukacji, itp.
- ożywienie współpracy w sferze naukowej, kulturalnej,
- likwidacja zanieczyszczeń Morza Bałtyckiego,
- rozwój infrastruktury łączącej poszczególne kraje,
- wsparcie dla instytucji demokratycznej,
- dążenie do intensywnej współpracy ekonomicznej i technicznej,
- ochrona praw człowieka.