Ze względu na specyficzne funkcje i skład przewodniczącym Rady Unii Europejskiej jest zawsze minister państwa członkowskiego, które w danym półroczu sprawuje w UE prezydencję.
Od stycznia 2014 r. do końca czerwca 2014 r. przewodniczącym Rady Unii Europejskiej będzie minister z Grecji.
Wyjątkiem od powyższej reguły jest Rada ministrów spraw zagranicznych – w tym przypadku funkcje przewodniczącego pełni Wysoki Przedstawiciel Unii do Spraw Zagranicznych i Polityki Bezpieczeństwa.
Bieżącą organizacją pracy Rady UE zajmuje się Sekretariat wraz z Sekretarzem Generalnym.