Jedynym traktatowym organem NATO jest Rada, która jednak dla usprawnienia własnego działania powołała bardzo wiele różnego rodzaju komisji, komitetów itp. Do istotnych przykładów organów NATO należą więc:
1. Komitet Planowania Obronnego (ang. skrót DPC) – działał do 2010 r. (następnie jego kompetencje i zadania przejęła Rada). Główne zadania Komitetu dotyczyły integrowania i koordynowania działań wojsk sojuszniczych NATO.
2. Grupa Planowania Nuklearnego (ang. skrót NPG, działa od 1967 r.) - organ zajmujący się sprawami broni nuklearnej – przeciwdziała jej proliferacji, a także zajmuje się kontrolą istniejących zasobów broni atomowej. Jest organem decyzyjnym NATO w kwestiach nuklearnych, częstotliwość spotkać Grupy to przynajmniej raz w tygodniu.
3. Komitet Wojskowy – składa się z przedstawicieli wojsk państw członkowskich sojuszu, częstotliwość spotkań to 1 raz w tygodniu (spotkania szefów sztabów – trzy razy w roku). Najważniejszy organ strategiczny NATO, do jego zadań należy m.in. kierownictwo nad dowództwami regionalnymi.
4. Międzynarodowy Sztab Wojskowy – jest organem wykonawczym Komitetu Wojskowego, składa się z oficerów wszystkich państw członkowskich. Siedziba Sztabu mieści się w Brukseli.
5. Sztab Międzynarodowy – jest instytucją wykonawczą, obsługuje Radę Północnoaltantycką, Grupę Planowania Nuklearnego oraz komitety specjalistyczne. W jego skład wchodzi pięć oddziałów, m.in. Oddział Spraw Politycznych.
6. Komitety Realizacyjne – organy kolegialne, których zadania polegają na pracy nad zadaniami szczegółowymi, m.in. Komitet Ekonomiczny, Przeglądowy Komitet Obrony, Polityczno-Wojskowy Komitet Sterujący. Komitety Realizacyjne mogą być stałe lub doraźne.
7. Zjednoczone Dowództwo ds. Operacji – jedno z dwóch dowództw NATO, głównym jego zadaniem jest kierownictwo nad operacjami Paktu. Organ został utworzony na szczycie NATO w Pradze w 2002 r.
8. Zjednoczone Dowództwo ds. Transformacji – organ zajmuje się dostosowywaniem NATO do zmieniających się warunków geopolitycznych, prowadzeniem ćwiczeń itp.